Дисбактериоз горла: причины, симптомы и пути лечения

Содержание

причины, симптомы и пути лечения

Слизистая оболочка верхних дыхательных путей представляет собой первую линию защиты организма против разнообразных патогенных факторов окружающей среды, таких как бактериальные, грибковые, вирусные, промышленные химические раздражители и загрязнения  и обеспечивает противовирусный иммунитет.  Повреждение слизистой или сухость облегчают проникновение вируса в организм. После того, как враг попал в организм и начал повреждать клетки, огромное значение играет выработка интерферонов, которые обеспечивают их невосприимчивость к действию вируса.

Противовирусный иммунитет – это очень сложный процесс, в котором участвует множество ресурсов иммунной системы. К сожалению, иммунные реакции не всегда срабатывают так, как об этом пишут в учебниках по биологии. Часто какой-либо процесс может быть нарушен, что приводит к осложнениям и проблемам. Когда снижен иммунный ответ, нужны средства, поднимающие иммунитет. Они могут быть природными, либо купленными в аптеке, главное – это эффективность и безопасность.

Слизистая оболочка верхних дыхательных путей большей частью покрыта тонким специализированным эпителием, создающим восприимчивый (чувствительный) барьер, который постоянно бомбардируется экзогенным живым или мертвым антигенным материалом.

Вдыхаемый воздух содержит значительное количество потенциально вредных веществ (газы, взвешенные корпускулярные частицы, бактерии, вирусы, микоплазмы, грибы, в том числе дрожжи, риккетсии, пыльцу, частицы слущенного эпителия человека и животных и др.). Согласно концепции местного иммунитета, слизистые оболочки и кожа как покровы, обращенные во внешнюю среду, защищают внутреннюю среду организма и сохраняют постоянство внутренней среды путем тесного взаимодействия эволюционно выработанного комплекса неспецифических и специфических механизмов защиты.

Местный иммунитет ЛОР-органов — это барьерная функция слизистых оболочек, включающая лимфоэпителиальные органы глотки, расположенные на пересечении воздухоносных и пищепроводных путей, первыми реагирующие на очередное антигенное раздражение (инфекцию) включением механизмов иммунной защиты, и неспецифические защитные факторы слизистой оболочки (мукоцилиарный транспорт, продукция лизоцима, лактоферрина, интерферона и др.)

А теперь непосредственно о микрофлоре верхних дыхательных путей и полости рта. Важно понимать, что ЛОР-органы не являются исключением в отношении микробной стерильности, т. е. в норме мы можем выявлять определенные микроорганизмы в носу, глотке и наружном ухе. Эти микробы в условиях сохранения иммунной резистентности не только не приносят нам никакого вреда, но и наоборот, оказывают положительное влияние. Они образуют так называемую биопленку (толщиной от 0,1 до 0,5 мм) – полисахаридный каркас которой, состоящий из микробных полисахаридов и муцина, предотвращает заселение организма патогенными микроорганизмами. Благодаря выделению микроорганизмами биопленки различных кислот, спирта, лизоцима (антибактериальное вещество) и стимуляции образования иммуноглобулина А тормозится развитие патогенных микробов. Кроме того, нормальные микроорганизмы препятствуют выделению токсинов патогенными бактериями.

Иллюстрацией работы «полезных» микроорганизмов является, например, следующий факт: с каждым вдохом мы в среднем вдыхаем около 1400-1700 микробов, а благодаря, в частности, биологическим факторам неспецифической защиты в глотке их количество сокращается до 300, в гортани и нижележащих отделах эти микроорганизмы не обнаруживаются вообще.

Это лишний раз подтверждает важность сбалансированной микрофлоры для полноценной жизнедеятельности всего организма.

Нормальная микрофлора глотки разнообразна, поскольку здесь смешивается микрофлора полости рта и воздухоносных путей. Представителями резидентной микрофлоры считаются: нейссерии, дифтероиды, и гемолитические стрептококки, энтерококки, микоплазмы, коагулазоотрицательные стафилококки, моракселлы, бактероиды, боррелии, трепонемы, актиномицеты. В верхних дыхательных путях преобладают стрептококки и нейссерии, помимо этого встречаются стафилококки, дифтероиды, гемофильные бактерии, пневмококки, микоплазмы, бактероиды. Слизистая оболочка гортани, трахеи, бронхов в норме стерильна. Следует сказать, что вышеуказанный видовой спектр микроорганизмов не является неизменным. Его состав зависит от многих факторов: сопутствующей патологии, возраста, условий внешней среды, условий труда, питания, перенесенных заболеваний, травм и стрессовых ситуаций и т.д.

Такие состояния, как острые и хронические заболевания всего организма, а особенно уха, горла, носа и полости рта, аллергия, неблагоприятные физические факторы (переохлаждение, инсоляция и т. д.), химические агенты, физическое, интеллектуальное и психоэмоциональное перенапряжение, прием антибактериальных, гормональных и цитостатических препаратов, недостаточное питание, гиповитаминоз, профессиональные вредности, курение, алкоголь провоцируют нарушение нормального микробиологического равновесия в ЛОР-органах и являются причинами нарушения качественного и количественного состава микрофлоры ротоглотки. Существует бактериологическое понятие, которое характеризует изменение соотношения представителей нормальной микрофлоры, снижение числа или исчезновение некоторых видов микроорганизмов за счет увеличения количества других и появления микробов – это дисбактериоз.

Терапия дисбактериоза должна быть строго индивидуальной и направленной в первую очередь на ликвидацию источника проблемы. Например, пока не будет адекватно пролечен аденоидит (консервативно или оперативно), от дисбактериоза вряд ли возможно избавиться. Вопрос о необходимости приема антибиотика определяется исключительно течением основного заболевания: если дисбактериоз глотки вызван наличием у ребенка хронического панкреатита, то антибактериальные средства тут неуместны; если же дисбактериоз связан с запущенной формой хронического синусита или аденоидита – без этой группы лекарственных препаратов, скорее всего, не обойтись. Воспалительные очаги в носо- и ротоглотке должны быть обязательно устранены – кариозные зубы пролечены, аденоидные вегетации, небные миндалины санированы и т.д. Помните, что они могут не только вызывать местные воспалительно-инфекционные процессы и дисбактериоз ротоглотки, но и являться источником аутоинфекции и аутоинтоксикации всего организма. Убедительные данные свидетельствуют, что возникновение ряда заболеваний респираторной, желудочно-кишечной, сердечно-сосудистой систем, опорно-двигательного аппарата обусловлено очаговой инфекцией в ротоглотке. Поэтому санация полости рта и ЛОР-органов – это обязательное условие и первый шаг к выздоровлению при многих патологических процессах.

Не стоит также забывать о мерах профилактики развития инфекционно-воспалительных процессов ротоглотки и ЛОР-органов. Так, стандартными мерами профилактики являются: ежедневные гигиенические мероприятия (туалет носа), регулярное посещение врача, рациональное питание, закаливание, создание оптимального микроклимата (влажность, температура), лечение сопутствующей патологии.

Кроме вышеперечисленных мер профилактики, помочь решить проблему инфекционно-воспалительных заболеваний ЛОР-органов и помочь восстановить нормальный микробиоценоз слизистой оболочки может прием средств растительного происхождения на основе прополиса.

Прополис – это смесь природных смол, вырабатываемых пчёлами из соединений, собираемых с разных частей растений, бутонов и выделений. Современные противомикробные применения прополиса включают рецептуры для лечения синдрома простуды (инфекции верхних дыхательных путей, обычная простуда и гриппоподобные инфекции), для заживления ран, лечения ожогов, акне, простого и генитального герпеса, и нейродермита.

В настоящее время, прополис является природным лечебным средством, он применяется и в косметике и является популярным альтернативным лекарственным средством для самолечения различных заболеваний. Современное применение прополиса предполагает его использование для лечения синдрома простуды (инфекции верхних дыхательных путей, обычная простуда и гриппоподобные инфекции), а также в качестве дерматологических препаратов, полезных для заживления ран, лечения ожогов, акне, простого и генитального герпеса, и нейродермита. Прополис также применяют для полоскания рта для предупреждения кариеса и для лечения гингивита и стоматита. На рынке он представлен в комбинации с экстрактом тимьяна, меда и витамина С  в форме спрея для полости рта и горла Санорин Лорис, который не содержит спирта и является водно-глицериновым раствором. Благодаря комбинации натуральных компонентов и их свойствам, спрей Санорин Лорис эффективен для гигиены полости рта и для профилактики раздражения, увлажнения и защиты слизистой горла, а также как дополнение к комплексному лечению и профилактике ОРЗ. Важно отметить, что это удобный спрей для использования в любой ситуации, достаточно встряхнуть флакон и направить распылитель на проблемный участок.

Симптомы болезней горла и лечение. Как не заболеть осенью

8 октября 2013

Осень. Время кашлять…

Каждую осень практически любому из нас требуется хороший лор-врач. Это связано с тем, что у многих с наступлением холодов, серых дождливых дней появляется першение, боль, сухость и другие неприятные ощущения в горле, кашель и боли при глотании, покраснения горла, появление повышенной температуры, гнойного налета на миндалинах. Подобные симптомы свидетельствуют о развитии в организме заболевания горла, такого как ларингит(воспаление гортани), ангина, которую также называют тонзиллитом(воспаление миндалин) или фарингит(воспаление глотки).

Встречаются подобные симптомы? Обратитесь к лору!

Стоит знать, что любое заболевание горла, лечение которого нужно начинать незамедлительно, — заболевание опасное. Это связано с тем, что недолеченная болезнь вполне может принять хроническую форму, оставаясь с вами навсегда и оказывая постоянное негативное влияние на функционирование иммунной системы. И, кроме того, эти заболевания часто сопровождаются осложнениями, такими, как

  • миокардит — заболевание сердца,
  • гломерулонефрит — заболевание почек,
  • хронический неспецифический полиартрит — заболевание суставов

Опасность этих болезней многократно превосходит опасность первичного заболевания!

Болезни горла — лечение и профилактика заболевания

С наступлением холодов каждому пациенту необходимо как можно бережнее относиться к собственному здоровью, если, конечно, вы в дальнейшем не хотите бороться с заболеваниями горла, эффективное лечение которых потребует определенного времени и вложения финансовых средств.

Погода осенью и в начале зимы непредсказуемая и очень переменчивая, поэтому даже если утром светит солнце, при выходе из дома обязательно берите с собой шарф. Не стоит ходить по улицам, стоять на остановках на холодном ветру с неприкрытой шеей.

Принцип «держи ноги в тепле», актуален как никогда!

Очень важно держать в тепле и сухости ноги. Если стоят дождливые дни, откажитесь от любимых замшевых туфель и элегантных сапог на тонкой подошве. Мужчинам лучше носить ботинки со средней подошвой и утепленные носки. Для леди сегодня можно найти роскошные и невероятно модные резиновые сапожки всевозможного дизайна. Кроме того, лор врачи настоятельно рекомендуют: откажитесь от охлажденных напитков. На ланче в любимом заведении или дома вместо холодного коктейля или десерта из мороженого выпейте ароматный горячий кофе, чай или шоколад.

Если вы чувствуете першение, сухость, сильную боль в горле, лечение необходимо начать немедленно с полоскания теплой минеральной водой и принятия теплого питья с медом. Однако вы должны понимать, что такие народные средства малоэффективны и позволяют лишь на пару часов облегчить состояние. Если прибегать исключительно к таким мерам заботы о собственном здоровье, то можно создать себе еще большие проблемы.

Лечение болезней горла собственными силами — это больший риск, опасная игра с болезнью.. Если же вы хотите устранить неприятные симптомы и избежать серьезных осложнений, и достаточно пугающих последствий ангины, ларингита или фарингита, обратитесь к опытному врачу.

Приходите на лечение в клинику МЦ «Диагностика»!

Вы хотите, чтобы лечение горла было быстрым, эффективным и недорогим? Вы ищете действительно хорошего специалиста? Мы ждем вас в МЦ «Диагностика». Опытные сотрудники центра, специализирующиеся на острых и хронических заболеваниях ушей, горла и носа своевременно установят причину вашего недуга, разработают наиболее эффективную и доступную по стоимости программу лечения, позволив вам избавиться от неприятных ощущений и обрести здоровье!

Бактериологические исследования

Адреса клиник г. Казань

Адрес: ул. Гаврилова, 1, ост. «Гаврилова» (пр. Ямашева)

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00

Автобус: 10, 10а, 18, 33, 35, 35а, 36, 44, 45, 46, 49, 55, 60, 62, 76

Троллейбус: 2, 13

Трамвай: 5, 6

Адрес: ул. Т.Миннуллина, 8а, (Луковского) ост. «Театр кукол»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00

Автобус: 1, 2, 31, 37, 47, 74

Троллейбус: 6, 8, 12

Метро:

Суконная слобода

 

 

Адрес: ул. Сыртлановой, 16, ст. метро Проспект Победы, ост. ул. Сыртлановой (проспект Победы)

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00 

Автобус: 5, 34, 37, 62 77

Трамвай: 5

Метро: Проспект Победы

Адрес: ул. Назарбаева, 10, ст. метро «Суконная Слобода», ост. «Метро Суконная Слобода»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: выходной

Автобус: 1, 4, 25, 43, 71

Метро: Суконная слобода

 

 

Адрес: ул. Декабристов, 180, ст. метро «Северный вокзал», ост. «Гагарина»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: выходной

Автобус: 6, 18, 29, 33, 37, 40, 43, 53, 62, 76, 78, 89

Троллейбус: 13

Трамвай: 1, 6

Метро: Северный вокзал

Адрес: пр. А.Камалеева, 28/9, (жилой комплекс «XXI век»), ост. «Новый ипподром»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00 

Троллейбус: 3

 

 

Адрес: Дербышки, ул. Мира, 20, ост. «Магазин Комсомольский», «Гвоздика»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00 

Автобус: 1, 19, 25, 34, 44, 60, 84

Адрес: ул. Серова, 22/24, ост. «ул. Серова»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00 

Автобус: 10, 10а

 

 

Адрес: ул. Беломорская, 6, ст. метро «Авиастроительная», ост. «ул. Ленинградская»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00 

Автобус: 6, 18, 33, 37, 40, 42, 43, 53, 60, 78, 89, 93

Троллейбус: 13

Трамвай: 1

Метро: Авиастроительная

Адрес: ул. Закиева, 41а, ост. «Кабельное телевидение»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00 

Автобус: 5, 18, 30, 31, 34, 45, 46, 62, 63, 77, 89

Троллейбус: 3, 5, 9, 12

 

 

Адрес: ул. Кул Гали, 27, ост. «ул. Кул Гали» (ул. Габишева)

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: выходной

Автобус: 46, 90

Адрес: ул. Рихарда Зорге, 95, м. «Дубравная», ост. «ул. Юлиуса Фучика»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: 8.00-14.00

Автобусы: 5, 18, 30, 31, 33, 34, 45, 68, 74, 77

Троллейбусы: 5, 9, 12

Трамвай: 4

Метро: Дубравная

Адрес: ул. Фрунзе, 3а, ост. «Идель»

Пн-Пт: 7.00-20.00, Сб: 7.30-16.00, Вс: выходной 

Автобусы: 10а, 36, 49, 53, 63, 72, 106

Троллейбус:1

 

KDL. Микробиологические исследования (посевы). Анализы и цены

Алергология. ImmunoCAP. Индивидуальные аллергены, IgE

Аллергокомпоненты ImmunoCAP

Аллергокомпоненты деревьев

Аллергокомпоненты животных и птиц

Аллергокомпоненты плесени

Аллергокомпоненты трав

Пищевые аллергокомпоненты

Аллергология. ImmunoCAP. Комплексные исследования IgE (результат по каждому аллергену)

Аллергология. ImmunoCAP. Панели аллергенов IgE, скрининг (результат СУММАРНЫЙ)

Аллергология. ImmunoCAP. Фадиатоп

Аллергология. Immulite. Индивидуальные аллергены

Аллергены гельминтов, IgE

Аллергены грибов (кандида и плесневых), IgE

Аллергены деревьев, IgE

Аллергены животных и птиц, IgE

Аллергены клещей домашней пыли, IgE

Аллергены лекарств и химических веществ, IgE

Аллергены насекомых, IgE

Аллергены пыли, IgE

Аллергены ткани, IgE

Аллергены трав, IgE

Бактериальные аллегены (стафилококк), IgE

Пищевые аллергены, IgE

Пищевые аллергены, IgG

Аллергология. Immulite. Комплексы аллергенов, IgE (результат по каждому аллргену)

Аллергология. Immulite. Панели аллергенов, скрининг (результат СУММАРНЫЙ)

Аллергены деревьев, IgE (панель)

Аллергены животных и птиц, IgE (панель)

Аллергены трав, IgE (панель)

Ингаляционные аллергены, IgE (панель)

Пищевые аллергены, IgE (панель)

Аллергология. Immulite. Панели пищевых аллергенов IgG (результат СУММАРНЫЙ)

Аллергология. ImmunoCAP. Индивидуальные аллергены, IgE

Аллергены бактерий

Аллергены гельминтов, IgE

Аллергены грибов и плесени

Аллергены деревьев, IgE

Аллергены животных и птиц, IgE

Аллергены лекарств и химических веществ, IgE

Аллергены насекомых, IgE

Аллергены пыли, IgE

Аллергены трав, IgE

Пищевые аллергены, IgE

Аллергология. ImmunoCap. Индивидуальные аллергены, IgE

Аллергология. RIDA. Комплексы аллергенов, IgE

Аллергология. RIDA. Комплексы аллергенов, IgE (результат по каждому аллргену)

Аллергология. Местные анестетики, IgE

Биохимические исследования крови

Диагностика анемий

Липидный обмен

Обмен белков

Обмен пигментов

Обмен углеводов

Специфические белки

Ферменты

Электролиты и микроэлементы

Биохимические исследования мочи

Разовая порция мочи

Суточная порция мочи

Витамины, аминокислоты, жирные кислоты

Гематология

Гемостаз (коагулограмма)

Генетические исследования

HLA-типирование

Исследование генетических полиморфизмов методом пиросеквенирования

Исследование генетических полиморфизмов методом ПЦР

Молекулярно-генетический анализ мужского бесплодия

Гистологические исследования

Гистологические исследования лаборатории UNIM

Гормоны биологических жидкостей

Гормоны гипофиза и гипофизарно-адреналовой системы

Гормоны крови

Гормоны гипофиза и гипофизарно-адреналовой системы

Маркеры остеопороза

Пренатальная диагностика

Ренин-альдостероновая система

Тесты репродукции

Функция органов пищеварения

Функция щитовидной железы

Гормоны мочи

Диагностика методом ПЦР

COVID-19

Андрофлор, иследование биоценоза (муж)

Вирус герпеса VI типа

Вирус Варицелла-Зостер (ветряной оспы)

Вирус герпеса VI типа

Вирус простого герпеса I, II типа

Вирус Эпштейна-Барр

Вирусы группы герпеса

Возбудитель туберкулеза

ВПЧ (вирус папилломы человека)

Грибы рода кандида

Листерии

Парвовирус

Респираторные инфекции

Стрептококки (вкл. S.agalactie)

Токсоплазма

Урогенитальные инфекции, ИППП

Урогенитальные инфекции, комплексные исследования

Урогенитальные инфекции, условные патогены

Фемофлор, исследование биоценоза (жен)

Флороценоз, иследование биоценоза (жен)

Цитомегаловирус

Диагностика методом ПЦР, кал

Кишечные инфекции

Диагностика методом ПЦР, клещ

Клещевые инфекции

Диагностика методом ПЦР, кровь.

Вирус Варицелла-Зостер (ветряной оспы)

Вирус герпеса VI типа

Вирус краснухи

Вирус простого герпеса I, II типа

Вирус Эпштейна-Барр

Вирусы группы герпеса

ВИЧ

Возбудитель туберкулеза

Гепатит D

Гепатит G

Гепатит А

Гепатит В

Гепатит С

Листерии

Парвовирус

Токсоплазма

Цитомегаловирус

Жидкостная цитология

Изосерология

Иммуногистохимические исследования

Иммунологические исследования

Иммунограмма (клеточный иммунитет)

Интерфероновый статус, базовое исследование

Интерфероновый статус, чувствительность к препаратам

Оценка гуморального иммунитета

Специальные иммунологические исследования

Исследование абортуса

Исследование мочевого камня

Исследование парапротеинов. Скрининг и иммунофиксация

Исследования мочи

Легионеллез

Исследования слюны

Исследования слюны

Комплексные исследования

Лекарственный мониторинг

Маркеры аутоиммунных заболеваний

Антифосфолипидный синдром (АФС)

Аутоиммунные заболевания легких и сердца

Аутоиммунные неврологические заболевания

Аутоиммунные поражения ЖКТ и целиакия

Аутоиммунные поражения печени

Аутоиммунные поражения почек и васкулиты

Аутоиммунные эндокринопатии и бесплодие

Диагностика артритов

Пузырные дерматозы

Системные ревматические заболевания

Эли-тесты

Микробиологические исследования (посевы)

Посев крови на стерильность

Посев на гемофильную палочку

Посев на грибы (Candida)

Посев на грибы (возбудители микозов кожи и ногтей)

Посев на дифтерию

Посев на микоплазмы и уреаплазмы

Посев на пиогенный стрептококк

Посев на стафилококк

Посевы кала

Посевы мочи

Посевы на микрофлору (конъюнктива)

Посевы на микрофлору (отделяемое)

Посевы на микрофлору (урогенитальный тракт женщины)

Посевы на микрофлору (урогенитальный тракт мужчины)

Посевы на микрофлору ЛОР-органы)

Ускоренные посевы с расширенной антибиотикограммой

Неинвазивная диагностика болезней печени

Программы неинвазивной диагностики болезней печени

Неинвазивный пренатальный ДНК-тест (НИПТ)

Неинвазивный пренатальный тест (пол/резус плода)

Общеклинические исследования

Исследование назального секрета

Исследование секрета простаты

Исследования кала

Исследования мочи

Исследования эякулята

Микроскопическое исследование биологических жидкостей

Микроскопия на наличие патогенных грибов и паразитов

Микроскопия отделяемого урогенитального тракта

Онкогематология

Иммунофенотипирование при лимфопролиферативных заболеваниях

Миелограмма

Молекулярная диагностика миелопролиферативных заболеваний

Цитохимические исследования клеток крови и костного мозга

Онкогенетика

Онкомаркеры

Пищевая непереносимость, IgG4

Полногеномные исследования и панели наследственных заболеваний

Пренатальный скрининг

Серологические маркеры инфекций

Аденовирус

Бруцеллез

Вирус HTLV

Вирус Варицелла-Зостер (ветряной оспы)

Вирус герпеса VI типа

Вирус Коксаки

Вирус кори

Вирус краснухи

Вирус эпидемического паротита

Вирус Эпштейна-Барр

Вирусы простого герпеса I и II типа

ВИЧ

Гепатит D

Гепатит А

Гепатит В

Гепатит Е

Гепатит С

Грибковые инфекции

Дифтерия

Кишечные инфекции

Клещевые инфекции

Коклюш и паракоклюш

Коронавирус

Менингококк

Паразитарные инвазии

Парвовирус

Респираторные инфекции

Сифилис

Столбняк

Токсоплазма

Туберкулез

Урогенитальные инфекции

Хеликобактер

Цитомегаловирус

Специализированные лабораторные исследования.

Дыхательный тест

Микробиоценоз по Осипову

Тяжелые металлы и микроэлементы

Тяжелые металлы и микроэлементы в волосах

Тяжелые металлы и микроэлементы в крови

Тяжелые металлы и микроэлементы в моче

Услуги

COVID-19

Выезд на дом

ЭКГ

Установление родства

Химико-токсикологические исследования

Хромосомный микроматричный анализ

Цитогенетические исследования

Цитологические исследования

Чекап

Как сдать материал на бактериологическое исследование -Лаборатории, параклиники

Как сдать материал на бактериологическое исследование

Бактериологическая лаборатория
-пациентам: как сдать материал на бактериологическое исследование

Общие требования к сбору и транспортировке проб биологического материала для бактериологического исследования:

  • Пробы необходимо собирать до начала антибактериальной терапии, при отсутствии такой возможности – посредственно перед повторным приемом (введением) препарата.
  • Пробы необходимо собирать с минимальным загрязнением материала нормальной микрофлорой, т.к. её наличие приводит к ошибочной трактовке результата
  • Пробы необходимо собирать в стерильную одноразовую посуду, предназначенную для бактериологических исследований. Недопустимо мыть стерильный контейнер перед использованием!
  • При сборе и транспортировке пробы не загрязнять наружную поверхность посуды и сопроводительные документы (направления)
  • Собранные пробы доставляют в лабораторию не позднее 2-х часов с момента сбора, в случае использования транспортной системы (стерильная пробирка с транспортной средой и тампоном, стерильно упакованным вместе с пробиркой) – в течение 48-72 часов.

ВНИМАНИЕ!

Несоблюдение правил может привести к необходимости повторной сдачи анализа или неправильной трактовке результата

Посуда, используемая для транспортировки проб в бактериологическую лабораторию

Направление в бактериологическую лабораторию ГКБ №15 им. О.М.Филатова на бактериологическое исследование (бак. посев)
Копия страхового полиса

Посуда, используемая для транспортировки проб в бактериологическую лабораторию

Вид исследования

Посуда

Материал собирает пациент самостоятельно

бактериологическое исследование мочи с определением степени бактериурии

стерильный одноразовый контейнер

бактериологическое исследование кала на патогенную кишечную флору

стерильный одноразовый контейнер с вмонтированной в крышку ложечкой

бактериологическое исследование кала на дисбактериоз

стерильный одноразовый контейнер с вмонтированной в крышку ложечкой

бактериологическое исследование мокроты

стерильный одноразовый контейнер

бактериологическое исследование грудного молока

стерильный одноразовый контейнер

качественное определение антигена Helicobacter pylori в фекалиях человека

Стерильный одноразовый контейнер с вмонтированной в крышку ложечкой

качественное определение антигенов токсинов А и В Clostridium difficile в фекалиях человека

стерильный одноразовый контейнер с вмонтированной в крышку ложечкой

Материал забирает специалист в медицинском учреждении

бактериологическое исследование отделяемого из различных очагов воспаления:, отиты, синуситы, отделяемое ран и др.

стерильная пробирка с транспортной средой и тампоном, стерильно упакованным вместе с пробиркой

бактериологическое исследование пунктатов, выпотов, экссудатов

стерильный одноразовый контейнер,

стерильная пробирка с транспортной средой и тампоном, стерильно упакованным вместе с пробиркой

бактериологическое исследование отделяемого слизистой оболочки зева и носа на условно патогенную микрофлору

стерильная пробирка с транспортной средой и тампоном, стерильно упакованным вместе с пробиркой

Бактериологическое исследование отделяемого слизистой оболочки зева и носа на золотистый стафилококк (S.aureus)

стерильная пробирка с транспортной средой и тампоном, стерильно упакованным вместе с пробиркой

бактериологическое исследование отделяемого половых органов на условно патогенную микрофлору

стерильная пробирка с транспортной средой и тампоном, стерильно упакованным вместе с пробиркой

бактериологическое исследование отделяемого конъюнктивы

стерильная пробирка с транспортной средой и тампоном, стерильно упакованным вместе с пробиркой

Правила сбора биологических материалов, собираемых пациентами самостоятельно

МОЧА

  • Перед сбором пробы необходимо тщательно промыть наружные половые органы и область заднего прохода теплой водой с мылом.
  • Не допускается использование дезинфектантов для проведения обработки.
  • Не допускается собирать мочу с постельного белья, из мочеприемника или судна.
  • Для анализа следует собирать среднюю порцию утренней мочи. Начать мочеиспускание в унитаз, среднюю порцию собрать в стерильный одноразовый контейнер в количестве 10-20 мл, закончить мочеиспускание в унитаз.
  • Пробу необходимо доставить в лабораторию не позднее 2 часов с момента сбора.

ФЕКАЛИИ

  • Собирать фекалии для исследования следует утром.
  • Дефекацию производят в сухую чистую, предварительно продезинфицированную ёмкость. Важно тщательно удалить дезинфектанты с поверхности емкости, ополоснуть кипятком и охладить до комнатной температуры.
  • Перенести пробу кала 3-4 ложечки (1,5-2,0 г) в стерильный одноразовый контейнер при помощи вмонтированного в его крышку стерильного шпателя-ложечки. При наличии в испражнении патологических примесей – гной, слизь, кровь, хлопья – их необходимо включить в отбираемую пробу. — Если фекалии жидкие, контейнер заполняют не более чем на 1/3 объема.
  • У реанимационных больных, маленьких детей допускается собирать материал со стерильной сухой пеленки, не касаясь ткани.
  • Не допускать попадания в пробу кала мочи или воды.
  • Пробу доставляют в лабораторию не позднее 2-х часов с момента сбора. В случае крайней необходимости (невозможности получить утреннюю пробу), допустимо оставить материал, полученный накануне во время вечерней дефекации, в холодильнике, и доставить его в лабораторию утром.
  • Внимание! При назначении анализа кала на определение антигена токсинов Clostridium difficile исследованию подлежит только жидкий стул.

МОКРОТА

  • Перед сбором мокроты пациент должен почистить зубы и прополоскать рот и горло теплой кипяченой водой.
  • Важно, чтобы в контейнер не попало содержимое носоглотки или слюни.
  • Пробу мокроты, полученную в результате глубокого кашля, собирают в стерильный одноразовый контейнер с завинчивающейся крышкой.
  • Пробу доставляют в лабораторию не позднее 2-х часов с момента сбора.

ГРУДНОЕ МОЛОКО

  • При сцеживании молока женщина моет руки с мылом и тщательно обрабатывает соски и околососковую область отдельными смоченными 700 спиртом ватными тампонами.
  • Молоко из правой и левой молочных желез исследуется отдельно.
  • Первые 5-10 мл молока выливаются, последующие 3-4 мл сцеживаются в стерильный одноразовый контейнер.
  • Пробы доставляют в лабораторию в сроки не более 3 часов до момента исследования.
  • Молоко, сцеженное накануне, исследованию не подлежит.

Стерильные одноразовые контейнеры для бактериологических исследований приобретаются самостоятельно в аптеках.

В бактериологической лаборатории проводится бактериологическое исследование других биологических материалов, которые забирает специалист в медицинских учреждениях.

Время приема биологического материала на бактериологическое исследование:

понедельник-пятница
8.30-10.00
Тел. 8 (495) 375-12-24

Главный корпус больницы, центральный вход, справа от справочной

При сдаче материала на исследование необходимо при себе иметь документы:

  1. Направление в бактериологическую лабораторию ГКБ №15 им. О.М.Филатова на бактериологическое исследование (бак. посев)
  2. Копия страхового полиса

границ | Дисбиоз микробиомов полости рта и кишечника у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, в Бангладеш: выяснение роли условно-патогенных кишечных микробов

Введение

Коронавирусная болезнь-2019 (COVID-19) — заразное заболевание дыхательной системы, вызываемое высокопатогенным и вирулентным вирусом, известным в настоящее время как SARS-CoV-2. COVID-19 был объявлен пандемией после его быстрого глобального распространения, и на сегодняшний день на это заболевание приходится около 4,7 миллиона смертей и более 232 миллионов подтвержденных случаев (1).SARS-CoV-2 является зоонозным вирусом, а его резервуаром, как показывают исследования, являются летучие мыши. Следовательно, COVID-19 можно рассматривать как случай зооноза. Вирус распространяется среди людей воздушно-капельным путем, при прямом контакте, воздушно-капельным путем и фекально-оральным путем (2). Хотя COVID-19 является респираторным заболеванием, он может влиять на микробиом человека как у инфицированных, так и у неинфицированных людей, вызывая серьезные осложнения для здоровья. Вдыхаемая частица вируса SARS-CoV-2 связывается с рецептором человеческого ангиотензинпревращающего фермента 2 (hACE2) на эпителиальных клетках, выстилающих дыхательный и пищеварительный тракты пациентов, начинает размножаться, мигрирует вниз по дыхательным путям по проводящим дыхательным путям и запускается более сильный врожденный иммунный ответ (3, 4).Предполагается, что во время этого размножения, миграции и иммунного ответа микробиомы в дыхательных путях и пищеварительной системе могут быть изменены или изменены, и некоторые из них могут способствовать дальнейшему усложнению прогрессирования заболевания (5, 6). Наиболее распространенные клинические признаки COVID-19 включают лихорадку, сухой кашель, утомляемость, боль в горле, диарею, затрудненное дыхание или одышку, боль или давление в груди, а также потерю речи или движений (5–7). Коинфицирование SARS-CoV-2 другими микроорганизмами является очень важным фактором в патогенезе COVID-19, что может затруднить точную диагностику, лечение, прогнозирование COVID-19 и даже увеличить показатели смертности.Недавние данные клинических испытаний и метагеномных исследований указывают на сосуществование других вирусов, бактерий, архей и грибков с SARS-CoV-2 у пациентов с COVID-19 (5, 6, 8). Ряд отчетов показал, что почти у половины пациентов, умерших от COVID-19, по-видимому, были вторичные бактериальные инфекции, которые еще больше усилили патофизиологическое прогрессирование COVID-19 (9, 10). На сегодняшний день было выявлено несколько факторов риска, связанных с серьезностью проблем с COVID-19, включая генетику, сопутствующие заболевания, возраст и пол (11, 12).

Дисбактериоз определяется как нарушение гомеостаза микробиома, вызванное дисбалансом микрофлоры, изменениями их функционального состава и метаболической активности или сдвигом в их локальном распределении (13). Микробиом человека имеет решающее значение для развития и поддержания иммунологического гомеостаза, и общепризнано, что дисбаланс микробиоты или дисбактериоз тесно связаны с различными расстройствами (6, 14). Кишечный тракт и ротовая полость, которые содержат самую большую и вторую по величине микробиоту в организме человека, соответственно, играют ключевую роль в развитии инфекционных заболеваний (15).В предыдущих исследованиях было показано, что микробиомы рото-кишечной оси влияют на исход многочисленных инфекционных заболеваний, манипулируя иммунитетом слизистой оболочки хозяина (16, 17). Недавно Бальмант и соавт. сообщили, что микробные популяции в микробиоме кишечника связаны с тяжестью заболевания COVID-19 (18). Поскольку бактериальные коинфекции и вторичные бактериальные инфекции заметны у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, исследования показывают, что пероральные антибиотики могут снизить смертность пациентов с COVID-19.Дисбактериоз микробиома, по-видимому, влияет на прогрессирование SARS-CoV-2 и степень тяжести клинического состояния пациента (18).

Течение инфекции SARS-CoV-2 имеет решающее значение для дисбактериоза в экологии и динамике микробиома кишечника человека как в краткосрочной, так и в долгосрочной перспективе, что, в свою очередь, влияет на здоровье человека-хозяина (19, 20). Предыдущие исследования показывают, что у госпитализированных пациентов с COVID-19 наблюдается значительное снижение разнообразия микробиома кишечника с истощением полезных бактериальных симбионтов и обогащением условно-патогенными микроорганизмами, включая Actinomyces, Rothia и Streptococcus (20, 21).Другая исследовательская группа показала, что снижение разнообразия кишечного микробиома может быть полезным в качестве индикатора тяжести COVID-19 (13).

Дисбиоз, вызванный дисбалансом микрофлоры в ротовой полости, связан со многими другими системными воспалительными или инфекционными заболеваниями (13). Предыдущие исследования микробиома пациентов с COVID-19 основаны на микробиоме кишечника в целом, в то время как микробиом ротовой полости еще не изучался. Настоящее исследование было сосредоточено на анализе оси кишечник-легкие на основе микробиома полости рта и кишечника пациентов с COVID-19.Учитывая возникающую связь между микробиомами человека (орально-кишечный тракт) и SARS-CoV-2, а также неизвестный фактор для пациентов с COVID-19, страдающих длительными симптомами, это исследование было направлено на изучение того, связаны ли дисбактериозы микробиомов полости рта и кишечника. с клиническими симптомами больных COVID-19. Предполагается, что микробиомы полости рта и кишечника участвуют в развитии COVID-19 и могут служить потенциальным диагностическим инструментом. Чтобы проверить эту гипотезу, секвенирование 16S рРНК MiSeq с использованием образцов стула и слюны от 22 пациентов с COVID-19 (с 15 здоровыми людьми в качестве контроля) было использовано для анализа дисбактериоза микробиома кишечника и полости рта, а также связанных с ним функциональных нарушений генома.Характеристика дисбактериоза в контексте COVID-19 позволит оценить степень нарушения кишечной флоры и связать ее с клиническими осложнениями, наблюдаемыми у разных людей, которые часто варьируются от одного человека к другому. Анализ микробиома и их дисбактериоза также может дать представление о доминирующих микробных сообществах в микробиоме человека и о том, являются ли они патогенными или полезными. Людям может быть предложена персонализированная терапия для восстановления их микробиома для предотвращения сложных заболеваний в будущем.

Материалы и методы

Этическое одобрение

Протокол был одобрен Институциональным наблюдательным советом (IRB#00981) больницы общего профиля на 250 коек, Чаттограм, Бангладеш.

Дизайн исследования

Было проведено перекрестное исследование для характеристики микробиома полости рта и кишечника и местной реакции у пациентов с COVID-19 по сравнению со здоровыми субъектами. Все участники были набраны из изолятора COVID-19, больницы общего профиля на 250 коек, Чаттограм.Участники исследования были набраны в период с июня 2020 года по сентябрь 2020 года. У всех участников исследования было получено устное и письменное согласие.

Набор испытуемых и сбор образцов

Все субъекты исследования были набраны из больницы общего профиля на 250 коек, Чаттограм. Для этого исследования были отобраны пациенты с COVID-19 ( n = 22) и здоровые люди ( n = 15) старше 18 лет. У испытуемых были собраны образцы стула и слюны для дальнейшего анализа.Беременные женщины, кормящие матери и пациенты, не желающие участвовать, были исключены из исследовательской работы. Демографические данные, симптомы, история сопутствующих заболеваний, пищевые привычки, история приема лекарств, биохимические отчеты, история контактов, соблюдение правил гигиены и история болезни COVID-19 были собраны у исследуемой популяции. После двух последовательных положительных результатов ОТ-ПЦР в режиме реального времени между 7 и 10 днями появления симптомов пациенты с подозрением на инфекцию SARS-CoV-2 были подтверждены как пациенты с COVID-19 и были набраны в качестве участников исследования.В течение 8 недель после заражения 50% пациентов получали лекарства, а 50% — нет, в то время как здоровая контрольная группа не получала лекарств до их включения в это исследование.

Экстракция ДНК и секвенирование 16S рРНК

Геномная ДНК из 74 образцов (кишечная n = 44 и пероральная n = 30) пациентов с COVID-19 и здоровых контролей была выделена с использованием набора для очистки ДНК микробиома (Thermo Fisher Scientific, США) в соответствии с инструкциями производителя.Концентрацию и чистоту образцов ДНК проверяли с помощью спектрофотометра NanoDrop 2000c (Thermo Fisher Scientific, США), флуорометра Qubit 3.0 (Invitrogen, Life Sciences, США) и электрофореза в агарозном геле (1%, вес/объем). Экстрагированную ДНК амплифицировали путем нацеливания на области V3-V4 гена 16S рРНК с помощью праймеров 341F (5′-CCTACGGGNGGCWGCAG-3′) и 806R (5′-GACTACHVGGGTATCTAATCC-3′) (22). ПЦР-амплификацию проводили в 50 мкл конечного объема, содержащего 25 мкл 2′ Hot Start Taq Master Mix (2′; New England BioLabs Inc., США), 2 мкл ДНК, по 1 мкл (0,2 мкМ) каждого праймера и 21 мкл воды без нуклеаз. Тридцать пять циклов амплификации проводили в термоциклере EP Gradient (Eppendorf, Германия) по условиям, рекомендованным для Hot Start Taq Mix, с температурой отжига 50°С в течение 40 с. Очистку гранул от продуктов ПЦР, штрих-кодирование ампликонов и парное секвенирование (2 × 300 п.н., 600 циклов, химия v3) ампликонов проводили на платформе Illumina MiSeq (Сан-Диего, Калифорния, США) в соответствии со стандартным протоколом Illumina. для 16S метагеномного секвенирования.

Анализ биоинформатики

Сгенерированные необработанные считывания с парными концами были оценены для начальной проверки качества с использованием инструмента FastQC (23). Прочтения последовательностей фильтровались через BBDuk (24) со следующими параметрами: qtrim = r; обрезка = 20; ктрим = р; к = 23; норка = 11; hdist = 1; минлен = 200; тпе; тбо удалить адаптеры Illumina, известные артефакты Illumina; и фиХ. Слияние перекрывающихся прочтений с парными концами было выполнено с использованием NGmerge с параметрами по умолчанию (25). Фильтрация химерных последовательностей и выбор операционных таксономических единиц (OTU) в 0.Порог идентичности 99 последовательностей был выполнен с использованием конвейера MICCA (v1.7.0) (26). Высококачественные чтения, полученные в результате этого конвейера, были дополнительно проанализированы с использованием двух разных подходов: таксономической классификации и функциональной классификации. Филогенетическое отнесение каждой OTU на разных уровнях таксонов было выполнено с использованием байесовского метода классификации на основе LCA с пороговым значением e-100 и 100 повторениями начальной загрузки по микробной базе данных NCBI 16S (27, 28). Множественное выравнивание последовательностей (MSA) проводили с использованием clustal omega (ClustalO) (29).Каждый образец был настроен на равномерную глубину 8465 п.н. для анализа альфа-бета-разнообразия и микробного состава в программном обеспечении количественного анализа микробной экологии (QIIME) (v1.9.1) (30) и языке программирования R (v4.1.1) ( 31). Альфа-разнообразие (наблюдаемое видовое богатство, оценки Шеннона и Симпсона) было выполнено в R-пакетах «microbiomeSeq» (https://github.com/umerijaz/microbiomeSeq) и «phyloseq» (32). Бета-разнообразие (взвешенные и невзвешенные показатели расстояния UniFrac) измеряли с помощью R-пакетов «phyloseq», «microbiome» и «ape» (33).Кроме того, метагеномная функция набора данных 16S рРНК в здоровом контроле и сообществе COVID-19 была предсказана в соответствии с конвейером PICRUSt2 (https://github.com/picrust/picrust2) (34) в поддержку базы данных KEGG.

Статистический анализ

Статистический анализ бета-ординации был рассчитан как пермутационный дисперсионный анализ (PERMANOVA) в пакете vegan (35) R. Разреженные данные были преобразованы в кратность изменений log1p для выявления статистически значимых бактерий на уровне рода в разных группах.Роды с Kruskal-Wallis p <0,05 были подвергнуты ранговому тексту Уилкоксона (непарному) для множественных сравнений с поправкой Бонферрони, чтобы избежать ложного обнаружения (FDR) из разреженных данных (36). Линейный дискриминантный анализ (LDA) с пороговым значением LDA 2,0 и выше использовался для поиска дифференциально выраженных путей (37). p ≤ 0,05 считалось статистически значимым на всех этапах анализа данных.

Результаты

Статистика последовательности

Секвенирование

Illumina MiSeq дало 1 866 306 считываний парных концов из 74 образцов, в среднем 26 286.2 ± 978,8 чтения на образец. Кривая глубины разрежения (дополнительный рисунок 1) и индекс охвата товара (0,998 ± 0,001) показали, что каждый образец был секвенирован на адекватном уровне насыщения, чтобы зафиксировать максимальное бактериальное разнообразие на разных уровнях таксонов. После фильтрации и обрезки некачественных прочтений и удаления адаптера в общей сложности было сохранено 1 785 506 прочтений. Впоследствии 96,8% прочтений (1 728 198) были объединены, в результате чего было получено 4 411 OTU, 21 тип, 156 семейств и 231 классифицированный род.Последовательности из образцов кишечника ( n = 44) как COVID-19, так и здоровых контролей были сопоставлены с 3029 OTU, в то время как образцы полости рта ( n = 30) были сопоставлены с 2935 OTU. На рисунке 1 показано распределение общих и уникальных OTU в кишечнике и полоскании полости рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей из контрольной группы. Примечательно, что из этих OTU только 239 (5,42%) оказались общими для образцов кишечника и полости рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей (рис. 1А). Сравнивая распределение этих OTU по группам образцов, мы обнаружили, что образцы кишечника пациентов с COVID-19 и здоровых людей содержали 2727 и 1955 OTU соответственно, из которых 54.57% OTU были разделены между условиями (рис. 1B). Более того, среди этих OTU, связанных с кишечником, 1074 (35,46%) имели единственную связь с инфекциями SARS-CoV-2 (случаи COVID-19). С другой стороны, образцы полости рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей содержали 1752 и 2411 OTU соответственно, при этом 41,84% OTU делились между двумя группами. Однако образцы полости рта от пациентов с COVID-19 имели единственную ассоциацию только 524 (17,85%) OTU (рис. 1C).

Рисунок 1 .Распределение общих и уникальных операционных таксономических единиц (OTU) в кишечнике и смывах полости рта здоровых людей и пациентов с COVID-19. (A) Диаграмма Венна, показывающая общие и уникальные OTU среди четырех групп образцов. Черный кружок указывает количество OTU, совместно используемых всеми группами. (B,C) Представляет распределение OTU между здоровыми и COVID-кишечными образцами, а также здоровыми и COVID-пероральными образцами соответственно.

Микробное разнообразие

Альфа-бета-разнообразие микробиоты в кишечнике и смывах полости рта у пациентов с COVID-19 и у здоровых людей показано на рисунке 2.Секвенирование ампликона выявило более высокое микробное богатство в образцах кишечника пациентов с COVID-19 (рис. 2А) и образцах полости рта здоровых людей (рис. 2D). Однако существенной разницы ( P = 0,12, критерий Крускала-Уоллиса) не наблюдалось в индексе равномерности между пациентами с COVID-19 и образцами кишечника и полости рта здоровых людей (рис. 2A–F). Инфекция SARS-COV-2 значительно снизила разнообразие наблюдаемых OTU, а также равномерность Шеннона и Симпсона в кишечнике (рис. 2A–C).Интересно, что, как и в кишечной среде, инфекция SARS-CoV-2 значительно снизила микробное разнообразие в образцах полости рта. Однако снижение разнообразия было более заметным в микробиомах полости рта по сравнению с образцами кишечника (рис. 2D-F). Анализы бета-разнообразия, основанные на филогенетических расстояниях Unifrac, показали различия в структуре микробных сообществ между пациентами с COVID-19 и здоровыми контрольными образцами из кишечника и полости рта (рис. 2G–L). Различия наблюдались как для невзвешенных, так и для взвешенных расстояний Unifrac (PERMANOVA p < 0.005 для обоих расстояний), показывая, что пациенты с COVID-19 и здоровые контроли различаются по качеству (т.е. наличию/отсутствию) и обилию филотипов. Графики анализа основных координат (PCoA), представляющие β-разнообразие, показали значительные различия ( p ≤ 0,005, критерий Краскела-Уоллиса) в составе бактериомов в образцах кишечника и полости рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей. Вариации были более очевидны в невзвешенном UniFrac на основании наличия или отсутствия малочисленных и редких таксонов в сообществе.SARS-CoV-2 значительно модулирует микробиоту кишечника, о чем свидетельствует четкое скопление бактериальных OTU, наблюдаемое как в невзвешенных, так и в взвешенных показателях расстояния UniFrac (рис. 2G, H). Инфекция SARS-CoV-2 вызывает ингибирование распространенных и редких бактерий в ротовой полости, о чем свидетельствует качественная невзвешенная метрика расстояния UniFrac (рис. 2K). Однако количественные различия в структуре микробного сообщества (взвешенные) оказались менее значительными, чем в невзвешенном UniFrac (рис. 2L).

Рисунок 2 . Альфа-бета-разнообразие микробиоты в кишечнике и смывах полости рта здоровых людей и пациентов с COVID-19. (A–F) α-Разнообразие измерений микробиоты кишечника и полости рта с точки зрения наблюдаемых операционных таксономических единиц, индекса Шеннона и Симпсона соответственно. (G) Невзвешенная (наличие-отсутствие) и (H) взвешенная (относительная численность) метрика UniFrac для кишечной и оральной микробиоты здорового контроля и пациентов с COVID-19. (I) Невзвешенная и (J) взвешенная метрика UniFrac для кишечной микробиоты здорового контроля и пациентов с COVID-19. (K) Невзвешенная и (L) взвешенная метрика UniFrac для микробиоты полости рта здорового контроля и пациентов с COVID-19. # Значительно отличается при уровне альфа 0,05. ## Значительно отличается при альфа-уровне 0,005. ### Значительно отличается при альфа-уровне 0,001. ** Значительно отличается при альфа-уровне 0,005. *** Значительно отличается при альфа-уровне 0.001.

Связанные с COVID-19 изменения микробиомов кишечника и полости рта

Проведен сравнительный анализ между пациентами с COVID-19 и здоровыми контрольными образцами. Различия в относительной численности типов между пациентами с COVID-19 и здоровыми контрольными образцами были охарактеризованы с помощью непараметрического теста Крускала-Уоллиса. Всего в образцах кишечника и полости рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей было обнаружено 22 типа бактерий, из них 50 типов.0% были разделены между категориями образцов (рис. 3А, дополнительный материал 1). Кроме того, в настоящем исследовании мы успешно обнаружили 69 порядков бактерий, в том числе 42, 54, 32 и 47 в образцах кишечника COVID-19, полости рта COVID-19, здоровой кишке и здоровой полости рта соответственно. Примечательно, что среди этих групп было обнаружено, что 26 (37,68%) порядков бактерий являются общими (рис. 3B, дополнительный материал 1). Образцы полости рта пациентов с COVID-19 имели единственную ассоциацию 13 (18,84%, самый высокий) порядков, за которыми следовали образцы полости рта здоровых контролей (6 порядков), пациентов с кишечником COVID-19 и образцы кишечника здоровых контролей (2 порядка). в каждом).Несоответствие таксономических составов на уровне типов и порядков было более очевидным на уровне рода среди четырех метагеномных групп. В этом исследовании был обнаружен 231 род бактерий, в том числе 160, 143, 114 и 162 в образцах кишечника COVID-19, полости рта COVID-19, здоровой кишки и здоровой полости рта соответственно. Было обнаружено, что среди этих родов 57 (24,68%) являются общими для четырех групп образцов, а у пациентов с COVID-19 образцы кишечника и полости рта имели единственную ассоциацию из 18 и 24 родов бактерий соответственно (рис. 3C, дополнительный материал 1). ).

Рисунок 3 . Относительное обилие бактерий на уровне типа, порядка и рода в кишечнике и смывах полости рта здоровых людей и пациентов с COVID-19. (A) Численность бактерий на уровне типов. Из 22 обнаруженных типов 11 (50,0%, выделены красным кружком) были общими для всех категорий образцов. (B) Обилие бактерий на уровне порядка. Всего было обнаружено 69 порядков бактерий, из которых 26 (37,68%) оказались общими для всех образцов. (C) Численность бактерий на уровне рода. Всего в образцах кишечника и ротовой полости пациентов с COVID-19 и здоровых контролей был идентифицирован 231 род бактерий, среди которых 57 (24,68%) были общими для всех четырех групп образцов.

Наиболее распространенные типы бактерий в образцах кишечника и полости рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей представлены на рисунке 4. В целом, в микробиоте кишечника и полости рта 74 образцов преобладали Firmicutes, Bacteroidetes и Proteobacteria. типов (рис. 4).Типы Bacteroidetes (47,2%), Firmicutes (28,5%) и Proteobacteria (18,9%) составляли 94,6% от общего числа прочтений в кишечнике пациентов с COVID-19 и здоровых людей (рис. 4, 5A). . Однако пробы из полости рта преобладали над Firmicutes (58,8%), за которыми следовали Proteobacteria (21,2%) и Actinobacteria (10,7%). В отличие от кишечника, содержание Bacteroidetes (7,7%) в образцах из полости рта было ниже (рис. 5А, дополнительный материал 1).Преимущественно выявленные бактериальные отряды в образцах кишечника пациентов с COVID-19 были Bacteroidales (32,75%), Enterobacteriales (23,37%), Clostridiales (13,04%), Lactobacillales (11,47%), 0 Selenomonadales. (9,66%), и Bifidobacteriales (7,27%), тогда как Lactobacillales (54,98%), Micrococcales (11,61%), Enterobacteriales (10,85%), Selenomonadales и 010 (6,

0) (5.33%) были самыми многочисленными бактериальными порядками в образцах полости рта пациентов с COVID-19 (дополнительный материал 1). Точно так же образцы кишечника здоровых людей содержали Bacteroidales (69,71%), Selenomonadales (9,55%), Aeromonadales (9,45%) и Clostridiales (7,40%) в качестве преимущественно многочисленных бактериальных отрядов, в то время как пероральные образцы этих здоровых людей содержали Lactobacillales (41,02%), Betaproteobacteriales (19.36%), Bacteroidales (10,41%), Pasteurellales (5,44%) и Selenomonadales (5,15%) в качестве самых распространенных отрядов бактерий. Остальные отряды бактерий, обнаруженные в этих категориях образцов, имели относительно более низкую (<5,0%) численность (дополнительный материал 1).

Рисунок 4 . Самые распространенные бактериальные типы в образцах кишечника и полости рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей. Было обнаружено, что Firmicutes, Bacteroidetes и Proteobacteria являются наиболее преобладающими типами в выборочных группах.Каждая группа образцов представлена ​​своим цветовым кодом. Скрипичные точки с разными буквами (a▲, b▼) указывают на значительно различную распространенность чтения на уровне типа между образцами кишечника и полости рта с помощью теста Манна-Уитни U .

Рисунок 5 . Таксономическое обилие бактерий в кишечнике и смывах полости рта здоровых людей и пациентов с COVID-19. (A) Тепловая карта, показывающая 20 основных родов бактерий вместе с соответствующими им типами в четырех группах образцов.Цветная полоса представляет значение численности (%) каждого рода в диапазоне от 1 (самая низкая численность; выражено темно-синим цветом) до 100 (самая высокая численность; выражено кирпично-красным цветом) в соответствующей группе образцов. (B) Относительная численность 39 родов бактерий в образцах кишечника и полости рта здоровых людей и пациентов с COVID-19. Численность отсортирована снизу вверх по убыванию количества бактерий, а остальные роды сохранены как «другие роды». Каждая сложенная полоса представляет обилие родов бактерий в каждом образце соответствующей категории.

Настоящее исследование микробиома продемонстрировало заметные различия между микробным сообществом у пациентов с COVID-19 и здоровых людей на уровне рода. Среди всех обнаруженных родов бактерий ( n = 231) в образцах кишечника и полости рта преобладали Prevotella (36,7%) и Streptococcus (43,3%). Prevotella (кишечный; 36,7%, пероральный; 5,6%), Enterococcus (кишечный; 6,9%, пероральный; 4,2%) и Escherichia, Shigella (кишечный; 8.4%, перорально; 1,1%) были единственными тремя бактериями, у которых было более 1% прочтений как в образцах кишечника, так и в образцах полости рта (рис. 5А). Сравнивая таксономическую численность этих родов бактерий по категориям образцов, мы обнаружили, что Bacteroides (19,56%), Prevotella (15,74%), Escherichia и Shigella (14,01%), Enterococcus (11,3 %), Bifidobacterium (8,33%) и Megamonas (7,90%) в кишечнике COVID-19 и Streptococcus (46.06%), Rothia (12,11%), Klebsiella (7,35%), Veillonella (7,22%), Enterococcus (6,45%) и Prevotella (5,32%) при пероральном приеме COVID-19. преимущественно многочисленные роды (рис. 5B, дополнительный материал 1). Наоборот, Prevotella (66,31%) и Succinivibrio (9,76%) в здоровом кишечнике, Streptococcus (38,71%), Neisseria (19,36%), Prevotella 900emophilus 0 (9,0040%) и Ha. (5.30%) в образцах здоровой полости рта были самыми многочисленными родами бактерий.

Остальные роды бактерий, обнаруженные в этих четырех группах образцов, имели относительно более низкую численность (<5,0%) (рис. 5B, дополнительный материал 1). Преобладающие роды в образцах кишечника и полости рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей в ответ на различные клинические состояния задокументированы в таблицах 1 и 2 соответственно. Таким образом, инфекции SARS-CoV-2 значительно ( p <0,003, тест Крускала-Уоллиса) увеличили количество Escherichia, Shigella, Enterococcus, Bacteroides и Bifidobacterium в образцах кишечника, тогда как количество Prevotella Было обнаружено, что уменьшается (дополнительная таблица 1).Среди этих родов Enterococcus имели более высокую численность у пациентов с COVID-19, которые страдали от потери движения (LoM) до заражения SARS-CoV-2, по сравнению с пациентами с движением и здоровым контролем (таблица 1). Escherichia и Shigella были идентифицированы как сигнатурные бактерии у пациентов с диареей COVID-19, и лекарства оказали незначительное влияние на эти грамотрицательные копатогены SARS-CoV-2. В то время как инфекция SARS-CoV-2 значительно снижала рост Prevotella в кишечнике пациентов с COVID-19, дальнейшая потеря численности наблюдалась у пациентов, принимавших лекарства i.д., общие антибиотики, включая азитромицин, метронидазол, амоксициллин и ципрофлоксацин (таблица 1). В отличие от образцов кишечника, относительная численность Prevotella, Neisseria, Haemophilus и Porphyromonas значительно снизилась ( p <0,04, тест Крускала-Уоллиса) в микробиоме полости рта после заражения SARS-CoV-2 (таблица 2, Дополнительная таблица 2). Напротив, среди наиболее распространенных бактериальных родов значительно увеличилась только относительная численность Rothia ( p < 0.005, тест Крускала-Уоллиса) после инфицирования SARS-CoV-2. Streptococcus был обнаружен с более высокой относительной численностью у пациентов с COVID-19, страдающих BDST и LoM (таблица 2).

Таблица 1 . Основные роды в образцах кишечника пациентов с COVID-19 и здоровых людей в ответ на различные клинические состояния.

Таблица 2 . Основные роды в полосканиях рта пациентов с COVID-19 и здоровых людей в ответ на различные клинические состояния.

Связанные с COVID-19 изменения метаболических характеристик микробиомов кишечника и полости рта

Чтобы получить представление о взаимосвязи между SARS-COV-2 с функциями микробиома кишечника и полости рта как у пациентов с COVID-19, так и у здоровых людей, был реализован PICRUSt для прогнозирования потенциальных метагеномов на основе профилей сообщества нормированных генов 16S рРНК. На рисунке 6 показаны предсказанные дифференциально выраженные метаболические пути в кишечнике и ротовой полости у пациентов с COVID-19 и у здоровых людей.При сравнении количества генов, отнесенных к каждому пути KEGG, между группами был обнаружен ряд существенных различий ( p = 0,012, критерий Крускала-Уоллиса), которые приводят к функциональному расхождению у пациентов с COVID-19 и здоровых людей. -ассоциированные микробиомы. Как показано на рисунке 6A, было предсказано 23 значительно различающихся функциональных пути KEGG между микробиомами кишечника пациентов с COVID-19 и здоровых людей. Из этих категорий KEGG 12 функциональных категорий были сильно обогащены микробиомами кишечника пациентов с COVID-19, включая вторичный синтез желчных кислот, фосфотрансферазную систему (PTS), метаболизм липоевой кислоты, метаболизм галактозы, транспортеры АТФ-связывающей кассеты (ABC), метаболизм аскорбата и альдарата, метаболизм пирувата, деградация диоксинов, деградация нитротолуола, метаболизм сфинголипидов, двухкомпонентные системы и метаболизм пропаноата (рис. 6А).Напротив, кишечные микробиомы здоровых людей были обогащены биосинтезом липополисахарида, метаболизмом D-глютамина и D-глутамата, биосинтезом фолиевой кислоты, пептидогликана, зеатина и аминоацил-т-РНК, РНК-полимеразой, рибосомами, аминокислотами (например, аланин, аспартат, и глутамат) и метаболизм витамина B6 (рис. 6А). Точно так же в микробиомах полости рта пациентов с COVID-19 наблюдалась сверхэкспрессия гена, кодирующего ПТС, синтез и деградацию кетоновых тел, метаболизм СНО (например, галактозы, фруктозы и маннозы), метаболизм аминосахаров и нуклеотидов, гликолиз и глюконеогенез. метаболизм аскорбата и альдарата, а также метаболизм двухосновных кислот с С5-разветвлением.И наоборот, микробиомы полости рта здоровых людей показали более высокое содержание метаболических генов, связанных с биосинтезом липополисахарида, биосинтезом ванкомициновых групп антибиотиков, биотином, гистидином, никотинатом и никотинамидом, аминокислотами (аланин, аспартат и глутамат) и метаболизмом витамина B6, а также биосинтез стрептомицина (рис. 6В). Следовательно, прогнозируемая сверхэкспрессия PTS наблюдалась как в образцах кишечника, так и в образцах полости рта от пациентов с COVID-19, и экспрессия была самой высокой и второй по величине соответственно.

Рисунок 6 . Предсказаны дифференциально выраженные метаболические пути в кишечнике (A) и смывах полости рта (B) здоровых контролей и пациентов с COVID-19. Всего было предсказано 23 и 18 путей KEGG в образцах кишечника и полости рта соответственно. Гистограмма, показывающая оценку линейного дискриминантного анализа (LDA) от 0 до 3, представляет характер экспрессии путей в каждой категории образцов.

Обсуждение

Патофизиология инфекции SARS-CoV-2 характеризуется одновременной ассоциацией различных микробных консорциумов, которые активно участвуют в возникновении полиорганной дисфункции.Таким образом, тяжесть заболевания у пациентов с COVID-19 скорее обусловлена ​​не только вирусной инфекцией, но и дисбиозом микробиомов в различных системах организма человека (5, 6, 20). Соответственно, микробиом полости рта и кишечника пациентов с COVID-19 в этом исследовании демонстрировал меньшее разнообразие по сравнению со здоровым контролем, как сообщалось в другом месте (38). Было обнаружено, что состав кишечной и ротовой микробиоты пациентов с COVID-19 претерпевает отчетливые изменения, которые могут модулировать различные клинические проявления COVID-19, включая потерю вкуса, потерю сознания, диарею, затрудненное дыхание и боль в горле.Разнообразие микробиомов в образцах кишечника и полости рта как пациентов с COVID-19, так и здоровых лиц значительно различалось внутри (альфа) и между (бета) образцами (за исключением индексов равномерности; p = 0,12, критерий Крускала-Уоллиса). . Снижение комменсального бактериального разнообразия считается ключевым индикатором дисбактериоза при некоторых заболеваниях (39). Это исследование выявило глубокие изменения как в микробиоме полости рта, так и в кишечном микробиоме, которые отразились в существенных и значительных изменениях в структуре сообщества, выявляющих потенциальные роды бактериальных маркеров и объясняющих прогнозируемый функциональный профиль.

Различия в доминирующих микробных типах (например, Firmicutes, Bacteroidetes и Proteobacteria ) наблюдались между двумя исследуемыми группами выборки; однако относительная численность Bacteroidetes оставалась намного ниже в пероральных образцах. Эта тенденция также была сходной между здоровым контролем и пациентами с COVID-19 с различными клиническими состояниями. Инфекция SARS-CoV-2 снизила количество Bacteroidetes , известного производителя углеводов (40), что может частично объяснить причину низкого функционального количества транспорта углеводов и метаболизма в группах COVID-19 (41).У пациентов с COVID-19 отмечалось обогащение патогенными и комменсальными бактериями, что свидетельствует о степени микробных изменений в клиническом состоянии. Это исследование показало, что некоторые отряды бактерий, включая Enterobacteriales, Clostridiales, Lactobacillales, Bifidobacteriales и Micrococcales , имели более высокую относительную численность в образцах кишечника и полости рта пациентов с COVID-19 по сравнению со здоровым контролем. Изменения в составе и относительной численности микробиомов были более очевидны на уровне рода.Эти результаты показали, что образцы кишечника и полости рта, связанные с COVID-19, имели более высокую относительную численность бактерий родов, таких как Bacteroides, Escherichia и Shigella, Enterococcus, Bifidobacterium, Megamonas, Streptococcus, Rothia, Klebsiella и Veillonella . . В кишечнике пациентов с COVID-19 были обнаружены различные уровни Bacteroides, Prevotella, Escherichia, Shigella, Enterococcus, Bifidobacterium, Megamonas и Actinomyces , что согласуется с результатами нескольких предыдущих исследований (38, 42). ).Виды Prevotella были чрезмерно представлены в популяциях пациентов с COVID-19 (43), тогда как представители родов Prevotella и Veillonella были в изобилии представлены у пациентов с COVID-19 (44).

Представители рода Prevotella ранее ассоциировались с системными инфекциями, включая слабовыраженное системное воспаление, и предполагается, что они продуцируют белки, которые способствуют инфицированию SARS-CoV-2 и увеличивают клиническую тяжесть COVID-19 (43).Увеличение количества этих двух родов на языке также было связано с повышенным риском смерти от пневмонии у пожилых и ослабленных пациентов (45, 46). Оба рода Prevotella и Veillonella способны вызывать воспалительные реакции. Виды Veillonella продемонстрировали сильную способность индуцировать интерлейкин-6 (IL-6) (47), тогда как штаммы Prevotella преимущественно активируют толл-подобный рецептор-2 (TLR-2) и усиливают экспрессию воспалительных цитокинов, включая Ил-23 и Ил-1 (48). Rothia — это вид бактерий, обнаруживаемый во рту и связанный с индуцированным T-хелпером 17 (Th27) воспалением легких и пневмонией у пациентов с ослабленным иммунитетом (48). Присутствие Rothia в кишечнике может указывать на то, что микроорганизмы мигрируют изо рта и дыхательной системы в кишечник. Streptococcus и Rothia были связаны с восприимчивостью к вторичной бактериальной инфекции легких у пациентов с птичьим вирусом H7N9 в предыдущем исследовании (49).Другое исследование показало, что вызванные актиномицетами изменения кишечной среды и иммунологических факторов могут усугубить вред, причиняемый воспалительным заболеванием кишечника (50). Эти изменения могут быть вызваны инфекцией SARS CoV-2, способствующей защитному иммунологическому ответу кишечной микробиоты, но необходимы дополнительные исследования.

Недавно в нескольких исследованиях была проанализирована бактериальная инфекция среди госпитализированных пациентов с COVID-19 и обнаружена положительная корреляция между продолжительностью пребывания в больнице и возможностью заражения внутрибольничными инфекциями и коинфекциями (51, 52).Бактериальные роды, такие как Prevotella , оставались значительно ниже в микробиоме кишечника пациентов с COVID-19 по сравнению со здоровыми людьми, что, возможно, свидетельствует об уменьшении количества комменсальных бактерий и противодействии инфекциям SARS-CoV-2 (53). Исчезновение этих комменсальных бактерий (например, Prevotella ) из микробиома полости рта указывает на то, что Prevotella может действовать как местный пробиотик и противодействовать SARS-CoV-2, защищая его у пациентов с COVID-19 (54).Кроме того, Neisseria , многочисленный род бактерий, обнаруженный в образцах полости рта здоровых людей, показал резко более низкую относительную численность в образцах полости рта пациентов с COVID-19, что свидетельствует о дисбактериозе этого рода в микробном сообществе полости рта (55). . Стоит отметить, что более высокое относительное содержание Rothia в ротовой флоре некоторых пациентов с тяжелым течением COVID-19 с несколькими сопутствующими заболеваниями (такими как LoT, LoM, DRR, MC и BDST) может повлиять на индивидуальную восприимчивость к SARS. CoV-2 путем модулирования состава комменсального микробиома (38).В недавнем исследовании род Rothia был обнаружен в повышенных концентрациях в кишечном микробиоме пациентов с гриппом SARS-CoV-2 и h2N1 (53), что подтверждает наши настоящие результаты. Исчезновение патогенных родов бактерий, таких как Haemophilus и Porphyromonas , из микробиома полости рта и кишечника пациентов с COVID-19 предполагает возможные побочные эффекты других сосуществующих бактериальных сообществ, таких как потеря и нехватка необходимых пищевых питательных веществ, таких как минералы и микроэлементы. 56).

В текущем исследовании также была предпринята попытка изучить связь микробиоты с различными клиническими состояниями у пациентов с COVID-19. В этом исследовании пациенты с COVID-19, имеющие такие осложнения, как потеря вкуса (LoT) и LoM, представляли более низкую численность существующих ротовых бактерий (например, Prevotella, Neisseria, Haemophilus и Porphyromonas ), чем пациенты с COVID-19. 19 без каких-либо клинических осложнений, что отражает возможное значительное влияние этих родов бактерий на хозяина в поддержании гомеостаза.Когерентно, пациенты с COVID-19 с трудностями или без них показали аналогичные результаты, т. Е. Потеря перорального Neisseria , что указывает на снижение разнообразия микробиоты ротовой полости. По сравнению с кишечным микробиомом наш анализ показал более сильное нарушение микробиома полости рта после инфекции SARS-CoV-2, при этом было обнаружено значительное снижение Neisseria , основного микробного рода полости рта, наряду с подавлением нескольких ключевых метаболических процессов. пути, включающие цикл ТСА (57).Это исследование также показало, что пациенты с COVID-19, страдающие диареей, обладают более высокой микробной сигнатурой желудочно-кишечных патогенов, например, Escherichia и Shigella , по сравнению со здоровыми субъектами. В более ранних отчетах также предполагалось, что эта кишечная микробиота способствует воспалению и тяжести заболевания при COVID-19, что подтверждает настоящие результаты (53, 58). Точно так же Enterococcus был обнаружен в качестве сигнатурной бактерии у пациентов с COVID-19 с LoM.У пациентов с SARS-CoV-2 было более высокое содержание Enterococcus , что позволяет предположить, что патогенез респираторных вирусов, по-видимому, также определяется воспалительными кишечными микробиомами (53).

Еще одним признаком тяжести заболевания при COVID-19 являются нарушения метаболических функций в кишечном и ротовом микробиомах. Анализ путей KEGG показал, что метаболические пути различаются у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, и у здоровых людей. Путь PTS необходим для производства АТФ, который используется кишечной микробиотой, особенно для индикации дефицита энергии у человека-хозяина (59).Выявлено также, что гены, кодирующие синтез и деградацию кетоновых тел, метаболизм СНО, метаболизм аминосахаров и нуклеотидных сахаров, гликолиз и глюконеогенез, метаболизм аскорбата и альдарата, метаболизм двухосновных кислот с разветвленной цепью С5, также были сверхэкспрессированы в ротовой полости. микробиомы пациентов с COVID-19 по сравнению со здоровыми субъектами. Полость рта является одной из первых точек проникновения в организм и значительным резервуаром SARS-CoV-2; следовательно, можно сделать рациональный вывод, что дисбиоз микробиома, вызванный инфекцией SARS-CoV-2, первоначально возникает в ротовой полости и впоследствии влияет на отдаленные микробиомы на связанных участках тела через ось рот-легкие или рот-кишка (6). , 60).Это открытие предполагает, что микробиом полости рта пациентов с COVID-19 может иметь более низкую способность обработки генетической информации. В частности, мембранный транспорт (например, транспортеры ABC) и подвижность клеток (например, бактериальный хемотаксис и сборка жгутиков) были сильно истощены в микробиомах полости рта пациентов с COVID-19.

С другой стороны, было обнаружено, что путь биосинтеза липополисахаридов выше в кишечнике и ротовой полости у здоровых людей, что подтверждает взаимосвязь между осью кишечника и легких (61).Интересно, что роды бактерий, такие как Prevotella, Porphyromonas , продуцируют короткоцепочечные жирные кислоты (62), количество которых значительно сократилось (таблица 2) у хозяина из-за инфекции SARS-CoV-2. Потенциальная связь между различными сообществами микробиоты человека, вирусными частицами и клиническими состояниями, такими как диарея, потеря подвижности у человека-хозяина, предполагает возможное лечение на основе микробиоты наряду с потенциальным использованием в качестве раннего биомаркера для различных заболеваний. Настоящее исследование, хотя и представило несколько значимых результатов, не было лишено ограничений.Во-первых, число пациентов, включенных в исследование, невелико по сравнению с другими исследованиями. Во-вторых, было важно следить за пациентами до и после COVID-19 из-за их страха и нежелания.

Настоящие результаты показывают четкую тенденцию и корреляцию заболеваемости дисбиозом микробиоты у лиц, инфицированных SARS-CoV-2, что подтверждает роль микробиома как индикатора тяжести заболевания. Профиль микробиома пациентов с COVID-19 может оказать влияние на модулирование микробиома кишечника, введение здоровых микробов внутрь организма и восстановление неблагоприятных микробных сдвигов, а также таргетные лекарства.Для понимания патогенеза SARS-CoV-2 рекомендуются дальнейшие углубленные исследования микробных функций, взаимодействия хозяина и микробиома во время инфекции SARS-CoV-2, а также изучение потенциала пробиотиков и пребиотиков.

Заключение

В желудочно-кишечном тракте человека обитает разнообразное микробное сообщество, которое играет важную роль в заболеваниях желудочно-кишечного тракта и дыхательных путей, включая регуляцию иммунитета хозяина и предотвращение колонизации микробными патогенами.Нарушенный гомеостаз или дисбактериоз свидетельствует о микробном дисбалансе или дезадаптации внутри человеческого организма. В совокупности в этом исследовании сообщалось об изменениях микробиома полости рта и кишечника у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, с метаболическими функциональными нарушениями, и был проведен всесторонний анализ для оценки их потенциальных последствий и последствий. Связь между родами микробов с различными клиническими сопутствующими заболеваниями у пациентов с COVID-19 указывает на потенциал вмешательства на основе микробиома в профилактику и лечение COVID-19.Вся эта информация предоставляет новые знания с инновационными перспективами для борьбы с продолжающейся пандемией COVID-19 и управления ею. Величину обилия некомменсальных микробов можно использовать в качестве показателя тяжести инфекции SARS-CoV-2, подразумевая роль биомаркеров. Требуется дополнительное внимание для изучения микробного сдвига и иммунных реакций хозяина между пациентами с COVID-19 и здоровым контролем, чтобы изучить фактическую роль кишечных микробов в патогенезе SARS-CoV-2.

Заявление о доступности данных

Первоначальные материалы, представленные в исследовании, общедоступны. Эти данные можно найти здесь: Биопроект PRJNA767939.

Заявление об этике

Исследования с участием людей были рассмотрены и одобрены Институциональным наблюдательным советом больницы общего профиля на 250 коек, Чаттограм, Бангладеш. Пациенты/участники предоставили письменное информированное согласие на участие в этом исследовании.

Вклад авторов

SR, MF, HM, MR, ASi и AM задумали и разработали эксперименты.MF, ASa, ATan, SN, SB, ATay и AM проводили эксперименты. HM и MR отобрали и опросили пациентов. MF, MH, ASa, ATan, SB, SN и AM проанализировали данные и составили рукопись. SR, MF, MH, ASi, ATay и AM редактировали рукопись. Все авторы внесли свой вклад в статью и одобрили представленную версию.

Финансирование

Это исследование финансировалось Отделом исследований и публикаций Университета Читтагонга (Ref. No: 343/Res/Pub/Cell//CU/2021).

Конфликт интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Примечание издателя

Все претензии, изложенные в этой статье, принадлежат исключительно авторам и не обязательно представляют претензии их дочерних организаций или издателя, редакторов и рецензентов. Любой продукт, который может быть оценен в этой статье, или претензии, которые могут быть сделаны его производителем, не гарантируются и не поддерживаются издателем.

Благодарности

Авторы выражают благодарность больнице общего профиля на 250 коек, Chattogram, Исследовательской группе по биологии болезней и молекулярной эпидемиологии (dBme), Исследовательской группе по геномике, Лаборатории молекулярной генетики (отд.генной инженерии и биотехнологии Университета Читтагонга) и CVASU за их поддержку в ходе исследования.

Дополнительный материал

Дополнительный материал к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2022.821777/full#supplementary-material

.

Ссылки

2. Patel KP, Vunnam SR, Patel PA, Krill KL, Korbitz PM, Gallagher JP, et al. Передача SARS-CoV-2: обновление текущей литературы. Eur J Clin Microbiol Infect Dis . (2020) 39:2005–11. doi: 10.1007/s10096-020-03961-1

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

3. Рахман М.С., Хок М.Н., Ислам М.Р., Актер С., Алам АРУ, Сиддик М.А. и соавт. Дизайн химерной пептидной вакцины на основе эпитопов против белков S, M и E SARS-CoV-2, этиологического агента пандемии COVID-19: подход in silico. ПирДж. (2020) 8:e9572. doi: 10.7717/peerj.9572

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

4.Хок М.Н., Чаудхури А., Аканда М.А.М., Хоссейн М.А., Ислам М.Т. Геномное разнообразие и эволюция, диагностика, профилактика и лечение пандемического заболевания COVID-19. ПирДж. (2020) 8:e9689. doi: 10.7717/peerj.9689

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

5. Хок М.Н., Актер С., Мишу И.Д., Ислам М.Р., Рахман М.С., Ахтер М. и соавт. Микробные коинфекции при COVID-19: ассоциированная микробиота и основные механизмы патогенеза. Микробиол Патог .(2021) 156:104941. doi: 10.1016/j.micpath.2021.104941

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

6. Хок М.Н., Рахман М.С., Ахмед Р., Хоссейн М.С., Ислам М.С., Ислам Т. и соавт. Разнообразие и геномные детерминанты микробиомов, связанных с COVID-19 и респираторными заболеваниями, не связанными с COVID. Gene Rep. (2021) 23:101200. doi: 10.1016/j.genrep.2021.101200

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

7. Рахман М.С., Хок М.Н., Ислам М.Р., Ислам I, Мишу И.Д., Рахаман М.М. и др.Мутационное понимание белка оболочки SARS-CoV-2. Gene Rep. (2021) 22:100997. doi: 10.1016/j.genrep.2020.100997

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

8. Musuuza JS, Watson L, Parmasad V, Putman-Buehler N, Christensen L, Safdar N. Распространенность и исходы коинфекции и суперинфекции SARS-CoV-2 и другими патогенами: систематический обзор и метаанализ. ПЛОС ОДИН. (2021) 16:e0251170. doi: 10.1371/журнал.пон.0251170

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

9. Zhou F, Yu T, Du R, Fan G, Liu Y, Liu Z, et al. Клиническое течение и факторы риска смертности взрослых стационарных пациентов с COVID-19 в Ухане, Китай: ретроспективное когортное исследование. Ланцет. (2020) 395:1054–62. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30566-3

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

10. Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, et al. Эпидемиологические и клинические характеристики 99 случаев новой коронавирусной пневмонии 2019 года в Ухане, Китай: описательное исследование. Ланцет. (2020) 395: 507–13. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30211-7

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

11. Абу Хаммад О., Алназзави А., Борзанги С.С., Абу-Хаммад А., Файад М., Саадаледин С. и др. Факторы, влияющие на глобальные колебания числа случаев и летальных исходов от COVID-19; Обзор. Здравоохранение. (2020) 8:216. doi: 10.3390/healthcare8030216

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

12. Ислам М.Р., Хок М.Н., Рахман М.С., Алам АРУ, Актер М., Пуспо Дж.А. и соавт.Полногеномный анализ штаммов вируса SARS-CoV-2, циркулирующих по всему миру, свидетельствует о гетерогенности. Научный представитель (2020) 10:14004. doi: 10.1038/s41598-020-70812-6

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

13. Soffritti I, D’Accolti M, Fabbri C, Passaro A, Manfredini R, Zuliani G, et al. Дисбактериоз микробиома полости рта связан с тяжестью симптомов и местным иммунным/воспалительным ответом у пациентов с COVID-19: перекрестное исследование. Фронт микробиол. (2021) 12:1397. doi: 10.3389/fmicb.2021.687513

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

15. Кинросс Дж.М., фон Роон А.С., Холмс Э., Дарзи А., Николсон Дж.К. Микробиом кишечника человека: последствия для здравоохранения будущего. Curr Gastroenterol Rep. (2008) 10:396–403. doi: 10.1007/s11894-008-0075-y

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

18. Balmant BD, Torrinhas RS, Rocha IM, Fonseca DC, Formiga FF, Bonfá ES, et al.Инфекция SARS-CoV-2, дисбактериоз кишечника и неоднородные клинические результаты применения гидроксихлорохина при терапии COVID-19 — есть ли связь? Питание. (2021) 85:111115. doi: 10.1016/j.nut.2020.111115

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

19. Ren X, Wen W, Fan X, Hou W, Su B, Cai P, et al. Иммунные особенности COVID-19, выявленные с помощью крупномасштабного атласа транскриптома отдельных клеток. Сотовый. (2021) 184:1895–913.e19. doi: 10.1016/j.cell.2021.01.053

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

20.Yeoh YK, Zuo T, Lui GC-Y, Zhang F, Liu Q, Li AY и др. Состав кишечной микробиоты отражает тяжесть заболевания и дисфункциональные иммунные реакции у пациентов с COVID-19. Гут. (2021) 70: 698–706. doi: 10.1136/gutjnl-2020-323020

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

21. Zuo T, Zhang F, Lui GC, Yeoh YK, Li AY, Zhan H, et al. Изменения микробиоты кишечника пациентов с COVID-19 во время госпитализации. Гастроэнтерология. (2020) 159: 944–55.е8. doi: 10.1053/j.gastro.2020.05.048

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

22. Klindworth A, Pruesse E, Schweer T, Peplies J, Quast C, Horn M, et al. Оценка общих праймеров для ПЦР гена рибосомной РНК 16S для классических исследований и исследований разнообразия на основе секвенирования следующего поколения. Рез. нуклеиновых кислот. (2013) 41:e1. doi: 10.1093/nar/gks808

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

24. Хок М.Н., Истиак А., Рахман М.С., Ислам М.Р., Анвар А., Сиддики А.З. и др.Динамика микробиома и геномные детерминанты мастита крупного рогатого скота. Геномика. (2020) 112: 5188–203. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.09.039

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

26. Albanese D, Fontana P, De Filippo C, Cavalieri D, Donati C. MICCA: полное и точное программное обеспечение для таксономического профилирования метагеномных данных. Научный представитель (2015) 5:9743. дои: 10.1038/srep09743

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

27.Gao X, Lin H, Revanna K, Dong Q. Байесовский метод таксономической классификации последовательностей генов 16S рРНК с повышенной точностью на уровне видов. BMC Биоинформатика. (2017) 18:247. doi: 10.1186/s12859-017-1670-4

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

28. Хок М.Н., Истиак А., Клемент Р.А., Гибсон К.М., Саха О., Ислам О.К. и др. Взгляд на резистом микробиома клинического мастита крупного рогатого скота, который является ключевым фактором осложнений заболевания. Фронт микробиол. (2020) 11:860. doi: 10.3389/fmicb.2020.00860

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

30. Kuczynski J, Stombaugh J, Walters WA, Gonzalez A, Caporaso JG, Knight R. Использование QIIME для анализа последовательностей генов 16S рРНК из микробных сообществ. Curr Protoc Биоинформатика. (2011) Глава 10: Раздел 10.7. дои: 10.1002/0471250953.bi1007s36

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

31. Команда RC. R: Язык и среда для статистических вычислений .Основная команда R (2013).

Академия Google

32. McMurdie PJ, Holmes S. phyloseq: пакет R для воспроизводимого интерактивного анализа и графики данных переписи микробиома. ПЛОС ОДИН. (2013) 8:e61217. doi: 10.1371/journal.pone.0061217

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

34. Douglas GM, Maffei VJ, Zaneveld JR, Yurgel SN, Brown JR, Taylor CM, et al. PICRUSt2 для предсказания функций метагенома. Нац биотехнолог. (2020) 38: 685–8. doi: 10.1038/s41587-020-0548-6

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

35. Диксон П. ВЕГАН, пакет функций R для экологии сообщества. J Veg Sci. (2003) 14:927–30. doi: 10.1111/j.1654-1103.2003.tb02228.x

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

36. Хок М.Н., Истиак А., Клемент Р.А., Султана М., Крэндалл К.А., Сиддики А.З. и соавт. Метагеномное глубокое секвенирование выявляет связь сигнатуры микробиома с функциональными отклонениями при мастите крупного рогатого скота. Научный представитель (2019) 9:13536. doi: 10.1038/s41598-019-49468-4

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

37. Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L, Garrett WS, et al. Открытие и объяснение метагеномных биомаркеров. Геном Биол. (2011) 12:P47. doi: 10.1186/gb-2011-12-s1-p47

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

38. Wu Y, Cheng X, Jiang G, Tang H, Ming S, Tang L, et al. Изменение микробиоты полости рта и кишечника и ее связь с вирусной нагрузкой SARS-CoV-2 у пациентов с COVID-19 во время госпитализации. Микробиомы биопленок NPJ. (2021) 7:61. doi: 10.1038/s41522-021-00232-5

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

39. Kriss M, Hazleton KZ, Nusbacher NM, Martin CG, Lozupone CA. Дисбактериоз кишечной микробиоты с низким разнообразием: факторы, функциональные последствия и восстановление. Curr Opin Microbiol. (2018) 44:34–40. doi: 10.1016/j.mib.2018.07.003

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

42. Gheblawi M, Wang K, Viveiros A, Nguyen Q, Zhong J-C, Turner AJ, et al.Ангиотензинпревращающий фермент 2: рецептор SARS-CoV-2 и регулятор ренин-ангиотензиновой системы: празднование 20-летия открытия ACE2. Циркуляр Рез. (2020) 126:1456–74. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.120.317015

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

43. Хан А.А., Хан З. Сверхэкспрессированные белки prevotella, связанные с COVID-2019, опосредуют взаимодействия хозяин-патоген и их роль во вспышке коронавируса. Биоинформатика. (2020) 36:4065–9. doi: 10.1093/биоинформатика/btaa285

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

44. Wu F, Zhao S, Yu B, Chen Y-M, Wang W, Song Z-G, et al. Новый коронавирус, связанный с респираторным заболеванием человека в Китае. Природа. (2020) 579: 265–9. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

45. Асакава М., Такешита Т., Фурута М., Кагеяма С., Такеучи К., Хата Дж. и др.Микробиота языка и состояние здоровья полости рта у пожилых людей, проживающих в сообществе. Мсфера. (2018) 3:e00332–18. doi: 10.1128/mSphere.00332-18

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

46. Кагеяма С., Такэсита Т., Фурута М., Томиока М., Асакава М., Сума С. и др. Взаимосвязь вариаций микробиоты языка и смертности от пневмонии у обитателей домов престарелых. J Gerontol Ser A. (2018) 73:1097–102. doi: 10.1093/gerona/glx205

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

47.ван ден Богерт Б., Мейеринк М., Зотендал Э.Г., Уэллс Дж.М., Клееребезем М. Иммуномодулирующие свойства изолятов стрептококков и вейлонелл из микробиоты тонкого кишечника человека. ПЛОС ОДИН. (2014) 9:e114277. doi: 10.1371/journal.pone.0114277

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

48. Segal LN, Clemente JC, Tsay J-CJ, Koralov SB, Keller BC, Wu BG, et al. Обогащение микробиома легких оральными таксонами связано с воспалением легких фенотипа Th27. Нат. микробиол. (2016) 1:16031. doi: 10.1038/nmicrobiol.2016.31

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

49. Lu H-F, Li A, Zhang T, Ren Z-G, He K-X, Zhang H, et al. Нарушение микробных сообществ ротоглотки у пациентов с H7N9 с вторичной бактериальной инфекцией легких или без нее. Новые микробы заражают . (2017) 6:e112. doi: 10.1038/emi.2017.101

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

51.Лэнгфорд Б.Дж., Со М., Райбардхан С., Леунг В., Вествуд Д., Макфадден Д.Р. и др. Бактериальная коинфекция и вторичная инфекция у пациентов с COVID-19: живой экспресс-обзор и метаанализ. Clin Microbiol Infect. (2020) 26:1622–9. doi: 10.1016/j.cmi.2020.07.016

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

52. Хьюз С., Труаз О., Дональдсон Х., Могол Н., Мур Л.С. Бактериальная и грибковая коинфекция среди госпитализированных пациентов с COVID-19: ретроспективное когортное исследование в учреждениях вторичной медицинской помощи в Великобритании. Clin Microbiol Infect. (2020) 26:1395–9. doi: 10.1016/j.cmi.2020.06.025

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

53. Gu S, Chen Y, Wu Z, Chen Y, Gao H, Lv L, et al. Изменения микробиоты кишечника у пациентов с коронавирусной болезнью 2019 или гриппом h2N1. Клин Infect Dis. (2020) 71: 2669–78. doi: 10.1093/cid/ciaa709

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

54. Iebba V, Zanotta N, Campisciano G, Zerbato V, Di Bella S, Cason C, et al.Профилирование микробиоты полости рта и цитокинов у пациентов с COVID-19. Фронт Микробиол . (2021) 1603:422589. дои: 10.1101/2020.12.13.422589

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

55. Donati C, Zolfo M, Albanese D, Truong DT, Asnicar F, Iebba V, et al. Выявление тропизма и персистенции пероральных нейссерий с помощью метагеномного секвенирования. Нат. микробиол. (2016) 1:16070. doi: 10.1038/nmicrobiol.2016.70

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

58.Чаттопадхьяй И, Шанкар ЭМ. Связь между SARS-CoV-2 и местной микробиотой: способствует ли кишечная микробиота воспалению и тяжести заболевания при COVID-19? Front Cell Infect Microbiol. (2021) 11:96. doi: 10.3389/fcimb.2021.5

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

59. Zoetendal EG, Raes J, Van Den Bogert B, Arumugam M, Booijink CC, Troost FJ, et al. Микробиота тонкого кишечника человека обусловлена ​​быстрым поглощением и преобразованием простых углеводов. ISME J. (2012) 6:1415–26. doi: 10.1038/ismej.2011.212

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

61. де Оливейра GLV, Оливейра CNS, Пинзан CF, де Салис LVV, Cardoso CRdB. Модуляция микробиотой оси кишечник-легкие при COVID-19. Фронт Иммунол. (2021) 12:214. doi: 10.3389/fimmu.2021.635471

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

62. Магрин Г.Л., Штраус Ф.Дж., Бенфатти С.А., Майя Л.С., Грубер Р.Воздействие короткоцепочечных жирных кислот на эпителиальные клетки ротовой полости человека и потенциальное воздействие на заболевания пародонта: систематический обзор исследований in vitro. Int J Mol Sci. (2020) 21:4895. дои: 10.3390/ijms21144895

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Микробиом верхних дыхательных путей в норме и патологии | BMC Biology

  • Костелло Э.К., Лаубер К.Л., Хамади М., Фиерер Н., Гордон Дж.И., Найт Р. Изменчивость бактериального сообщества в средах обитания человека в пространстве и времени.Наука. 2009; 326:1694–7. https://doi.org/10.1126/science.1177486.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ллойд-Прайс Дж., Махуркар А., Рахнавард Г., Крэбтри Дж., Орвис Дж., Холл А.Б. и др. Штаммы, функции и динамика в расширенном проекте микробиома человека. Природа. 2017; 550:61. https://doi.org/10.1038/nature23889.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • de Steenhuijsen Piters WAA, Sanders EAM, Bogaert D.Роль местной микробной экосистемы в респираторных заболеваниях и здоровье. Philos Trans R Soc B Biol Sci. 2015;370:20140294. https://doi.org/10.1098/rstb.2014.0294.

    КАС Статья Google ученый

  • Диксон Р., Эрб-Даунвард Дж., Мартинес Ф., Хаффнэгл Г. Микробиом и дыхательные пути. Публичный доступ HHS. 2017; 78: 481–504.

    Google ученый

  • Лайтхарт Б.Мини-обзор изменений концентрации, обнаруженных в атмосферных бактериальных популяциях на открытом воздухе. 2000. https://link.springer.com/content/pdf/10.1023%2FA%3A1007694618888.pdf. По состоянию на 22 октября 2018 г.

    Google ученый

  • Коупленд Э., Леонард К., Карни Р., Конг Дж., Форер М., Найду И. и др. Хронический риносинусит: возможная роль микробного дисбактериоза и рекомендации по местам отбора проб. Front Cell Infect Microbiol. 2018;8:57.https://doi.org/10.3389/fcimb.2018.00057.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Домингес-Белло М.Г., Костелло Э.К., Контрерас М., Магрис М., Идальго Г., Фиерер Н. и др. Способ родоразрешения определяет приобретение и структуру исходной микробиоты в различных средах обитания новорожденных. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010;107:11971–5. https://doi.org/10.1073/pnas.1002601107.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • de Steenhuijsen Piters WAA, Huijskens EGW, Wyllie AL, Biesbroek G, Van Den Bergh MR, Veenhoven RH, et al.Дисбактериоз микробиоты верхних дыхательных путей у больных пневмонией пожилого возраста. ИСМЕ Дж. 2016; 10:97–108.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Whelan FJ, Verschoor CP, Stearns JC, Rossi L, Luinstra K, Loeb M, et al. Утрата топографии в микробных сообществах верхних дыхательных путей у пожилых людей. Энн Ам Торак Соц. 2014;11:513–21.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Bassis CM, Tang AL, Young VB, Pynnonen MA.Микробиота полости носа здоровых взрослых. Микробиом. 2014;2:27.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Шилтс М.Х., Росас-Салазар С., Товчигречко А., Ларкин Э.К., Торралба М., Акопов А. и др. Минимально инвазивный метод отбора проб выявляет различия в таксономическом богатстве назальных микробиомов у детей раннего возраста, связанные со способом родоразрешения. Микроб Экол. 2016;71:233–42.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Stearns JC, Davidson CJ, Mckeon S, Whelan FJ, Fontes ME, Schryvers AB, et al.Культуральные и молекулярные профили показывают изменения в бактериальных сообществах верхних дыхательных путей, которые происходят с возрастом. ISME J. 2015; 9: 1246–59. https://doi.org/10.1038/ismej.2014.250.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Коскинен К., Паусан М.Р., Перрас А.К., Банг М.Б.С., Мора М., Шильхабель А. и др. Первые сведения о разнообразных археомах человека: специфическое обнаружение архей в желудочно-кишечном тракте.МБио. 2017; 8:1–17.

    Артикул Google ученый

  • Vayssier-Taussat M, Albina E, Citti C, Cosson J-F, Jacques M-A, Lebrun M-H, et al. Сдвиг парадигмы с патогенов на патобиом: новые концепции в свете метаомики. Front Cell Infect Microbiol. 2014;4:29. https://doi.org/10.3389/fcimb.2014.00029.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Abreu NA, Nagalingam NA, Song Y, Roediger FC, Pletcher SD, Goldberg AN, et al.Истощение разнообразия микробиома пазухи и обогащение Corynebacterium tuberculostearicum опосредуют риносинусит. Sci Transl Med. 2012;4:151ra124. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3003783.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Коберн Б., Ван П.В., Диас Кабальеро Дж., Кларк С.Т., Брахма В., Дональдсон С. и др. Микробиота легких в зависимости от возраста и стадии заболевания при муковисцидозе. Научный представитель2015;5:10241. https://doi.org/10.1038/srep10241.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Геверс Д., Кугатасан С., Денсон Л.А., Васкес-Баэса Ю., Ван Треурен В., Рен Б. и др. Нелеченный микробиом при впервые возникшей болезни Крона. Клеточный микроб-хозяин. 2014;15:382–92. https://doi.org/10.1016/j.chom.2014.02.005.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Hartstra AV, Bouter KEC, Bäckhed F, Nieuwdorp M.Взгляд на роль микробиома при ожирении и диабете 2 типа. Уход за диабетом. 2015; 38: 159–65. https://doi.org/10.2337/dc14-0769.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Petersen C, Round JL. Микрообзор Определение дисбактериоза и его влияние на иммунитет хозяина и болезнь. Клеточная микробиология. 2014;16:1024–33.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Hoggard M, Waldvogel-Thurlow S, Zoing M, Chang K, Radcliff FJ, Wagner Mackenzie B, et al.Воспалительные эндотипы и микробные ассоциации при хроническом риносинусите. Фронт Иммунол. 2018;9:2065. https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.02065.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бернштейн Дж.А. Характеристика подтипов ринита. Am J Rhinol Аллергия. 2013; 27: 457–60. https://doi.org/10.2500/ajra.2013.27.3983.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Гинат ДТ.Визуализация придаточных пазух носа после эндоскопической хирургии носовых пазух. Нейровизуализация Clin N Am. 2015;25:653–65. https://doi.org/10.1016/J.NIC.2015.07.008.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Принципи Н., Эспозито С. Промывание носа: неточно определенная медицинская процедура. Общественное здравоохранение Int J Environ Res. 2017;14. https://doi.org/10.3390/ijerph24050516.

    Центральный пабмед Статья пабмед Google ученый

  • Рамакришнан В.Р., Холт Дж., Нельсон Л.Ф., Ир Д., Робертсон К.Е., Фрэнк Д.Н.Детерминанты назального микробиома: пилотное исследование эффектов интраназального применения лекарств. Аллергия Ринол (Провиденс). 2018;9:2152656718789519. https://doi.org/10.1177/2152656718789519.

    Артикул Google ученый

  • Физел Л.М., Робертсон К.Э., Рамакришнан В.Р., Фрэнк Д.Н. Сложность микробиома и Staphylococcus aureus при хроническом риносинусите. Ларингоскоп. 2012; 122:467–72. https://doi.org/10.1002/lary.22398.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Prevaes SMPJ, De Winter-De Groot KM, Janssens HM, De Steenhuijsen Piters WAA, Tramper-Stranders GA, Wyllie AL и др. Развитие микробиоты носоглотки у детей раннего возраста с муковисцидозом. Am J Respir Crit Care Med. 2016;193:504–15.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Тео С.М., Мок Д., Фам К., Кусел М., Серралья М., Трой Н. и др.Назофарингеальный микробиом младенцев влияет на тяжесть инфекции нижних дыхательных путей и риск развития астмы. Клеточный микроб-хозяин. 2015;17:704–15. https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.03.008.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Smith TL, Litvack JR, Hwang PH, Loehrl TA, Mace JC, Fong KJ, et al. Детерминанты результатов операции на пазухах: многоцентровое проспективное когортное исследование.Отоларингол Head Neck Surg. 2010; 142:55–63. https://doi.org/10.1016/j.otohns.2009.10.009.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Lal D, Keim P, Delisle J, Barker B, Rank MA, Chia N, et al. Картирование и сравнение бактериальной микробиоты в синоназальной полости здоровых людей с аллергическим ринитом и хроническим риносинуситом. Международный форум по аллергии Rhinol. 2017;7:561–9. https://doi.org/10.1002/alr.21934.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Luna PN, Hasegawa K, Ajami NJ, Espinola JA, Henke DM, Petrosino JF, et al.Связь между передним отделом носа и микробиотой носоглотки у младенцев, госпитализированных по поводу бронхиолита. Микробиом. 2018; 6:1–14.

    Артикул Google ученый

  • Zhou Y, Mihindukulasuriya KA, Gao H, La Rosa PS, Wylie KM, Martin JC, et al. Изучение классов бактериальных сообществ в основных местах обитания человека. Геном биол. 2014;15:R66.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Yan M, Pamp SJ, Fukuyama J, Hwang PH, Cho D-Y, Holmes S, et al.Назальная микросреда и межвидовые взаимодействия влияют на сложность назальной микробиоты и носительство S. aureus . Клеточный микроб-хозяин. 2013;14:631–40.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Шахин-Йылмаз А., Наклерио Р.М. Анатомия и физиология верхних дыхательных путей. Proc Am Thorac Soc. 2011; 8:31–9. https://doi.org/10.1513/pats.201007-050RN.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Джонс Н.Нос и околоносовые пазухи физиология и анатомия. Adv Drug Deliv Rev. 2001; 51: 5–19. https://doi.org/10.1016/S0169-409X(01)00172-7.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Гёркинк Н. Анатомия, физиология и функция носа. J Аллергия Клин Иммунол. 1983; 72: 123–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Хименес П.Н., Кох Г., Томпсон Дж.А., Ксавьер К.Б., Кул Р.Х., Куакс В.Дж.Множественные сигнальные системы, регулирующие вирулентность Pseudomonas aeruginosa. Am Soc Microbiol. 2012;76:46–65.

    КАС Google ученый

  • Li Z, Nair SK. Чувство кворума: как бактерии могут координировать свою деятельность и синхронизировать свою реакцию на внешние сигналы? Белковая наука. 2012;21:1403–17.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Патель Н.Н., Уоркман А.Д., Коэн Н.А.Роль вкусовых рецепторов как стражей врожденного иммунитета в верхних дыхательных путях. Дж Патог. 2018;2018:9541987.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Коэн Н. Синоназальный мукоцилиарный клиренс в норме и при патологии. Ann Otol Rhinol Laryngol Suppl. 2006; 196:20–6 www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17040014.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Али М.Гистология слизистой оболочки носоглотки человека. Дж Анат. 1965; 99:657–72 https://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC1270703&blobtype=pdf. По состоянию на 5 ноября 2018 г.

    CAS пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Белл Г.В., Джоши Б.Б., Маклеод Р.И. Болезнь гайморовой пазухи: диагностика и лечение. Бр Дент Дж. 2011; 210:113–8. https://doi.org/10.1038/sj.bdj.2011.47.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Проктор Д.М., Релман Д.А., Секция D, Альто П.Ландшафтная экология и микробиота носа, рта и горла человека. Клеточный горячий микроб. 2018;21:421–32.

    Артикул КАС Google ученый

  • Коскинен К., Райхерт Дж.Л., Хойер С., Шахенрайтер Дж., Даллер С., Мойсль-Айхингер С. и соавт. Носовой микробиом отражает и потенциально формирует обонятельную функцию. Научный доклад 2018; 8: 1–11.

    Артикул КАС Google ученый

  • Шрофф К., Меслин К., Себра Дж.Комменсальные энтеробактерии вызывают самоограничивающийся гуморальный иммунный ответ слизистой оболочки, постоянно колонизируя кишечник. Заразить иммун. 1995; 63:3904–13.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Касадо Б., Паннелл Л.К., Ядарола П., Баранюк Дж.Н. Идентификация белков слизистой оболочки носа человека с использованием протеомики. Протеомика. 2005; 5: 2949–59.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ваннер А., Салате М., О’Риордан Т.Мукоцилиарный клиренс в дыхательных путях. Am J Respir Crit Care Med. 1996; 154:1868–902.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Schenck LP, Surette MG, Bowdish DME. Состав и иммунологическое значение микробиоты верхних дыхательных путей. ФЭБС лат. 2016; 590:3705–20.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Оои Э.Х., Вормолд П.Дж., Тан Л.В.Врожденный иммунитет в придаточных пазухах носа: обзор защиты носовой полости. Ам Джей Ринол. 2008; 22:13–9.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Девайн Д.А., Марш П.Д., Мид Дж. Модуляция реакций хозяина комменсальными бактериями полости рта. J Оральный микробиол. 2015;7:26941.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Иванов И., Хонда К. Кишечные комменсальные микробы как иммуномодуляторы.Клеточный микроб-хозяин. 2012; 12: 496–508.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Ганц Т. Антимикробные полипептиды в защите дыхательных путей хозяина. Джей Клин Инвест. 2002; 109: 693–7.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Санчес Л., Кальво М., Брок Дж.Х. Биологическая роль лактоферрина.Болезнь арки у ребенка. 1992; 67: 657–61.

    КАС Статья Google ученый

  • Клебанофф С.Дж. Миелопероксидаза: друг и враг. Дж. Лейкок Биол. 2005; 77: 598–625.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Nauseef WM. Сборка НАДФН-оксидазы фагоцита. Гистохим клеточной биологии. 2004; 122: 277–91.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Томас Э.Л., Ауне ТМ.Лактопероксидаза, пероксид, тиоцианатная антимикробная система: взаимосвязь сульфгидрильного окисления с антимикробным действием. Заразить иммун. 1978; 20: 456–63.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Lee RJ, Xiong G, Kofonow JM, Chen B, Lysenko A, Jiang P, et al. Полиморфизм вкусовых рецепторов T2R38 лежит в основе восприимчивости к инфекциям верхних дыхательных путей. Джей Клин Инвест. 2012; 122:4145–59.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Паркер Д., Принц А.Врожденный иммунитет в респираторном эпителии. Am J Respir Cell Mol Biol. 2011;45:189–201.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Salathe M. Регуляция биения ресничек млекопитающих. Annu Rev Physiol. 2007; 69: 401–22.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Харабучи Ю., Хамамото М., Ширасаки Х., Асакура К., Мацуяма Х., Катаура А.Специфический иммунный ответ аденоидов на респираторный антиген. Am J Отоларингол. 1989; 10: 138–42.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Rynnel-Dagöö B. Иммунологическая функция аденоидов. Соотношение Т- и В-клеток. Акта Отоларингол. 1976; 82: 196–8.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Грэм-Кук Ф., Бхан А.К., Харрис Н.Л.Иммуногистохимическая характеристика интраэпителиальных и субэпителиальных мононуклеаров верхних дыхательных путей. Ам Джей Патол. 1993; 143:1416–22.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Brandtzaeg P. Роль J-цепи и секреторного компонента в рецептор-опосредованном железистом и печеночном транспорте иммуноглобулинов у человека. Сканд Дж. Иммунол. 1985; 22: 111–46.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Van Kempen MJP, Rijkers GT, Van Cauwenberge PB.Иммунный ответ при аденоидах. Int Arch Allergy Immunol. 2000; 122:8–19.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Тан X, Хори С, Осамура Р, Цуцуми Ю. Эпителий ретикулярных крипт и внутриэпителиальные лимфоидные клетки в гиперпластической небной миндалине человека: иммуногистохимический анализ. Патол Инт. 1995; 45:34–44.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • де Рье А., ЭГЭ Р., Гульберг Э., Преат В., Шнайдер Ю.-Дж., Артурссон П.Транспорт наночастиц через модель эпителия, ассоциированного с кишечными фолликулами человека, in vitro. Eur J Pharm Sci. 2005; 25: 455–65.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Патель Н.Н., Кохански М.А., Майна И.В., Триантафиллоу В., Уоркман А.Д., Тонг К.К.Л. и др. Одиночные хемосенсорные клетки, продуцирующие интерлейкин-25, и врожденные лимфоидные клетки группы 2 богаты при хроническом риносинусите с полипами носа. Международный форум по аллергии Rhinol.2018; 8: 900–6.

    Артикул Google ученый

  • Като А., Шлеймер Р.П. Помимо воспаления: эпителиальные клетки дыхательных путей находятся на стыке врожденного и адаптивного иммунитета. Курр Опин Иммунол. 2007; 19: 711–20.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Ляо Б., Цао П., Цзэн М., Чжэнь З., Ван Х., Чжан И и др. Взаимодействие стромального лимфопоэтина тимуса, ИЛ-33 и их рецепторов в эпителиальных клетках при эозинофильном хроническом риносинусите с полипами носа.Eur J Allergy Clin Immunol. 2015;70:1169–80.

    КАС Статья Google ученый

  • Finger TE, Böttinger B, Hansen A, Anderson KT, Alimohammadi H, Silver WL. Одиночные хеморецепторные клетки в носовой полости служат сторожевыми органами дыхания. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003;100:8981–6.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Rivière S, Challet L, Fluegge D, Spehr M, Rodriguez I.Белки, подобные рецептору формилпептида, представляют собой новое семейство вомероназальных хемосенсоров. Природа. 2009; 459: 574–7.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Liberles SD, Horowitz LF, Kuang D, Contos JJ, Wilson KL, Siltberg-Liberles J, et al. Рецепторы формилпептида являются кандидатами на роль хемосенсорных рецепторов в сошниково-носовом органе. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:9842–7.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Алари Ю.Раздражающие свойства переносимых по воздуху материалов в верхних дыхательных путях. Arch Env Heal. 1966; 13: 433–49.

    КАС Статья Google ученый

  • Тиццано М., Гульбрансен Б.Д., Ванденбеух А., Клапп Т.Р., Герман Дж.П., Сибхату Х.М. Назальные хемосенсорные клетки используют сигналы горького вкуса для обнаружения раздражителей и бактериальных сигналов. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010;107:3210–5.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Джеппетти П., Матерацци С., Николетти П.Временный рецепторный потенциал ваниллоида 1: роль в воспалении и заболевании дыхательных путей. Евр Дж Фармакол. 2006; 533: 207–14.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Saunders CJ, Christensen M, Finger TE, Tizzano M. Холинергическая нейротрансмиссия связывает одиночные хемосенсорные клетки с воспалением носа. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111:6075–80.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Брэм Х., Купер С., Андерсон С., Тиззано М., Королевство Т., Фингер Т. и др.Одиночные хемосенсорные клетки и сигнальные рецепторы горького вкуса в слизистой оболочке придаточных пазух носа человека. Международный форум по аллергии Rhinol. 2013;3:450–7.

    Артикул Google ученый

  • Osculati F, Castellucci M, Cinti S, Zancanaro C. Одиночные хемосенсорные клетки и диффузная хемосенсорная система дыхательных путей. Eur J Histochem. 2007; 51 (Приложение 1): 65–72.

    ПабМед Google ученый

  • Zhang Y, Hoon MA, Chandrashekar J, Mueller KL, Cook B, Wu D, et al.Кодирование сладкого, горького вкуса и вкуса умами: разные рецепторные клетки имеют сходные сигнальные пути. Клетка. 2003; 112: 293–301.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ивата С., Йошида Р., Ниномия Ю. Преобразование вкуса в клетках вкусовых рецепторов: основные вкусы и не только. Курр Фарм Дез. 2014;20:2684–92.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Lee RJ, Kofonow JM, Rosen PL, Siebert AP, Chen B, Doghramji L, et al.Рецепторы горького и сладкого вкуса регулируют врожденный иммунитет верхних дыхательных путей человека. Джей Клин Инвест. 2014; 124:1393–405.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Бейкер Э.Х., Джордж С., Ги К.М., Ходсон М., Филипс Б.Дж., Бейнс Д. и другие. Гипергликемия и муковисцидоз изменяют концентрацию глюкозы в респираторной жидкости, определяемую по конденсату дыхания. J Appl Physiol. 2007; 102: 1969–75.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Workman AD, Maina IW, Brooks SG, Kohanski MA, Cowart BJ, Mansfield C, et al.Роль семейства 2 вкусовых рецепторов, реагирующих на хинин, в иммунной защите дыхательных путей и хроническом риносинусите. Фронт Иммунол. 2018;9:624.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Workman AD, Brooks SG, Kohanski MA, Blasetti MT, Cowart BJ, Mansfield C, et al. Тесты на горький и сладкий вкус отражают статус заболевания при хроническом риносинусите. J Allergy Clin Immunol Pract. 2018;6:1078–80.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Lee RJ, Hariri BM, McMahon DB, Chen B, Doghramjii L, Adappa ND, et al.Бактериальные D-аминокислоты подавляют синоназальный врожденный иммунитет через рецепторы сладкого вкуса в одиночных хемосенсорных клетках. Сигнализация науки. 2018;10(495):eaam7703.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Камаринья-Сильва А., Вос-Оксли М.Л., Хауреги Р., Беккер К., Пипер Д.Х. Валидация T-RFLP как чувствительного и высокопроизводительного подхода к оценке моделей бактериального разнообразия в носовых ходах человека.FEMS Microbiol Ecol. 2011;79:98–108.

    Артикул КАС Google ученый

  • Wos-Oxley ML, Plumeier I, Von Eiff C, Taudien S, Platzer M, Vilchez-Vargas R, et al. Знакомство с разнообразием и ассоциациями в микробных сообществах передней части носа человека. ISME J. 2010;4:839–51. https://doi.org/10.1038/ismej.2010.15.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Чарлсон Э.С., Чен Дж., Кастерс-Аллен Р., Биттингер К., Ли Х., Синха Р. и др.Нарушение микробного сообщества в верхних дыхательных путях курильщиков сигарет. ПЛОС Один. 2010; 5:1–10.

    Артикул КАС Google ученый

  • Уилсон М. Микробные обитатели человека. Кембридж: Кембриджский ун-т. Нажимать; 2005. https://doi.org/10.1186/1471-2180-9-259.

    Книга Google ученый

  • Камаринья-Силва А., Жауреги Р., Пипер Д.Х., Вос-Оксли М.Л.Временная динамика бактериальных сообществ в передней части носа человека. Environ Microbiol Rep. 2012; 4:126–32.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Фрайман К.Б., Армстронг Д.С., Гримвуд К., Ранганатан СК. Микробиота дыхательных путей при раннем муковисцидозе легких. Педиатр Пульмонол. 2017; 52:1384–404.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Тео С.М., Мок Д., Фам К., Кусел М., Серралья М., Трой Н. и др.Микробиом дыхательных путей младенцев в норме и при заболеваниях влияет на позднее развитие астмы. Клеточный микроб-хозяин. 2015;17:704–15. https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.03.008.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бисбрук Г., Цивцивадзе Э., Сандерс Э.А.М., Монтейн Р., Винховен Р.Х., Кейсер Б.Дж. Ф. и др. Состав ранней респираторной микробиоты определяет характер бактериальной сукцессии и здоровье органов дыхания у детей.Am J Respir Crit Care Med. 2014; 190:1283–92.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Biesbroek G, Bosch AATM, Wang X, Keijser BJF, Veenhoven RH, Sanders EAM и др. Влияние грудного вскармливания на микробные сообщества носоглотки у детей раннего возраста. Am J Respir Crit Care Med. 2014;190:298–308.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Фон Линстоу М.Л., Шеннинг К., Хёг А.М., Севельстед А., Виссинг Н.Х., Бисгаард Х.Неонатальная колонизация дыхательных путей связана с неприятными симптомами со стороны легких у младенцев. Am J Respir Crit Care Med. 2013; 188:1041–2.

    Артикул Google ученый

  • Мур Х., Джейкоби П., Тейлор А., Харнетт Г., Боуман Дж. В. Райли Т. и др. Взаимодействие респираторных вирусов и патогенных бактерий в верхних дыхательных путях бессимптомных аборигенных и неаборигенных детей. Pediatr Infect Dis J. 2010;29:540–5.

    ПабМед Статья Google ученый

  • van den Bergh MR, Biesbroek G, Rossen JWA, de Steenhuijsen Piters WAA, Bosch AATM, van Gils EJM и др.Ассоциации между патогенами в верхних дыхательных путях детей раннего возраста: взаимодействие между вирусами и бактериями. ПЛОС Один. 2012;7:e47711. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0047711.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Vissing NH, Chawes BLK, Bisgaard H. Повышенный риск пневмонии и бронхиолита после бактериальной колонизации дыхательных путей у новорожденных. Am J Respir Crit Care Med.2013; 188:1246–52.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Камаринья-Сильва А., Хауреги Р., Чавес-Морено Д., Оксли АПА, Шаумбург Ф., Беккер К. и др. Сравнение бактериального сообщества передней части носа двух отдельных человеческих популяций с использованием секвенирования ампликонов Illumina. Окружающая среда микробиол. 2014;16:2939–52.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Zhou Y, Gao H, Mihindukulasuriya KA, Rosa PSL, Wylie KM, Vishnivetskaya T, et al.Биогеография экосистем здорового человеческого организма. Геном биол. 2013;14:Р1. https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-1-r1.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • О Дж., Берд А.Л., Деминг С., Конлан С., Program NCS, Kong HH и др. Биогеография и форма индивидуальности функционируют в метагеноме кожи человека. Природа. 2014; 514:59–64. https://doi.org/10.1038/nature13786.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Франчески С., Бонафе М., Валенсен С., Оливьери Ф., Де Лука М., Оттавиани Э. и др.Воспалительное старение: эволюционный взгляд на иммуностарение. Энн Н.Ю. Академия наук. 2006; 908: 244–54. https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2000.tb06651.x.

    Артикул Google ученый

  • Stämpfli MR, Anderson GP. Как сигаретный дым искажает иммунный ответ, способствуя инфекции, заболеваниям легких и раку. Нат Рев Иммунол. 2009;9:377 ЕР.

    Артикул КАС Google ученый

  • Макгрегор И.Влияние курения на экологию полости рта. Обзор литературы. Clin Prev Dent. 1989; 11: 3–7.

    КАС пабмед Google ученый

  • Ю.Г., Филлипс С., Гейл М.Х., Гедерт Дж.Дж., Хамфрис М.С., Равель Дж. и др. Влияние курения сигарет на микробиоту полости рта и носа. Микробиом. 2017; 5:1–6. https://doi.org/10.1186/s40168-016-0226-6.

    Артикул Google ученый

  • Мейсон Р.Биология альвеолярных клеток II типа. Респирология. 2006; 11 (Приложение: S1): 2–5.

    Google ученый

  • Ратнер А.Ю., Лысенко Е.С., Павел М.Н., Вайзер Ю.Н. Синергические провоспалительные реакции, вызванные полимикробной колонизацией эпителиальных поверхностей. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005; 102:3429–34. https://doi.org/10.1073/pnas.0500599102.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Фиппс Дж. К., Аронофф Д. М., Кертис Дж. Л., Гоэл Д., О’Брайен Э., Манкузо П.Воздействие сигаретного дыма ухудшает клиренс легочных бактерий и комплемент-опосредованный фагоцитоз альвеолярных макрофагов Streptococcus pneumoniae. Заразить иммун. 2010;78:1214–20.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Кастранова В., Хаффман Л.Дж., Джуди Д.Дж., Биландер Дж.Е., Лапп Л.Н., Вебер С.Л. и др. Повышение выработки оксида азота клетками легких после воздействия кремнезема. Перспектива охраны окружающей среды.1998; 106 (Приложение 5): 1165–9. https://doi.org/10.1289/ehp.98106s51165.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Чаудхури Н., Сабро И. Фундаментальные науки о врожденной иммунной системе и легких. Pediatr Respir Respir. 2008; 9: 236–42. https://doi.org/10.1016/j.prrv.2008.03.002.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Багайткар Дж., Демут Д.Р., Даэп К.А., Рено Д.Е., Пирс Д.Л., Скотт Д.А.Табак активирует фимбриальные белки P. gingivalis, которые вызывают гипочувствительность TLR2. ПЛОС Один. 2010;5:e9323.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Гармендиа Дж., Мори П., Бенгочеа Дж.А. Влияние воздействия сигаретного дыма на взаимодействие хозяина и бактериальных патогенов. Eur Respir J. 2012; 39: 467–77.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Goldstein-Daruech N, Cope EK, Zhao K-Q, Vukovic K, Kofonow JM, Doghramji L, et al.Табачный дым опосредовал индукцию синоназальных микробных биопленок. ПЛОС Один. 2011;6:e15700.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Кулкарни Р., Антала С., Ван А., Амарал Ф.Е., Рамперсо Р., ЛаРусса С.Дж. и др. Сигаретный дым увеличивает образование биопленки Staphylococcus aureus посредством окислительного стресса. Заразить иммун. 2012;80:3804–11. https://doi.org/10.1128/IAI.00689-12.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • McEachern EK, Hwang JH, Sladewski KM, Nicatia S, Dewitz C, Mathew DP, et al.Анализ влияния сигаретного дыма на фенотипы вирулентности стафилококков. Заразить иммун. 2015; 83: 2443–52.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Mutepe ND, Cockeran R, Steel HC, Theron AJ, Mitchell TJ, Feldman C, et al. Влияние конденсата сигаретного дыма на образование пневмококковой биопленки и пневмолизина. Евр Респир Дж. 2013; 41:392. https://doi.org/10.1183/036.00213211.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Shen P, Whelan FJ, Schenck LP, McGrath JJC, Vanderstocken G, Bowdish DME и др.Колонизация Streptococcus pneumoniae необходима для изменения микробиоты носа у мышей, подвергшихся воздействию сигаретного дыма. Заразить иммун. 2017; 85:1–14.

    Артикул Google ученый

  • Ручей И, Гобер А.Э. Выделение потенциальных возбудителей в носоглотке здоровых и склонных к среднему отиту детей и их курящих и некурящих родителей. Энн Отол Ринол Ларингол. 2005; 117: 727–30.

    Артикул Google ученый

  • Гринберг Д., Гивон-Лави Н., Бройдес А., Бланкович И., Пелед Н., Даган Р.Вклад курения и воздействия табачного дыма на носительство Streptococcus pneumoniae и Haemophilus influenzae у детей и их матерей. Клин Инфекция Дис. 2006; 42: 897–903. https://doi.org/10.1086/500935.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Сапкота А.Р., Бергер С., Фогель ТМ. Болезнетворные микроорганизмы человека изобилуют бактериальным метагеномом сигарет. Перспектива охраны окружающей среды. 2009; 118: 351–6.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Ручей И, Гобер А.Э.Влияние отказа от курения на микробную флору. Arch Otolaryngol Head Neck Surg. 2007; 133:135–8. https://doi.org/10.1001/archotol.133.2.135.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Гарсия-Родригес Х., Фреснадильо М. Динамика клонирования носоглотки потенциальными респираторными патогенами. J Антимикробная химиотерапия. 2002; 50 (Приложение S2): 59–73.

    ПабМед Статья КАС ПабМед Центральный Google ученый

  • Илес К., Поплавский Н.К., Купер РТ.Пассивное воздействие табачного дыма и бактериальный менингит у детей. J Педиатр Здоровье ребенка. 2001; 37: 388–91.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Morris B, Henneberger R, Huber H, Moissl-Eichinger C. Микробная синтрофия: взаимодействие на общее благо. FEMS Microbiol Rev. 2013; 37: 384–406.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Крисмер Б., Либеке М., Янек Д., Нега М., Раутенберг М., Хорниг Г. и др.Ограничение питательных веществ регулирует метаболизм Staphylococcus aureus и адаптацию ниши в носу человека. ПЛОС Патог. 2014;10:e1003862.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Феррарис Р., Яшарпур С., Ллойд К., Мирзаян Р., Даймонд Дж. Концентрация глюкозы в просвете кишечника в нормальных условиях. Am J Physiol. 1990; 259:G822–37.

    КАС пабмед Google ученый

  • Лорин М., Гаерлан П., Мандель И.Количественный состав выделений из носа у здоровых людей. J Lab Clin Med. 1972; 80: 275–81.

    КАС пабмед Google ученый

  • Вантанувонг В., Руманс Г. Методы определения состава носовой жидкости методом рентгенологического микроанализа. Микроск Рес Тех. 2004; 63: 122–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Winkelmann G. Микробный транспорт, опосредованный сидерофорами.Биохим Сок Транс. 2002; 30: 691–6.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Рэмси М.М., Фрейре М.О., Габрильска Р.А., Рамбо К.П., Лемон К.П. Staphylococcus aureus смещается в сторону комменсализма в ответ на виды Corynebacterium. Фронтовая микробиология. 2016; 7:1–15.

    Google ученый

  • Stubbendieck RM, May DS, Chevrette MG, Temkin MI, Wendt-Pienkowski E, Cagnazzo J, et al.Конкуренция между назальными бактериями предполагает роль опосредованных сидерофорами взаимодействий в формировании микробиоты носа человека. Am Soc Microbiol. 2019;85(10):e02406–18.

    КАС Google ученый

  • Bomar L, Brugger SD, Yost BH, Davies SS, Lemon P. Corynebacterium accolens высвобождает антипневмококковые свободные жирные кислоты из ноздрей человека и триацилглицеринов с поверхности кожи. МБио. 2016;7:1–13.

    Артикул КАС Google ученый

  • Волленберг М.С., Класен Дж., Эскапа И.Ф., Олдридж К.Л., Фишбах М.А., Лемон П.Копропорфирин III, продуцируемый пропионибактериями, вызывает агрегацию Staphylococcus aureus и образование биопленки. МБио. 2014; 5:1–10.

    Артикул КАС Google ученый

  • Лемон К.П., Клепак-Серай В., Шиффер Х.К., Броди Э.Л., Линч С.В., Колтер Р. Сравнительный анализ бактериальной микробиоты ноздри и ротоглотки человека. МБио. 2010; 1:4–6.

    Google ученый

  • Frank DN, Feazel LM, Bessesen MT, Price CS, Janoff EN, Pace NR.Назальная микробиота человека и носительство Staphylococcus aureus . ПЛОС Один. 2010;5:e10598.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • von Eiff C, Becker K, Machka K, Stammer H, Peters G. Назальное носительство как источник бактериемии Staphylococcus aureus . N Engl J Med. 2001; 344:11–6.

    Артикул Google ученый

  • Wertheim HF, Vos MC, Ott A, van Belkum A, Voss A, Kluytmans JA, et al.Риск и исход внутрибольничной бактериемии Staphylococcus aureus у назальных носителей по сравнению с неносителями. Ланцет. 2004; 364: 703–5.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Консорциум HM. Структура, функции и разнообразие микробиома здорового человека. Природа. 2012; 486: 207–14. https://doi.org/10.1038/nature11234.

    КАС Статья Google ученый

  • Grice EA, Kong HH, Conlan S, Deming CB, Davis J, Young AC, et al.Топографическое и временное разнообразие микробиома кожи человека. Наука. 2009; 324:1190–2. https://doi.org/10.1126/science.1171700.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Kuehnert M, Kruszon-Moran D, Hill H, McQuillan G, McAllister S, Fosheim G, et al. Распространенность назальной колонизации Staphylococcus aureus в США, 2001–2002 гг. J заразить дис. 2006; 193:172–9.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Горвиц Р., Крузон-Моран Д., Макаллистер С., Маккуиллан Г., Макдугал Л., Фошейм Г. и др.Изменения распространенности колонизации носа Staphylococcus aureus в США, 2001–2004 гг. J заразить дис. 2008; 197:1226–34.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Барбара Г., Стангеллини В., Брэнди Г., Кремон С., Ди Нардо Г., Де Джорджио Р. и др. Взаимодействия между комменсальными бактериями и сенсомоторной функцией кишечника в норме и при патологии. Am J Гастроэнтерол. 2005; 100:2560–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Zipperer A, Konnerth MC, Laux C, Berscheid A, Janek D, Weidenmaier C, et al.Человеческие комменсалы, продуцирующие новый антибиотик, нарушают колонизацию патогенов. Природа. 2016; 535:511–6. https://doi.org/10.1038/nature18634.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Янек Д., Зипперер А., Кулик А., Крисмер Б., Пешель А. Высокая частота и разнообразие антимикробной активности штаммов назального стафилококка против бактериальных конкурентов. ПЛОС Патог. 2016;12:e1005812.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Новик Р., Гайзингер Э.Чувство кворума у ​​стафилококков. Анну Рев Жене. 2008; 42: 541–64.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Thoendel M, Horswill A. Идентификация Staphylococcus aureus остатков AgrD, необходимых для биосинтеза аутоиндуцирующих пептидов. Дж. Биол. Хим. 2009; 284:21828–38.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Линдси Дж.А., Райли Т.В., Мил Б.Дж.Staphylococcus aureus, но не Staphylococcus epidermidis , может получать железо из трансферрина. Микробиология. 1995; 141:197–203.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Schaller M, Loewenstein M, Borelli C, Jacob K, Vogeser M, Burgdorf W, et al. Индукция хемоаттрактивного провоспалительного цитокинового ответа после стимуляции кератиноцитов Propionibacterium acnes и копропорфирином III.Бр Дж Дерматол. 2005; 153:66–71.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Borelli C, Merk K, Schaller M, Jacob K, Vogeser M, Weindl G, et al. Производство порфирина in vivo P. acnes у нелеченных пациентов с акне и его модулирование при лечении акне. Акта Дерм Венерол. 2006; 86: 316–9.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Богерт Д., Де Гроот Р., Херманс ШИМ.Колонизация Streptococcus pneumoniae: ключ к пневмококковой инфекции. Ланцет Infect Dis. 2004; 4: 144–54.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Накацудзи Т., Као М.С., Чжан Л., Зубулис К.С., Галло Р.Л., Хуан К.М. Жирные кислоты, не содержащие кожного сала, усиливают врожденную иммунную защиту себоцитов человека, повышая экспрессию b-дефенсина-2. Джей Инвест Дерматол. 2010; 130:985–94. https://doi.org/10.1038/jid.2009.384.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Lee H, Andalibi A, Webster P, Moon S, Teufert K, Kang S, et al.Антимикробная активность молекул врожденного иммунитета в отношении Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis и нетипируемых. BMC Infect Dis. 2004; 4:1–12.

    Артикул Google ученый

  • Mahnert A, Blohs M, Pausan M-R, Moissl-Eichinger C. Археом человека: методологические ловушки и пробелы в знаниях. Emerg Top Life Sci. 2018;2:469–82. https://doi.org/10.1042/ETLS20180037.

    КАС Статья Google ученый

  • Pausan MR, Csorba C, Singer G, Till H, Schoepf V, Santigli E, et al.Измерение археомы: обнаружение и количественная оценка сигнатур архей в организме человека. bioRxiv. 2018:334748. https://doi.org/10.1101/334748.

  • Sogodogo E, Fellag M, Loukil A, Nkamga V, Michel J, Dessi P, et al. Девять случаев метаногенных архей при рефрактерном синусите, новой клинической форме. Фронт общественного исцеления. 2019;7:38.

    Артикул Google ученый

  • Куи Л., Моррис А., Гедин Э. Микобиом человека в норме и при болезни.Геном Мед. 2013;5:63. https://doi.org/10.1186/gm467.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Кортен И., Мика М., Кленя С., Кинингер Э., Мак И., Барбани М.Т. и др. Взаимодействия респираторных вирусов и назальной микробиоты в течение первого года жизни у здоровых детей раннего возраста. мсфера. 2016;1:e00312–6. https://doi.org/10.1128/mSphere.00312-16.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Jung WH, Croll D, Cho JH, Kim YR, Lee YW.Анализ микобиома преддверия носа у больных аллергическим ринитом. Микозы. 2015; 58: 167–72. https://doi.org/10.1111/myc.12296.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Попгеоргиев Н., Теммам С., Рауль Д., Десню С. Описание молчаливого человеческого вирома с акцентом на гигантские вирусы. Интервирусология. 2013; 56: 395–412. https://doi.org/10.1159/000354561.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ван дер Шанс СР.Бронхиальный транспорт слизи. Уход за дыханием. 2007;52:1150–6; обсуждение 1156–118. https://doi.org/10.1016/0952-8180(93)-S.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Хайнц-Бушхарт А., Пандей У., Вике Т., Сиксель-Деринг Ф., Янзен А., Ситтиг-Виганд Э. и др. Назальный и кишечный микробиом при болезни Паркинсона и идиопатическом расстройстве поведения во сне с быстрыми движениями глаз. Мов Беспорядок. 2017;33:88–98.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Пэйл Г., Хуф В., Пджрек Э., Винклер Д., Виллейт М., Пращак-Ридер Н. и другие.Светотерапия в лечении расстройств настроения. Нейропсихобиология. 2011;64:152–62. https://www.karger.com/. https://doi.org/10.1159/000328950.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Хоггард М., Бисвас К., Зоинг М., Вагнер Маккензи Б., Тейлор М.В., Дуглас Р.Г. Доказательства дисбактериоза микробиоты при хроническом риносинусите. Международный форум по аллергии Rhinol. 2017;7:230–9. https://doi.org/10.1002/alr.21871.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Fokkens WJ, Lund VJ, Mullol J, Bachert C, Alobid I, Baroody F, et al. EPOS 2012: Европейская позиция по риносинуситу и назальным полипам 2012. Резюме для оториноларингологов. Ринол Дж. 2012; 50:1–12. https://doi.org/10.4193/Rhino50E2.

    Артикул Google ученый

  • Форман А., Джервис-Барди Дж., Вормалд П.-Дж.Способствуют ли биопленки инициированию и сопротивляемости хронического риносинусита? Ларингоскоп. 2011; 121:1085–91. https://doi.org/10.1002/lary.21438.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Шин С., Поникау Дж., Шеррис Д., Конгдон Д., Фригас Э., Хомбургер Х. и др. Хронический риносинусит: усиленный иммунный ответ на повсеместно распространенные в воздухе грибы. J Аллергия Клин Иммунол. 2004; 114:1369–75.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Бахерт К., Геварт П., ван Каувенберге П.Энтеротоксины золотистого стафилококка: ключ к заболеванию дыхательных путей? Аллергия. 2002; 57: 480–7.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Махдавиния М., Кешаварзян А., Тобин М.С., Ландей А., Шлеймер Р.П. Всесторонний обзор микробиома носа при хроническом риносинусите (CRS). Клин Эксперт Аллергия. 2016;46:21–41. https://doi.org/10.1111/cea.12666.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Коуп Э.К., Голдберг А.Н., Плетчер С.Д., Линч С.В.Композиционно и функционально различная микробиота придаточных пазух носа у больных хроническим риносинуситом имеет иммунологические и клинически различные последствия. Микробиом. 2017;5:53. https://doi.org/10.1186/s40168-017-0266-6.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Чхве Э.Б., Хонг С.В., Ким Д.К., Чон С.Г., Ким К.Р., Чо С.Х. и др. Снижение разнообразия назальной микробиоты и секретируемых ею внеклеточных везикул у больных хроническим риносинуситом по данным метагеномного анализа.Аллергия. 2014;69:517–26. https://doi.org/10.1111/all.12374.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Вагнер Маккензи Б., Уэйт Д.В., Хоггард М., Дуглас Р.Г., Тейлор М.В., Бисвас К. Коллапс бактериального сообщества: метаанализ синоназальной микробиоты при хроническом риносинусите. Окружающая среда микробиол. 2017;19:381–92. https://doi.org/10.1111/1462-2920.13632.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Псалтис А.Дж., Вормолд П.Дж.Терапия синоназального микробиома при ХРС: критический подход. Curr Allergy Asthma Rep. 2017; 17:59. https://doi.org/10.1007/s11882-017-0726-x.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Длугашевская Дж., Лещинска М., Ленковски М., Татарская А., Пастусяк Т., Шифтер В. Патофизиологическая роль бактериальных биопленок при хроническом синусите. Eur Arch Оториноларингол. 2016; 273:1989–94. https://doi.org/10.1007/s00405-015-3650-5.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Стивенсон М.-Ф., Мфуна Л., Дауд С.Е., Уолкотт Р.Д., Барбо Дж., Пуассон М. и др. Молекулярная характеристика полимикробной флоры при хроническом риносинусите. J Otolaryngol Head Neck Surg. 2010; 39:182–7 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20211106. По состоянию на 16 октября 2018 г.

    PubMed Google ученый

  • Рамакришнан В.Р., Хаузер Л.Дж., Физел Л.М., Ир Д., Робертсон К.Э., Франк Д.Н.Микробиота придаточных пазух носа варьирует в зависимости от фенотипа хронического риносинусита и предсказывает исход хирургического вмешательства. J Аллергия Клин Иммунол. 2015;136:334–42.e1. https://doi.org/10.1016/J.JACI.2015.02.008.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Хиршберг А., Кисс М., Кадоча Э., Полянка Х., Сабо К., Разга З. и др. Различные активации толл-подобных рецепторов и антимикробных пептидов при хроническом риносинусите с полипозом носа или без него.Eur Arch Оториноларингол. 2016; 273:1779–88. https://doi.org/10.1007/s00405-015-3816-1.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Аврора Р., Чаттерджи Д., Хентцлеман Дж., Прасад Г., Синдвани Р., Сэнфорд Т. Сравнение микробиомов здоровых добровольцев и пациентов с хроническим риносинуситом. JAMA Otolaryngol Neck Surg. 2013;139:1328. https://doi.org/10.1001/jamaoto.2013.5465.

    Артикул Google ученый

  • Chalermwatanachai T, Vilchez-Vargas R, Holtappels G, Lacoere T, Jáuregui R, Kerckhof F-M, et al.Хронический риносинусит с полипами носа характеризуется дисбактериозом микробиоты носа. Научный доклад 2018; 8: 7926. https://doi.org/10.1038/s41598-018-26327-2.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Брук И. Роль анаэробных бактерий при гайморите. Анаэроб. 2006; 12:5–12. https://doi.org/10.1016/J.ANAEROBE.2005.08.002.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Кухар Х.Н., Таджудин Б.А., Махдавиния М., Хайлингеттер А., Ганти А., Гаттузо П. и др.Относительное обилие назальной микробиоты при хроническом риносинусите по данным структурированной гистопатологии. Международный форум по аллергии Rhinol. 2018. https://doi.org/10.1002/alr.22192.

    Артикул Google ученый

  • Naraghi M, Deroee AF, Ebrahimkhani M, Kiani S, Dehpour A. Оксид азота: новая концепция патогенеза хронического синусита B. Am J Otolaryngol. 2007; 28: 334–37.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Кэри Р.М., Уоркман А.Д., Хаттен К.М., Зиберт А.П., Брукс С.Г., Чен Б. и др.Денатониум-индуцированный бактериальный киллинг синоназальных пазух может играть роль в исходах хронического риносинусита. Международный форум по аллергии Rhinol. 2017; 7: 699–704.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Adappa ND, Truesdale CM, Workman AD, Doghramji L, Mansfield C, Kennedy DW, et al. Корреляция вкусового фенотипа T2R38 и образования биопленки in vitro у пациентов с неполипоидным хроническим риносинуситом. Международный форум по аллергии Rhinol.2017; 6: 783–91.

    Артикул Google ученый

  • Bell JS, Spencer JI, Yates RL, Yee SA, Jacobs BM, DeLuca GC. Приглашенный обзор: От носа до кишечника — роль микробиома в неврологических заболеваниях. Приложение Нейропатол Нейробиол. 2018:нан.12520. https://doi.org/10.1111/nan.12520.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Франсуа А., Гребер Д., Рими М., Мариадассу М., Наудон Л., Рабо С. и др.Изменения обонятельного эпителия у бесмикробных мышей. Научный доклад 2016; 6: 24687. https://doi.org/10.1038/srep24687.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Braak H, Del Tredici K, Rüb U, Vos RAI, Jansen Steur ENH, Braak E. Стадирование патологии головного мозга, связанной со спорадической болезнью Паркинсона. Нейробиол Старение. 2003; 24:197–211. https://doi.org/10.1016/S0197-4580(02)00065-9.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Браак Х., Вос РАЙ, Бол Дж., Дель Тредичи К.Иммунореактивные включения α-синуклеина желудка в сплетениях Мейснера и Ауэрбаха в случаях, поставленных на стадию патологии головного мозга, связанной с болезнью Паркинсона. Нейроски Летт. 2006; 396: 67–72. https://doi.org/10.1016/j.neulet.2005.11.012.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Haehner A, Boesveldt S, Berendse HW, Mackay-Sim A, Fleischmann J, Silburn PA, et al. Распространенность потери обоняния при болезни Паркинсона — многоцентровое исследование.Расстройство отношения к парку. 2009;15:490–4. https://doi.org/10.1016/j.parkreldis.2008.12.005.

    КАС Статья Google ученый

  • Беро Д., Магуайр-Цейсс К.А. Неправильно свернутый α-синуклеин и толл-подобные рецепторы: терапевтические мишени для болезни Паркинсона. Расстройство, связанное с паркинсонизмом. 2012;18(Приложение 1):17–20. https://doi.org/10.1016/S1353-8020(11)70008-6.

    Артикул Google ученый

  • Фридланд RP.Механизмы молекулярной мимикрии с участием микробиоты при нейродегенерации. J Dis. Альцгеймера. 2015;45:349–62.

    КАС Статья Google ученый

  • Хан Ф, Олокетуи С.Ф. Будущий взгляд на нейродегенеративные заболевания: микробиота носоглотки и кишечника. J Appl Microbiol. 2016; 122:306–20.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Мулак А., Боназ Б.Ось мозг-кишка-микробиота при болезни Паркинсона. Мир J Гастроэнтерол. 2015;21:10609–20. https://doi.org/10.3748/wjg.v21.i37.10609.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Pereira PAB, Aho VTE, Paulin L, Pekkonen E, Auvinen P, Scheperjans F. Микробиота полости рта и носа при болезни Паркинсона. Расстройство отношения к парку. 2017;38:61–7. https://doi.org/10.1016/j.parkreldis.2017.02.026.

    Артикул Google ученый

  • Хокс Х., Дель Тредичи К., Браак Х.Болезнь Паркинсона: гипотеза двойного удара. Приложение Нейропатол Нейробиол. 2007; 33: 599–614.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Бутин С., Гребер С.Ю., Вайтнауэр М., Паниц Дж., Шталь М., Клаушницер Д. и др. Сравнение микробиомов из разных ниш верхних и нижних дыхательных путей у детей и подростков с муковисцидозом. ПЛОС Один. 2015; 10:1–19. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0116029.

    КАС Статья Google ученый

  • Prevaes SMPJ, De Steenhuijsen Piters WAA, De Winter-De Groot KM, Janssens HM, Tramper-Stranders GA, Chu MLJN и др.Соответствие между микробиотой верхних и нижних дыхательных путей у детей раннего возраста с муковисцидозом. Евр Респир Дж. 2017; 49. https://doi.org/10.1183/139

  • .02235-2016.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Boyle M. Кистозный фиброз взрослых. J Am Med Assoc. 2007; 298:1787–93.

    КАС Статья Google ученый

  • Фодор А.А., Клем Э.Р., Гилпин Д.Ф., Элборн Дж.С., Буше Р.К., Танни М.М. и др.Микробиота дыхательных путей при муковисцидозе у взрослых стабильна во времени и типе инфекции и обладает высокой устойчивостью к антибиотикотерапии обострений. ПЛОС Один. 2012;7:e45001.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Parkins MD, Floto RA. Новые бактериальные патогены и изменение представлений о бактериальном патогенезе муковисцидоза. J Кистозные волокна. 2015; 14: 293–304. https://doi.org/10.1016/j.jcf.2015.03.012.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Трейси М., Коген Дж., Хоффман Л.Р. Педиатрический микробиом и легкие. Curr Opin Педиатр. 2015; 27: 348–55. https://doi.org/10.1097/MOP.0000000000000212.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Whiteson KL, Bailey B, Bergkessel M, Conrad D, Delhaes L, Felts B, et al.Верхние дыхательные пути как микробный источник легочных инфекций при муковисцидозе. Параллели из островной биогеографии. Am J Respir Crit Care Med. 2014; 189:1309–15. https://doi.org/10.1164/rccm.201312-2129PP.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бернс Дж.Л., Гибсон Р.Л., Макнамара С., Йим Д., Эмерсон Дж., Розенфельд М. и др. Продольная оценка Pseudomonas aeruginosa у детей раннего возраста с муковисцидозом.J заразить дис. 2001; 183:444–52.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Йелсбак Л., Йохансен Х.К., Фрост А.Л., Тогерсен Р., Томсен Л.Е., Чиофу О. и др. Молекулярная эпидемиология и динамика популяций Pseudomonas aeruginosa в легких больных муковисцидозом. Заразить иммун. 2007;75:2214–24. https://doi.org/10.1128/IAI.01282-06.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Госс Х., Мюлебах М.С.Обзор: Staphylococcus aureus и MRSA при муковисцидозе. J Кистозные волокна. 2011; 10: 298–306. https://doi.org/10.1016/j.jcf.2011.06.002.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Tiddens HAWM, Stick SM, Davis S. Мультимодальный мониторинг кистозного фиброза легких: роль компьютерной томографии органов грудной клетки. Pediatr Respir Respir. 2014; 15:92–7. https://doi.org/10.1016/j.prrv.2013.05.003.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Меллерт Т.К., Гетчелл М.Л., Спаркс Л., Гетчелл ТВ.Характеристика иммунного барьера обонятельной слизистой оболочки человека. Отоларингол Head Neck Surg. 1992; 106: 181–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Киммельман С.П. Клинический обзор обоняния. Am J Отоларингол. 1993; 14: 227–39. https://doi.org/10.1016/0196-0709(93)-F.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Гренхэм С., Кларк Г., Крайан Дж. Ф., Динан Т. Г.Взаимодействие между мозгом и кишечником в норме и при болезнях. Фронт Физиол. 2011;2:94. https://doi.org/10.3389/fphys.2011.00094.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Хьюз Д.Т., Сперандио В. Передача сигналов между царствами: общение между бактериями и их хозяевами. Nat Rev Microbiol. 2008; 6: 111–20. https://doi.org/10.1038/nrmicro1836.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Wilson MT, Hamilos DL.Назальный и придаточный микробиом в норме и при патологии. Curr Allergy Asthma Rep. 2014; 14:485.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Wegener B-A, Croy I, Hähner A, Hummel T. Обучение обонянию пожилых людей. Int J Geriatr Psychiatry. 2018;33:212–20. https://doi.org/10.1002/gps.4725.

    Артикул Google ученый

  • Пекала К., Чандра Р.К., Тернер Дж.Х.Эффективность обонятельной тренировки у пациентов с потерей обоняния: систематический обзор и метаанализ. Международный форум по аллергии Rhinol. 2016; 6: 299–307. https://doi.org/10.1002/alr.21669.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Liu CM, Price LB, Hungate BA, Abraham AG, Larsen LA, Christensen K, et al. Staphylococcus aureus и экология назального микробиома. Научная реклама 2015;1. https://doi.org/10.1126/sciadv.1400216.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Рамакришнан В.Р., Хаузер Л.Дж., Франк Д.Н. Синоназальный бактериальный микробиом в норме и при патологии. Curr Opin Otolaryngol Head Neck Surg. 2016;24:20–5. https://doi.org/10.1097/MOO.0000000000000221.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Bosch AATM, Levin E, van Houten MA, Hasrat R, Kalkman G, Biesbroek G, et al.На развитие микробиоты верхних дыхательных путей в младенчестве влияет способ родоразрешения. ЭБиоМедицина. 2016;9:336–45. https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2016.05.031 M4 — Читави.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Лекуйер Х., Одибер Дж., Бобиньи А., Экерт С., Жаньер-Нартей С., Буу-Хой А. и др. Dolosigranulum pigrum вызывает внутрибольничную пневмонию и септицемию. Дж. Клин Микробиол. 2007;45:3474–5.https://doi.org/10.1128/JCM.01373-07.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Boesveldt S, Postma EM, Boak D, Welge-Luessen A, Schöpf V, Mainland JD, et al. Аносмия — клинический обзор. Химические чувства. 2017;42:513–23.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Хаммель Т., Секингер Б., Вольф С.Р., Паули Э., Кобал Г.Палочки «Нюхательные»: Обонятельные характеристики оцениваются с помощью комбинированного тестирования идентификации запаха, распознавания запаха и обонятельного порога. 1997. https://academic.oup.com/chemse/article-abstract/22/1/39/383479. По состоянию на 11 января 2019 г.

    Google ученый

  • Джайн Р., Хоггард М., Бисвас К., Зоинг М., Цзян И., Дуглас Р. Изменения в бактериальном микробиоме пациентов с хроническим риносинуситом после эндоскопической операции на пазухах. Международный форум по аллергии Rhinol.2017;7:7–15. https://doi.org/10.1002/alr.21849.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Керн РЦ. Кандидатская диссертация: Хронический синусит и аносмия: патологические изменения обонятельной слизистой оболочки. Ларингоскоп. 2009; 110:1071–7.

    Артикул Google ученый

  • Хорнунг, Германия. Анатомия носа и обоняние. Adv Оториноларингол. 2006; 63:1–22.

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Уайли.Руководство Берги по систематике архей и бактерий. 2015.

    Google ученый

  • Mygind N, Nielsen LP, Hoffmann HJ, Shukla A, Blumberga G, Dahl R, et al. Механизм действия интраназальных кортикостероидов. J Аллергия Клин Иммунол. 2001; 108:S16–25. https://doi.org/10.1067/MAI.2001.115561.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Роджерс Г.Б., Шоу Д., Марш Р.Л., Кэрролл М.П., ​​Serisier DJ, Брюс К.Д.Респираторная микробиота: решение клинических вопросов, информирование клинической практики. грудная клетка. 2015;70:74–81. https://doi.org/10.1136/thoraxjnl-2014-205826.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Ван Л-М, Цяо Х-Л, Ай Л, Чжай Дж-Дж, Ван Х-Х. Выделение устойчивых к противомикробным препаратам бактерий при инфекциях верхних дыхательных путей у больных. 3. Биотех. 2016;6:166. https://doi.org/10.1007/s13205-016-0473-z.

    Артикул Google ученый

  • Perl TM, Cullen JJ, Wenzel RP, Zimmerman MB, Pfaller MA, Sheppard D, et al.Интраназальный мупироцин для предотвращения послеоперационных инфекций Staphylococcus aureus . N Engl J Med. 2002; 346: 1871–7. https://doi.org/10.1056/NEJMoa003069.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Bode LGM, Kluytmans JAJW, Wertheim HFL, Bogaers D, Vandenbroucke-Grauls CMJE, Roosendaal R, et al. Профилактика инфекций в области хирургического вмешательства у назальных носителей Staphylococcus aureus . N Engl J Med. 2010; 362:9–17.https://doi.org/10.1056/NEJMoa0808939.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Чой К.Дж., Джанг Д.В., Эллисон М.Д., Франк-Ито Д.О. Характеристика профиля воздушного потока в послеоперационной гайморовой пазухе с использованием компьютерного гидродинамического моделирования: пилотное исследование. Am J Rhinol Аллергия. 2016;30:29–36. https://doi.org/10.2500/ajra.2016.30.4266.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Кеннеди Д.У.Прогностические факторы, исходы и этапы хирургии решетчатой ​​пазухи. Ларингоскоп. 1992;102(12 Pt 2 Suppl 57):1–18 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1453856. По состоянию на 9 октября 2018 г.

    CAS пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Hauser LJ, Ir D, Kingdom TT, Robertson CE, Frank DN, Ramakrishnan VR. Исследование бактериальной репопуляции после операции на пазухах и периоперационной антибиотикотерапии. Международный форум по аллергии Rhinol. 2016;6:34–40.https://doi.org/10.1002/alr.21630.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Джервис-Барди Дж., Форман А., Филд Дж., Вормалд П.Дж. Нарушение заживления слизистой оболочки и инфекция, связанная с Staphylococcus aureus , после эндоскопической операции на пазухах. Am J Rhinol Аллергия. 2009; 23: 549–52. https://doi.org/10.2500/ajra.2009.23.3366.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Tan NC-W, Foreman A, Jardeleza C, Douglas R, Tran H, Wormald PJ.Множественность Staphylococcus aureus при хроническом риносинусите: корреляция поверхностной биопленки и внутриклеточного проживания. Ларингоскоп. 2012; 122:1655–60. https://doi.org/10.1002/lary.23317.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Плуэн-Годон И., Клеман С., Хагглер Э., Шапонье С., Франсуа П., Лью Д. и др. Внутриклеточная резидентность часто связана с рецидивирующим риносинуситом.Ринология. 2006; 44:249–54 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17216740. По состоянию на 9 октября 2018 г.

    CAS пабмед Google ученый

  • Джервис-Барди Дж., Форман А., Боас С., Валентайн Р., Вормолд П.-Дж. Каково происхождение Staphylococcus aureus в раннем послеоперационном периоде придаточных пазух носа? Международный форум по аллергии Rhinol. 2011;1:308–12. https://doi.org/10.1002/alr.20050.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Бхаттачарья Н., Гопал Х.В., Ли К.Х.Бактериальная инфекция после эндоскопической хирургии околоносовых пазух: контролируемое проспективное исследование. Ларингоскоп. 2004; 114: 765–7. https://doi.org/10.1097/00005537-200404000-00032.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Рама С., Баллентин Р., Хаймс А. Наука о дыхании: практическое руководство. Хоунсдейл: издательство Гималайского института; 1998.

    Google ученый

  • Bastier P-L, Lechot A, Bordenave L, Durand M, de Gabory L.Ирригация носа: от эмпиризма к доказательной медицине. Обзор. Eur Ann Оториноларингол Head Neck Dis. 2015;132:281–5. https://doi.org/10.1016/J.ANORL.2015.08.001.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Георгитис Дж.В. Назальная гипертермия и простое орошение при круглогодичном рините: изменение медиаторов воспаления. Грудь Дж. 1994; 106: 1487–92. https://doi.org/10.1378/CHEST.106.5.1487.

    КАС Статья Google ученый

  • Hauser LJ, Ir D, Kingdom TT, Robertson CE, Frank DN, Ramakrishnan VR.Оценка передачи бактерий в придаточные пазухи носа при промывании пазух. Международный форум по аллергии Rhinol. 2016;6:800–6. https://doi.org/10.1002/alr.21755.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Сингхал Д., Форман А., Барди Дж.Дж., Вормолд П.Дж. Биопленки золотистого стафилококка. Ларингоскоп. 2011; 121:1578–83. https://doi.org/10.1002/lary.21805.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Псалтис А.Дж., Форман А., Вормолд П.Дж., Шлоссер Р.Дж.Загрязнение устройств для промывания носовых пазух: обзор доказательств и клинической значимости. Am J Rhinol Аллергия. 2012;26:201–3. https://doi.org/10.2500/ajra.2012.26.3747.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Тиченор В.С., Терлоу Дж., Макналти С., Браун-Эллиотт Б.А., Уоллес Р.Дж., Фолкинхэм Дж.О. Нетуберкулезные микобактерии в бытовой сантехнике как возможная причина хронического риносинусита. Эмердж Инфекция Дис. 2012;18:1612–7. https://дои.org/10.3201/eid1810.120164.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Yoder JS, Straif-Bourgeois S, Roy SL, Moore TA, Visvesvara GS, Ratard RC, et al. Смерть от первичного амебного менингоэнцефалита, связанного с промыванием носовых пазух загрязненной водопроводной водой. Клин Инфекция Дис. 2012;55:e79–85. https://doi.org/10.1093/cid/cis626.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Георас С.Н., Резаи Ф.Эпителиальная барьерная функция: на переднем крае иммунологии астмы и аллергического воспаления дыхательных путей. J Аллергия Клин Иммунол. 2014; 134:509–20.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Сойка М.Б., Вавжиняк П., Эйвеггер Т., Хольцманн Д., Трейс А., Ванке К. и др. Дефектный эпителиальный барьер при хроническом риносинусите: регуляция плотных контактов с помощью IFN-g и IL-4. Am Acad Allergy Asthma Immunol.2012; 130:1087–96.

    КАС Google ученый

  • Hill C, Guarner F, Reid G, Gibson GR, Merenstein DJ, Pot B и др. Консенсусное заявление Международной научной ассоциации пробиотиков и пребиотиков в отношении объема и надлежащего использования термина пробиотик. Нат Рев Гастроэнтерол Гепатол. 2014;11:506–14.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Martens K, Pugin B, De Boeck I, Spacova I, Steelant B, Seys SF, et al.Пробиотики для дыхательных путей: потенциал для улучшения эпителиального и иммунного гомеостаза. Аллергия. 2018. https://doi.org/10.1111/all.13495.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Коп Э.К., Линч С.В. Новые терапевтические средства на основе микробиома для лечения хронического риносинусита. Curr Allergy Asthma Rep. 2015; 15:504.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Мак Д., Арн С., Хайд Л., Вэй С., Холлингсворт М.Внеклеточная секреция муцина MUC3 следует за прикреплением штаммов Lactobacillus к эпителиальным клеткам кишечника in vitro. Кишка. 2003; 52: 827–33.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Рао Р., Самак Г. Защита и восстановление кишечного барьера пробиотиками: пищевые и клинические последствия. Curr Nutr Food Sci. 2013;9:99–107.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Сагар С., Вос А.П., Морган М.Е., Гарссен Дж., Георгиу Н.А., Бун Л. и др.Комбинация Bifidobacterium breve с неперевариваемыми олигосахаридами подавляет воспаление дыхательных путей в мышиной модели хронической астмы. Биохим Биофиз Акта Мол Базис Дис. 1842; 2014: 573–83. https://doi.org/10.1016/j.bbadis.2014.01.005.

    КАС Статья Google ученый

  • Блазер М., Борк П., Фрейзер С., Найт Р., Ван Дж. Исследованный микробиом: недавние открытия и будущие задачи. Nat Rev Microbiol. 2013;11:213–217.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Zheng J, Gänzle MG, Lin XB, Ruan L, Sun M. Разнообразие и динамика бактериоцинов в микробиоме человека. Окружающая среда микробиол. 2015;17:2133–43.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Лебер С., Вандерлейден Дж., Де Кеерсмакер С. Взаимодействие пробиотических бактериальных поверхностных молекул с хозяином: сравнение с комменсалами и патогенами.Nat Rev Microbiol. 2010;8:171–84.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Shandilya UK, Jadhav S, Panwar V, Kansal V. Пробиотики: мощный иммуномодулирующий инструмент против аллергии. Пробиотики Антимикропрот. 2011;3:151–8.

    Артикул Google ученый

  • фон дер Вейд Т., Буллиард С., Шиффрин Э.Дж. Индукция молочнокислыми бактериями популяции CD4 ϩ Т-клеток с низкой пролиферативной способностью, продуцирующих трансформирующий фактор роста бета и интерлейкин-10.Клин Диагн Лаб Иммунол. 2001; 8: 695–701.

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Pochard P, Gosset P, Grangette C, Andre C, Tonnel A, Pestel J, et al. Базовая и клиническая иммунология Молочнокислые бактерии ингибируют продукцию цитокинов TH 2 мононуклеарными клетками у пациентов с аллергией. J Аллергия Клин Иммунол. 2002; 110: 617–23.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Christensen HR, Frokier H, Pestka JJ.Лактобациллы по-разному модулируют экспрессию цитокинов и маркеров поверхности созревания в мышиных дендритных клетках. Дж Иммунол. 2002; 168: 171–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Toh ZQ, Anzela A, Tang MLK, Licciardi PV. Пробиотическая терапия как новый подход к лечению аллергических заболеваний. Фронт Фармакол. 2012;3:1–14.

    Артикул КАС Google ученый

  • Fujimura KE, Demoor T, Rauch M, Faruqi AA, Jang S, Johnson CC, et al.Воздействие домашней пыли опосредует обогащение микробиома кишечника лактобациллами и иммунную защиту дыхательных путей от аллергенов и вирусной инфекции. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111:805–10.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Квон Х., Ли С., Со Дж., Че С., Хван Дж., Саху А. и др. Генерация регуляторных дендритных клеток и CD4+ Foxp3+ Т-клеток при введении пробиотиков подавляет иммунные нарушения. Proc Natl Acad Sci U S A.2010; 107: 159–64.

    Артикул Google ученый

  • Jang S, Kim H, Kim Y, Kang M, Kwon J, Seo J и др. Профилактика астмы с помощью Lactobacillus rhamnosus на мышиной модели. Аллергия Астма Immunol Res. 2012;4:150–6.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Маркетти Г., Тинкати С., Сильвестри Г. Микробная транслокация в патогенезе ВИЧ-инфекции и СПИДа.Clin Microbiol Rev. 2013; 26:2–18.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Коп Э.К., Линч С.В. Новые терапевтические средства на основе микробиома для лечения хронического риносинусита. Curr Allergy Asthma Rep. 2015; 15:9. https://doi.org/10.1007/s11882-014-0504-y.

    КАС Статья Google ученый

  • Спакова И., Петрова М.И., Фремау А., Полларис Л., Вануарбек Дж., Сейс С. и другие.Интраназальное введение пробиотика Lactobacillus rhamnosus GG предотвращает аллергическую астму, вызванную пыльцой березы, на мышиной модели. Аллергия. 2019;74:100–10.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Wu C, Chen P, Lee Y, Ko J, Lue K. Влияние иммуномодулирующих добавок с Lactobacillus rhamnosus на воспаление дыхательных путей в модели астмы у мышей. J Microbiol Immunol Infect. 2016;49:625–35.https://doi.org/10.1016/j.jmii.2014.08.001.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Kitz R, Martens U, Zieseniß E, Enck P, Rose MA. Пробиотик E. faecalis – адъювантная терапия у детей с рецидивирующим риносинуситом. Cent Eur J Med. 2012;7:7–10.

    Google ученый

  • Пеллатон С., Наттен С., Тьерри А., Будуски С., Барбье Н., Бланшар С. и др.Внутрижелудочное и интраназальное введение Lactobacillus paracasei NCC2461 модулирует аллергические реакции дыхательных путей. Int J Inflam. 2012;2012:686739.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Martensson A, Abolhalaj M, Lindstedt M, Martensson A, Olofsson TC, Vasquez AV, et al. Клиническая эффективность местного молочнокислого бактериального микробиома при хроническом риносинусите: рандомизированное контролируемое исследование.Ларингоскоп Инвестиг Отоларингол. 2017;2:410–6.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Васкес А., Форсгрен Э., Фрайс И., Пакстон Р.Дж., Флаберг Э., Секели Л. и др. Симбионты как основные модуляторы здоровья насекомых: молочнокислые бактерии и пчелы. ПЛОС Один. 2012;7:e33188.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Батлер Э., Ойен Р.Ф., Линдхольм С., Олфонссон Т.С., Нильсон Б., Васкес А.Пилотное исследование по изучению симбионтов молочнокислых бактерий медоносной пчелы в ингибировании патогенов хронических ран человека. Int World J. 2014; 13: 729–38.

    Google ученый

  • Olofsson TC, Vasquez A. Обнаружение и идентификация новой молочнокислой бактериальной флоры в медовом желудке медоносной пчелы Apis mellifera . Карр микробиол. 2008; 57: 356–63.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Олофссон Т.С., Батлер Э., Маркович П., Линдхольм С., Ларссон Л., Васкес А.Симбионты молочнокислых бактерий у медоносных пчел — неизвестный ключ к антимикробной и терапевтической активности меда. Int World J. 2016; 13: 668–79.

    Google ученый

  • Clarke J, Wu H, Jayasinghe L, Patel A, Reid S, Bayley H. Непрерывная идентификация оснований для секвенирования одномолекулярных нанопор ДНК. Нац Нанотехнолог. 2009; 4: 265–70.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Эйд Дж., Фер А., Грей Дж., Луонг К., Лайл Дж., Отто Г. и др.Секвенирование ДНК в реальном времени из отдельных молекул полимеразы. Наука. 2009; 323:133–8.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Эрл Дж., Адаппа Н., Крол Дж., Бхат А., Балашов С., Эрлих Р. и др. Профилирование бактериального сообщества здорового синоназального микробиома на уровне видов с использованием секвенирования Pacific Biosciences полноразмерных генов 16S рРНК. Микробиом. 2018;6:190.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Дисбактериоз пищеварения и кишечника – Передовая натуральная медицина Юпитера

    По оценкам, более 30 миллионов человек в США.S, преимущественно женщины, страдают от множественных последствий дисбаланса в желудочно-кишечной системе.

    Слышали анекдот про борьбу между разными частями тела? Однажды они поспорили, кто из них самый главный. Глава сказал, что это самое важное, потому что оно контролирует все. Сердце сказало, что это потому, что, в конце концов, его биение поддерживает тело. Каждый орган спорил о своем особом вкладе в поддержание жизни тела… и когда они добрались до кишечника, они громко расхохотались, когда кишечник провозгласил его самым важным.При этом кишечник отключился, и через несколько дней все остальные системы организма согласились, это было самое главное!

    Эта небольшая история показывает, как часто недооценивают работу кишечника, также называемого желудочно-кишечным трактом или пищеварительной системой. Но это играет огромную роль в вашем здоровье и благополучии. Когда вы не перевариваете пищу должным образом, могут возникнуть всевозможные проблемы: питательные вещества могут не усваиваться, что приводит к низкому уровню энергии; ваша иммунная система может быть подорвана, что приведет к вирусным и бактериальным инфекциям; другие системы организма могут быть затронуты от кожи до вашей нервной системы; и, наконец, плохое пищеварение может привести к заражению желудочно-кишечного тракта токсичными бактериями, что называется дисбактериозом кишечника .Пищеварение обычно нарушается самой медицинской системой, неправильным питанием, гормонами, психологией и привычками образа жизни.

    Желудочно-кишечный тракт среднего человека имеет длину около 25 футов и включает в себя всю «санитарную» систему тела, которая начинается со рта и продолжается вниз по горлу, проходит через тонкую кишку в толстую кишку и слепую кишку (прилагается). в аппендикс), толстую и прямую кишку и, наконец, в задний проход, когда твердые отходы выходят из организма. Вся эта система также известна как сокращенный термин «ЖКТ» или просто «Кишка».

    Кишечник выполняет три основные функции:

    • Переваривание пищи и превращение в витамины
    • Поглощение питательных веществ
    • Предотвращение попадания токсинов и патогенов в организм

    Когда кишечник здоров

    Приблизительно 500 видов бактерий, а также многие виды дрожжей и других организмов живут в желудочно-кишечном тракте человека и составляют «кишечную флору». Эти «дружественные» бактерии жизненно важны для хорошего пищеварения и здоровья кишечника в целом, и в большинстве случаев их названия начинаются с «Lactobacillus» или «Bifidobacteria», что обозначает класс бактерий, к которому они принадлежат.Вы, возможно, замечали продукты питания, такие как йогурт и ацидофильное молоко, которые содержат эти бактерии. Их все чаще добавляют, так же как, например, витамины и минералы часто добавляют в сухие завтраки.

    Когда кишечная флора находится в здоровом равновесии, это называется «ортобиозом» — термин, введенный в начале 1900-х годов великим микробиологом Эли Мечниковым. Когда наш кишечник выходит из равновесия, говорят, что у нас «дисбактериоз». Мечников настолько беспокоился о дисбактериозе, что придумал выражение «Смерть начинается в кишечнике!»

    Что может пойти не так?

    Не все из сотен видов организмов, составляющих кишечную флору, являются «дружественными».«Есть также ряд организмов, которые не приносят организму никакой пользы или делают это только тогда, когда их количество поддерживается на низком уровне конкурирующими дружественными бактериями. К таким микроорганизмам относятся колиформные бактерии (E.coli и т.д.), дрожжи/грибы, паразиты и бактероиды.

    Болезнь может возникнуть, когда количество дружественных бактерий уменьшается, а другие организмы могут увеличить свою численность и стать большинством. Существует ряд факторов, которые могут нарушить баланс организмов в кишечнике и привести к чрезмерному росту менее желательных видов.Наиболее важные факторы:

    • Применение антибиотиков (злоупотребление)
    • Использование противозачаточных таблеток
    • Использование других гормонов, особенно иммунодепрессантов, таких как стероиды
    • Диета, особенно с высоким содержанием сахара
    • Алкоголь
    • Стресс

    Состояния, часто вызываемые дисбактериозом, включают синдром раздраженного кишечника, акне, пищевую аллергию, хроническую усталость и депрессию. Но вы можете способствовать повторному заселению полезных бактерий, употребляя в пищу продукты, содержащие натуральные полезные бактерии, включая йогурт и ацидофильное молоко.Вы также можете принимать ацидофильную добавку и что-то под названием фруктоолигосахариды (ФОС), растительную добавку, которая служит «суперпищей» для этих хороших бактерий.

    Дисбактериоз кишечника может привести к изменениям в слизистой оболочке кишечника, что увеличивает проницаемость кишечника, что приводит к синдрому повышенной проницаемости кишечника .

    Синдром повышенной кишечной проницаемости

    Выстилка кишечника представляет собой барьер, который в норме позволяет только правильно переваренным жирам, белкам и крахмалам проходить и попадать в кровоток.Когда эта подкладка подвергается воздействию таких вещей, как аспирин, бактериальные токсины или даже пестициды, распыляемые на нашу еду, она теряет свою целостность. Это когда дверь открыта, чтобы впустить бактерии, вирусы, паразиты и даже непереваренные молекулы пищи! Они активируют иммунную систему и часто гиперстимулируют ее, так что она выбрасывает воспалительные вещества, называемые цитокинами, и ослабляет стенки кишечника. Мы называем эту потерю целостности «синдромом дырявого кишечника». Взволнованная иммунная система также может стать настолько нестабильной, что начнет атаковать ваш собственный организм, вызывая аутоиммунные заболевания.

    Симптомы синдрома повышенной кишечной проницаемости / кишечной непроходимости

    Симптомы включают боль в животе, астму, хроническую боль в суставах, хроническую мышечную боль, спутанность сознания, нечеткое или туманное мышление, газы, расстройство желудка, перепады настроения, нервозность, снижение иммунитета, рецидивирующие вагинальные инфекции, кожную сыпь, диарею, ночное недержание мочи, рецидивирующий мочевой пузырь. инфекции, плохая память, одышка, запоры, вздутие живота, агрессивное поведение, тревожность, плохое либидо, усталость и просто ощущение «токсичности».

    Синдром повышенной кишечной проницаемости связан со следующими состояниями:

    • Вздутие живота и увеличение веса
    • Синдром хронической усталости
    • Целиакия
    • Болезнь Крона
    • Экологическая болезнь
    • Ульи
    • Акне
    • Аллергии
    • Воспалительные заболевания суставов/артрит
    • Кишечные инфекции
    • Панкреатическая недостаточность
    • Язвенный колит
    • Лямблии
    • Экзема
    • Псориаз
    • Пищевая аллергия и чувствительность
    • Дисфункция печени
    • Ревматоидный артрит
    • Синдром раздраженного кишечника

    Кандидоз

    Когда естественные дрожжи или грибки, обнаруженные в организме, выходят из-под контроля, это может привести к состоянию, называемому Кандидоз, инфекция, вызываемая разновидностью грибков Candida, особенно Candida albicans.Эти грибы встречаются почти везде в окружающей среде, и некоторые из них могут безвредно жить вместе с многочисленными «местными» видами бактерий, которые обычно колонизируют рот, желудочно-кишечный тракт и влагалище. Рост Candida обычно контролируется присутствием местных бактерий и иммунной защитой организма. Если популяция местных бактерий уменьшается, особенно при приеме антибиотиков, или если иммунная защита ослабевает из-за болезни, недоедания или некоторых лекарств (кортикостероидов или противоопухолевых препаратов), грибы Candida могут размножаться настолько, чтобы вызвать симптомы, извергая много токсинов в кровоток и печень.Он может поражать множество различных частей тела, вызывая либо локальные инфекции, либо тяжелое заболевание, в зависимости от пациента и его или ее основного состояния здоровья.

    Кандидоз обычно можно обнаружить на открытых и большей части тела, таких как рот и горло (так называемый молочница), влагалище (обычно называется дрожжевой инфекцией), а у детей — в виде опрелостей. Кандидоз может поразить все тело, а у некоторых людей может привести не только к желудочным расстройствам, таким как вздутие живота и газы, но также к усталости, депрессии, беспокойству, кожным высыпаниям и нарушению работы иммунной системы.

    Как успокоить расстройство кишечника

     Мы лечили пациентов с дисбактериозом кишечника, повышенной кишечной проницаемостью, кандидозом и другими желудочно-кишечными проблемами, и действительно приятно видеть, как их жизнь улучшается! Восстановление обычно занимает от трех до шести месяцев, чтобы достичь максимального улучшения. Тем не менее, на протяжении всего пути люди отмечают улучшенную выносливость, похудение тела, улучшение умственного и эмоционального функционирования, уменьшение мышечных болей, новое понимание жизни и многие другие улучшения. Первым шагом является всесторонний анализ стула, выполняемый в Doctor’s Data, Inc. (образец) всемирно признанной лаборатории, которая проводит специализированное тестирование.

    Чтобы связаться с персоналом по поводу назначения личной консультации с доктором Масса , нажмите здесь.

    Важно, чтобы вы не уменьшали дозу, не изменяли и не прекращали прием каких-либо лекарств или лечения без предварительной консультации с врачом. Рекомендации этого веб-сайта следует рассматривать только как «общеинформационные», а не как конкретно применимые к медицинским проблемам, проблемам и / или потребностям любого человека.

    Состав микробиома в гортани и горле Биоразнообразие между пациентами с плоскоклеточным раком гортани и контрольной популяцией

    Abstract

    Горло представляет собой экологическую совокупность, включающую человеческие клетки и микробиоту, а колонизирующие бактерии являются важными факторами в уравновешивании этой среды. Однако профиль этого бактериального сообщества изучен недостаточно. Целью этого исследования было изучение микробной биологии гортани и анализ биоразнообразия горла у пациентов с карциномой гортани по сравнению с контрольной популяцией в исследовании случай-контроль.Использовали пиросеквенирование гена 16S рРНК со штрих-кодом. Мы собрали образцы тканей у 29 пациентов с карциномой гортани и у 31 контрольного пациента с полипами голосовых связок. Результаты высококачественных наборов данных о последовательностях выявили 218 родов из 13 типов в слизистой оболочке гортани. Преобладающими сообществами типов в гортани были Firmicutes (54%), Fusobacteria (17%), Bacteroidetes (15%), Proteobacteria (11%) и Actinobacteria (3%).Ведущими родами были Streptococcus (36%), Fusobacterium (15%), Prevotella (12%), Neisseria (6%) и Gemella (4%). Бактериальный состав горла сильно различался между субъектами карциномы гортани и контрольной популяцией ( p  = 0,006). Обилие 26 родов значительно различалось между раком гортани и контрольной группой по анализу метастатов ( p <0,05). Пятнадцать родов могут быть связаны с карциномой гортани с помощью частичного дискриминантного анализа методом наименьших квадратов ( p <0.001). Таким образом, это исследование выявило профили микробиоты слизистой оболочки гортани из образцов тканей. Состав сообщества бактерий в горле различался у пациентов с раком гортани и у контрольной группы и, вероятно, был связан с этой карциномой. Нарушение этой биоэкологической ниши может быть фактором риска рака гортани.

    Образец цитирования: Гонг Х-Л, Ши Ю, Чжоу Л, Ву С-П, Цао П-Ю, Тао Л и др. (2013) Состав микробиома в гортани и биоразнообразие горла между пациентами с плоскоклеточным раком гортани и контрольной популяцией.ПЛОС ОДИН 8(6): е66476. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476

    Редактор: Michael R. Emmert-Buck, Национальный институт рака, Национальные институты здравоохранения, Соединенные Штаты Америки

    Получено: 19 февраля, 2013; Принято: 7 мая 2013 г.; Опубликовано: 18 июня 2013 г.

    Авторские права: © 2013 Gong et al. Это статья с открытым доступом, распространяемая в соответствии с лицензией Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания оригинального автора и источника.

    Финансирование: Эта работа была поддержана Национальным фондом естественных наук Китая, № 81001203, и финансировалась Программой подготовки академических лидеров Бюро здравоохранения Пудун в Шанхае (грант № PWRd2012-11). Спонсоры не участвовали в разработке исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

    Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

    Введение

    Организм человека колонизирован большим количеством микробов, известных как человеческая микробиота, которые включают сообщества бактерий, вирусов и микробных эукариот [1].Текущие исследования, выявляющие различия в составе сообщества между отдельными здоровыми и нездоровыми состояниями, меняют наш взгляд на биологию человека [2], [3]. Каждое из этих микробных сообществ имеет свои специфические профили, и эта экосистема во многом зависит от динамики микроокружения организма [4], [5]. Хотя это удивительно сложное сообщество оказывает огромное влияние на здоровье человека, оно все еще плохо изучено [6], [7].

    Гортань содержит многочисленные бактерии в дыхательных путях.Известно, что они вызывают респираторные инфекции и включают следующие: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Bordetella pertussis, Haemophilus influenza и Streptococcus pneumoniae [8], [9]. Слизистая оболочка гортани является экологической нишей для различных микроорганизмов [10], а колонизирующие бактерии являются важным фактором поддержания здоровой среды в организме человека [11].

    На сегодняшний день заболеваемость раком гортани была относительно стабильной, ежегодно регистрировалось около 160 000 новых случаев [12].Этот тип карциномы значительно чаще встречается у мужчин и составляет примерно 2,4% всех случаев рака и 2,1% всех смертей от опухолей во всем мире [12]. Рак гортани имеет хорошо доказанную причинно-следственную связь с курением и алкоголем [12], [13]. Кроме того, было высказано предположение, что причиной этого типа карциномы могут быть инфекции, вызванные вирусом папилломы человека 16 и Helicobacter pylori [14]–[16]. Хотя эти два потенциальных патогена в гортани были недавно зарегистрированы, до сих пор неизвестно, участвуют ли в патогенезе отдельные виды или полимикробные сообщества.

    В последнее время возрос интерес к микробным характеристикам горла. Однако прогресс в направлении детального биораспределения микробного сообщества гортани как у здоровых, так и у больных пациентов тщательно не изучался. Настоящее исследование было разработано для изучения характеристик микробной биологии слизистой оболочки гортани и анализа обильного состава между пациентами с карциномой гортани и контрольной популяцией. Насколько нам известно, это первое исследование, в котором используется пиросеквенирование штрих-кодов генов 16S рРНК и дизайн «случай-контроль» на образцах ткани гортани для изучения микробиома горла.

    Материалы и методы

    Пациенты и сбор образцов тканей

    Двадцать девять пациентов с плоскоклеточным раком гортани (LSCC) и 31 контрольный пациент с полипами голосовых связок были включены в это исследование с января 2011 г. по март 2012 г. Пациентам с раком гортани была проведена тотальная резекция гортани, и у них был гистопатологически подтвержденный диагноз LSCC. Было подтверждено, что контрольные субъекты не имеют рака, а также не имеют признаков дисплазии эпителия.Пациенты с историей применения антибиотиков в течение предшествующих 3 месяцев или активными бактериальными или вирусными инфекциями в других частях тела были исключены из исследования.

    Образцы тканей были собраны в операционной с ламинарным потоком, чтобы избежать контаминации. Ткани опухоли и нормальные ткани слизистой оболочки, прилегающие к опухолевым участкам, были взяты у пациентов с LSCC с использованием отдельных хирургических инструментов, чтобы избежать перекрестного загрязнения. Нормальные ткани, расположенные на расстоянии не менее одного сантиметра от места опухоли. В контрольной группе образцы тканей полипов голосовых связок собирали с помощью прямого ларингоскопа в области голосовых связок гортани.Все образцы были отдельно сохранены в пробирке Эппендорф без какой-либо среды при температуре -80°C перед дальнейшим анализом.

    Стадию опухоли определяли в соответствии с классификацией Международного союза борьбы против рака TNM, 6-е издание [17]. Измерение объема опухоли было описано ранее [18]. Настоящее исследование было одобрено Комитетом по этике больницы глаз, ушей, носа и горла Университета Фудань. Все зарегистрированные пациенты были проинформированы и подписали письменное согласие в соответствии с регламентом комитета.

    Экстракция ДНК и полимеразная цепная реакция (ПЦР)

    Геномную ДНК

    экстрагировали из образцов с помощью набора QIAGEN DNeasy (QIAGEN, Hilden, Germany) в соответствии с инструкциями производителя. Мастер-микс коктейля, содержащий лизоцим, мутанолизин и лизостафин (sigma – Aldrich, США), добавляли к каждому образцу после инкубации с протеиназой К. Нержавеющие шарики из диоксида циркония и кремнезема также использовались для максимального извлечения ДНК из грамположительных бактерий. Последовательности гена 16S рРНК амплифицировали с V1 по V3 (положения Escherichia coli 27F ~ 534R) с помощью ПЦР.Последовательности праймеров были следующими: 27F: 5′- CCA TCT CAT CCC TGC GTG TCT CCG ACG ACT — штрих-код-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3′. Модель 534R: 5′- CCT ATC CCC TGT GTG CCT TGG CAG TCT CAG — ATT ACC GCG GCT GCT GG-3′. Курсивная часть представляла собой адаптер в соответствующем праймере, а фрагмент штрих-кода из 8-10 оснований использовался в праймере 27F (Sangon, Шанхай). ПЦР проводили в следующих условиях: 95°С 2 мин, затем 30 циклов 95°С 20 сек, 56°С 30 сек и 72°С 5 мин.

    Обработка последовательностей и статистический анализ данных

    Продукты ампликона 16S рРНК из разных образцов смешивали в равных соотношениях для пиросеквенирования на платформе GS FLX. Подготовленные образцы ДНК трансформировали в библиотеки одноцепочечной матричной ДНК (оцДНК) с использованием набора для подготовки библиотеки ДНК GS (Roche Applied Science). Библиотеки одноцепочечной ДНК клонировали в иммобилизованной форме с использованием набора GS emPCR (Roche Applied Science) и секвенировали на платформе 454 Genome Sequencer FLX Titanium.Пиросеквенирование проводили в Китайском национальном центре секвенирования генома человека (Шанхай, Китай).

    Последовательности, содержащие неоднозначное основание (N), были исключены с использованием настроенных скриптов Perl, и в анализ были включены только последовательности со средним показателем качества ≥20 и минимальной длиной ≥200 п.н. Стратегия шумоподавления была реализована с использованием Mothur на основе алгоритма PyroNoise Криса Куинса [19].

    Программное обеспечение

    UCLUST использовалось для определения OTU на уровне сходства 97%. Кривые разрежения, индексы разнообразия Шеннона-Уивера, индексы разнообразия Симпсона, ACE, Chao1 и покрытие Гуда были рассчитаны с помощью анализа Мотура [20] (v.1.27.0, http://www.mothur.org/wiki/Main_Page) на уровне расстояния 3%. Классификатор RDP был использован для отнесения последовательностей к филогенетической таксономии на основе проекта Ribosomal Database Project [21], [22], и последовательности были отнесены к иерархическим таксонам при условии бутстрап-отсечения 80%. Статистическую значимость различий численности в составе микробного сообщества между категориями образцов определяли с помощью метастатов (http://metastats.cbcb.umd.edu/). Иерархический кластер микробных сообществ и анализ основных координат (PCoA) были проанализированы с помощью программного обеспечения UniFrac и визуализированы с помощью программного обеспечения R и тепловой карты пакета.2. На основе выборочного расстояния UniFrac значение статистической значимости P было рассчитано с помощью пакета R CrossMatch. Матрица обилия образцов OTU была масштабирована до среднего значения, равного нулю и единице дисперсии, расстояние выборки было рассчитано с помощью веганского пакета R. Иерархический кластерный анализ и анализ основных компонентов (PCA) были реализованы с помощью программного обеспечения R и тепловой карты пакета.2. Частичный дискриминационный анализ методом наименьших квадратов (PLS-DA), перекрестная проверка с исключением одного (LOOCV) и многомерный дисперсионный анализ (MANOVA) были применены для исследования значимых бактерий, связанных с болезнью LSCC, с помощью R-пакета mixOmics и R-функции manova.

    Результаты

    Клинические характеристики субъектов

    В это исследование были включены 29 пациентов с раком гортани (27 мужчин и 2 женщины) и 31 контрольный субъект (27 мужчин и 4 женщины). Мы одновременно собрали 31 образец контрольной слизистой оболочки из полипов голосовых связок, 29 образцов ткани LSCC и 27 соответствующих нормальных тканей, прилегающих к опухолям (два образца LSCC не попали в соответствующие нормальные ткани). Клинические параметры, включая возраст, пол, расположение опухоли, размер опухоли и Т-классификацию субъектов, были показаны в таблице 1.

    Профили бактериального сообщества в слизистой оболочке гортани

    Бактериальное сообщество в слизистой оболочке гортани исследовали методом пиросеквенирования гена 16S рРНК со штрих-кодом. После обрезки праймеров и неполных фрагментов V3 было получено 143 122 чтения из области V1–V2. Было 63 688 прочтений из тканей опухоли гортани, 35 654 прочтений из нормальных тканей, прилегающих к опухолям, и 43 780 прочтений из нормальной слизистой оболочки контрольной группы (таблица 2). В среднем было получено 1645 прочтений для каждого образца со средней длиной 320±28 оснований.Определяя операционные таксономические единицы (OTU) на уровне сходства 97%, чтения секвенирования были отнесены к уровню 3334 видов в опухолевой ткани, 2639 OTU в нормальных тканях, прилегающих к опухолям, и 2378 OTU в контроле. Чтобы оценить разнообразие и богатство этих прочтений секвенирования видов, обнаруженных в образцах, для оценки качества применялись кривые разрежения, охват Гуда, параметры ACE, Chao1, Шеннона и Симпсона (таблица 2). Кривые разрежения, созданные для уникальных, 1%, 3% и 5% в трех группах, достигли уровня насыщения при уровне различия 3% (рис. S1).Для трех исследованных групп ларингеальных сообществ при несходстве 3% количество ОТЕ было близко к общему количеству ОТЕ, оцененному по параметрам Chao1 и ACE. Охват Гуда составил почти 98% для всех последовательностей в этих группах (таблица 2).

    Для всего бактериального сообщества в слизистой оболочке гортани образовалось 13 типов. Наиболее распространенными сообществами типов с экстремальными диапазонами разнообразия были следующие: Firmicutes (54%, размах диапазонов: 5,5–99.9%), Fusobacteria (17%, диапазон диапазона: 0–86,2%), Bacteroidetes (15%, диапазон диапазона: 0–61,5%), Proteobacteria (11%, диапазон диапазона: 0–67,1% ) и Actinobacteria (3%, размах: 0–48,5%). Было обнаружено 218 родов с большим сдвигом ранжирования, и преобладающими родами были Streptococcus (36%, размах диапазонов: 0,04–99,9%), Fusobacterium (15%, диапазон диапазонов: 0–99,9%). 86,2%), Prevotella (12%, диапазон диапазона: 0–61.4%), Neisseria (6%, диапазон диапазона: 0–66,4%) и Gemella (4%, диапазон диапазона: 0–32,0%) (рис. 1). Основной процент классов, отрядов и семейств сообщества в горле показан на рисунке S2. Был обнаружен подробный процент типов и родов для каждого образца (рис. 2 и рис. S3). Коррелограмма микробного сообщества гортани с тремя группами опухолей LSCC, нормальной тканью, прилегающей к опухоли, и контролями была проанализирована и представлена ​​​​с использованием тепловых карт на уровнях типов и родов (рис. 3 и рис. S4).

    Рис. 2. Подробное процентное содержание типов в каждом образце гортани, включающем LSCC, нормальную ткань, прилегающую к опухоли, и контрольные группы.

    Цветные полосы в правом верхнем углу указывают на типы, обнаруженные в текущем исследовании. Каждый цвет представляет собой отдельный тип, а каждый столбец представляет собой образец гортани.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.g002

    Рисунок 3. Тепловая карта процентного содержания основных родов в гортани каждого человека на основе последовательностей 16S рРНК.

    Полная кластеризация по сцеплению образцов трех групп (опухоли LSCC, нормальные ткани, прилегающие к опухолям, и контроли) на основе родового состава и распространенности в сообществах. Каждая строка представляет собой отдельный род, а каждый столбец представляет собой образец гортани. Цветовой ключ и цветовые полосы указаны в верхнем левом углу.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.g003

    Определяя OTU на уровне 3% различий, три группы имели большую степень сходства сообщества.В общей сложности 871 OTU присутствовали и были общими в этих группах, 1138 видов OTU были общими между образцами LSCC и контролями, 1168 OTU были общими между нормальными тканями, прилегающими к опухолям, и контролями, и 1520 OTU были общими между образцами LSCC и нормальными тканями, прилегающими к опухоли (рис. 4). Подробный таксон, общий для групп образцов опухоли LSCC, нормальной ткани, прилегающей к образцам опухоли, и контрольных образцов также показан на рисунке S5.

    Рисунок 4. Диаграммы Венна для перекрытия наблюдаемых OTU среди трех групп.

    871 вид был разделен на три группы, 1138 видов были разделены между опухолью LSCC и контрольной группой, 1168 видов были разделены между нормальной тканью, прилегающей к опухоли, и контрольной группой, и 1520 видов были разделены между тканью LSCC и нормальной ткани, прилегающие к опухолевым группам.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.g004

    Микробное биоразнообразие в опухоли и нормальной слизистой оболочке гортани

    Микробные структуры в опухоли LSCC, нормальной ткани, прилегающей к опухоли, и контрольных группах значительно различались (таблица 3).Основными филюмами в трех упомянутых выше группах были Firmicutes (44%, 51% и 64% в трех группах соответственно), за которыми следовали Fusobacteria (25%, 16% и 9% в трех группах, соответственно). три группы соответственно), Bacteroidetes (16%, 18% и 10% в трех группах соответственно), Proteobacteria (11%, 12% и 10% в трех группах соответственно), и Actinobacteria (2%, 1% и 6% в трех группах соответственно). Доминирующими сообществами родов в слизистой оболочке гортани были Streptococcus (21%, 29% и 56% в трех группах соответственно), Fusobacterium (23%, 15% и 8% в трех группах, соответственно), Prevotella (14%, 16% и 7% в трех группах соответственно), Neisseria (8%, 4% и 5% в трех группах соответственно) и Gemella (4%, 4% и 2% в трех группах соответственно) (рис. 5 и табл. 3).Когда бактериальные сообщества опухоли LSCC и нормальной ткани, прилегающей к опухолевым группам, были объединены в группу рака гортани и по сравнению с контрольной группой, было обнаружено 6 типов и 26 родов, которые значительно различались между двумя группами ( p <0,05). ) (таблица S1).

    Рисунок 5. Относительная численность основных типов и родов бактерий в гортани.

    Микробные профили в опухоли LSCC (A), нормальной ткани, прилегающей к опухоли (B), и контрольных группах (C) на уровне типов.Микробные профили в опухоли LSCC (D), нормальной ткани, прилегающей к опухоли (E), и контрольных группах (F) на уровне родов. Значения представляют собой средние содержания последовательностей в каждой группе и на каждом уровне. Цветные полосы в правом верхнем углу каждого столбца обозначают основные типы и роды.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.g005

    Между группами опухолей надгортанной и голосовой щелей не было существенно разных бактериальных сообществ. Сравнивая группы с размером опухоли менее или равным 2 см (≤2 см) и более 2 см (>2 см), мы заметили, что роды Prevotella (7.2% в группе ≤2 см и 18,8% в группе >2 см соответственно, p  = 0,026) и Peptostreptococcus (1,3% в группе ≤2 см и 5,8% в группе >2 см соответственно, p  = 0,019) существенно различались между двумя группами. Анализируя распределение бактерий в разных возрастных группах, мы обнаружили, что род Oribacterium был более распространенным у субъектов в возрасте 60 лет и младше (1,2%) по сравнению с субъектами старше 60 лет (0,02%, p  = 0.047). Исследуя структуру сообщества по Т-классификации, мы обнаружили, что роды Prevotella (4,9% в группах Т1 и Т2 и 19,8% в группах Т3 и Т4 соответственно, p  = 0,004) и Solobacterium (0,1% в группе Группы Т1 и Т2 и 1% в группах Т3 и Т4 соответственно ( p  = 0,009) существенно различались.

    При сравнении общего бактериального сообщества с помощью UniFrac было построено филогенетическое дерево, основанное на показателях от нуля (расстояние между одинаковыми сообществами) до единицы (расстояние между совершенно разными сообществами без общего происхождения) [23].Соединение кластеров образцов было основано на видовой структуре и обилии ларингеальных бактериальных сообществ, которые определяли сообщество двух групп. Мы заметили, что образцы в LSCC и контрольных группах образовывали большие секции, которые были явно разделены (рис. 6). Бактериальные сообщества от рака гортани и контрольной группы были определены и графически представлены с обилием каждого филотипа, представленного блоком, и в этом анализе также участвовал иерархический кластер микробных сообществ двух групп (рис. S6).Затем мы применили анализ PCoA и PCA, чтобы подтвердить выводы о том, что структура микробиоты популяции LSCC и контроля значительно различалась ( p  = 0,006 из PCoA и p =  0,01 из PCA соответственно) (рис. 7). После анализов PLS-DA, LOOCV и MANOVA мы обнаружили, что состав 15 родов значительно различался в двух группах и может быть связан с карциномой гортани ( p <0,001). Например, количество Fusobacterium , Prevotella и Gemella было выше в группе LSCC (19.1%, 15,0% и 4,4% соответственно), чем в контроле (7,9%, 6,9% и 2,2% соответственно). Распространенность Streptococcus и Rothia была выше в контрольной популяции (56,1% и 4,2% соответственно) по сравнению с популяцией LSCC (25,1% и 0,8% соответственно) (таблица 4) (рис. S7).

    Рис. 6. Взвешенное дерево UniFrac из кластерного анализа пациентов с раком гортани и контрольной группы.

    Масштабная линейка показывает взвешенное расстояние UniFrac от 0 до 0.3. Образцы из контрольной и раковой групп, как правило, группировались вместе, указывая на различные здоровые состояния. Цветные полосы в нижнем левом углу указывают на LSCC и контрольные группы.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.g006

    Рисунок 7. Кластеризация бактериального разнообразия у пациентов с раком гортани и контрольной группы.

    Анализ основных координат ( p  = 0,006) и анализ главных компонентов ( p =  0,01) популяции LSCC (красный) и контрольных субъектов (зеленый) на основе состава и численности сообщества.Каждый символ представляет образец. Отклонения, объясненные анализами, указаны в скобках на осях. Рак гортани и контрольные образцы почти сгруппированы в соответствии с различными состояниями здоровья.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.g007

    Обсуждение

    Настоящие данные выявили бактериальный состав слизистой оболочки гортани. Подтвержденные параметры оценки показали, что последовательности 16S рРНК, исследованные в этом исследовании, могут представлять естественные ларингеальные бактериальные профили.В гортани обнаружено 218 родов из 13 типов. Мы заметили, что преобладающими сообществами типов в гортани были Firmicutes , Fusobacteria , Bacteroidetes , Proteobacteria и Actinobacteria . Ведущими родами, представленными в слизистой оболочке гортани, были Streptococcus, Fusobacterium, Prevotella, Neisseria, и Gemella . Микробный состав в группах опухоли ЛМР, нормальной ткани, прилежащей к опухоли, и нормальной слизистой оболочки гортани был весьма разнообразен.Мы обнаружили, что многочисленный бактериальный состав значительно различался между пациентами с раком гортани и контрольными субъектами в горле. Более того, пятнадцать родов могут быть связаны с карциномой гортани, например, Fusobacterium , Prevotella, и Streptococcus .

    Гортань является частью дыхательной системы и прилегает также к полости рта, носу, носоглотке, ротоглотке, трахее и легким; однако экологические профили слизистой оболочки гортани отличаются от этих соседних участков [5], [8], [10], [24]–[27].Сообщается, что микробный состав различен в конкретных анатомических нишах, и между этими микроорганизмами вероятны антагонистические эффекты [26]. Наши текущие данные о микробиоме гортани еще больше подтвердили предыдущие предположения. Эти данные показывают различную биологическую динамику между этими анатомическими участками, несмотря на то, что они связаны.

    Предполагается, что пиросеквенирование переоценивает разнообразие из-за ошибок секвенирования и короткой длины последовательности.Сообщается, что высокие строгие пороги обрезки и кластеризации на основе качества ≤97% являются простейшими и наименее вычислительно интенсивными мерами для подтверждения того, что анализ 16S пиротагов обеспечивает точное и высокочувствительное филогенетическое профилирование микробиоты в настоящее время [28]. V1–V2 являются гипервариабельными областями, и в этих частях содержится обширная таксономическая классификационная информация [29]. В последнее время мы можем получить только часть информации о гене 16S рРНК из-за технических ограничений платформы секвенирования.Область V1–V2 также широко используется в таксологии для анализа микробиоты в различных участках тела [29]–[34]. Следовательно, исследование данных пиросеквенирования соответствующим методом, вероятно, может дать объективные результаты.

    Возникает концепция, согласно которой микробное сообщество как единица патогенности может вызывать многие эндогенные заболевания [35]–[37]. Объединение нескольких сообществ может привести к одинаковым исходам заболевания [11]. В нашем исследовании набор сообществ нескольких родов значительно отличался между больными раком гортани и контрольной популяцией.Это может объяснить, почему эти виды, встречающиеся в различной степени распространенности у людей, могут играть важную экологическую роль в определении патологии или защите от болезней. Для этих разных сообществ между двумя группами несколько родов не были преобладающей группой в гортани. Вполне вероятно, что эти роды бактерий не играют решающей роли в этой среде. Но широко распространено предположение, что микроорганизмы низкого уровня могут играть решающую роль в экологических нишах человека и, возможно, оказали глубокое влияние на формирование микроокружения с течением времени, обеспечив почти неиссякаемый источник геномных инноваций, и могут иметь потенциал стать основной частью. в ответ на изменение условий окружающей среды [7], [35], [38]–[40].

    В текущем исследовании мы обнаружили, что набор 15 родов сильно отличался между группами, страдающими раком гортани, и контрольной группой, и может быть связан с карциномой гортани. Например, Fusobacterium и Prevotella были более распространены в популяции больных раком гортани. Наоборот, Streptococcus был более распространен в контрольной слизистой оболочке гортани.

    Микробиота может оказывать глубокое влияние на многие аспекты физиологии хозяина, такие как активация иммунной системы [41], [42], регулирование метаболизма [31], [41] и развитие рака [43].Сообщается, что измененный микробный состав и индуцированная экспансия микроорганизмов с генотоксичными способностями могут способствовать онкогенезу в кишечнике мышей [43], [44]. Широко признано, что переход от нормального эпителия к карциноме гортани является длительным, всеобъемлющим и многостадийным процессом [45]. Существуют многочисленные сложные взаимодействия между микробиотой и инициацией и прогрессированием карциномы, например, через передачу сигналов Toll-подобных рецепторов [46].

    Мы предположили, что микробиота и заболевание могут взаимодействовать как причина и следствие на разных стадиях заболевания.Некоторые бактерии могут в качестве патогенеза индуцировать микроокружение глотки в первую очередь к состоянию дисбактериоза. Предполагается, что Fusobacterium и Prevotella инициируют образование биопленок и стимулируют цитокины/хемокины, способствующие развитию заболевания [47], [48]. Однако Streptococcus может играть антагонистическую роль, воздействуя на Fusobacterium и Prevotella посредством энергетического метаболизма и переноса питательных веществ, таких как фосфоенолпируват-зависимая фосфотрансферазная система [49].В нише биопленки эти микроорганизмы сосуществуют, действуя как синергетически, так и конкурентно [7], [11]. Эти сложные взаимодействия, включающие прикрепление, пополнение, созревание и отделение, могут происходить в этих сообществах [49]. Сообщалось, что ряд биопленок, по-видимому, ингибирует либо нормальный базовый уровень сообщения, базальный уровень трансляции и секреции, и/или деградацию различных медиаторов в этой модельной системе биопленки [47], [48]. Следовательно, нарушение микробной экологии полимикробными эффектами может быть необходимо для инициации заболевания.

    Кроме того, смещение бактериальных сообществ, вероятно, также является результатом заболевания на поздних стадиях опухоли. Prevotella была более распространена на стадиях T3 и T4 и опухолях более 2 см при LSCC. Prevotella и Fusobacterium являются анаэробами и высоко инфицированы у пациентов с солидным раком [50]. Солидные опухоли быстро растут и стимулируют ангиогенез, чтобы способствовать образованию новых кровеносных сосудов, но новообразованные сосуды не могут обеспечить адекватное количество кислорода для всех опухолевых клеток [51].Наконец, в опухолях образуются множественные области гипоксии и аноксии. Гипоксические и аноксические области часто находятся рядом с областями некроза и обеспечивают селективную и подходящую микросреду для роста анаэробных бактерий [50], [51]. Prevotella и Fusobacterium становятся все более многочисленными. Наконец, более распространенный процент Fusobacterium и Prevotella , вероятно, приводит к ухудшению микроэкологии, а затем способствует развитию и прогрессированию заболевания в горле.

    Для подтверждения этой гипотезы необходимы дальнейшие исследования.

    Выводы

    Мы обнаружили 218 родов из 13 типов в слизистой оболочке гортани, и эти микроорганизмы могут взаимодействовать в развитии и поддержании здорового гомеостаза в экологической нише гортани. Микробные структуры при раке гортани и контрольной группе значительно различались. Пятнадцать родов могут быть связаны с карциномой гортани. Сообщества бактерий и рак гортани, вероятно, взаимодействуют как причина и следствие на разных стадиях.Нарушение этой биоэкологической ниши может быть фактором риска рака гортани.

    Вспомогательная информация

    Рисунок S1.

    Оценка разнообразия и богатства бактериального сообщества слизистой оболочки гортани. Кривые разрежения опухоли LSCC (A), нормальной ткани, прилегающей к опухоли (B), и контрольных групп (C), созданные с уникальными, 1%, 3% и 5%, достигая уровня насыщения при уровне несходства 3%. . Были получены кривые Шеннона опухоли LSCC (D), нормальной ткани, прилегающей к опухоли (E), и контрольных групп (F).Вертикальная ось указывает разнообразие Шеннона, а горизонтальная ось показывает порядковый номер.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.s001

    (TIF)

    Рисунок S3.

    Процент детализации основных родов с каждым образцом гортани, который включал группу опухоли LSCC, нормальную ткань, прилегающую к группе опухоли, и контрольную группу. Каждый цвет представляет собой отдельный род, а каждая колонка представляет собой образец ткани гортани. Цветные полосы справа обозначают роды, обнаруженные в текущем исследовании.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.s003

    (TIF)

    Рисунок S4.

    Тепловая карта процента типов в гортани каждого человека. Полная кластеризация по сцеплению образцов трех групп (опухоль LSCC, нормальная ткань, прилегающая к опухоли, и контрольные группы) на основе типового состава и распространенности в сообществах. Каждая строка представляет собой отдельный тип, а каждый столбец представляет собой образец гортани. Цветовой ключ и цветовые полосы представлены в верхнем левом углу.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.s004

    (TIF)

    Рисунок S6.

    Коррелограмма каждого образца гортани. Коррелограмма была построена по составу и распространенности сообщества у пациентов с раком гортани и контрольной группы. Некоторые образцы, как правило, группировались в соответствии с группой рака или контрольным статусом. Цветовой ключ и цветовые полосы указаны в верхнем левом углу.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.s006

    (TIF)

    Рисунок S7.

    Тепловая карта обилия дивергентных родов у пациентов с раком гортани и контрольной группы. Состав и распространенность 15 родов значительно различались между группой рака гортани и контрольной группой, исследованной с помощью анализов PLS-DA, LOOCV и MANOVA. Цветовой ключ и цветовые полосы указаны в верхнем левом углу.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066476.s007

    (TIF)

    Благодарности

    Авторы благодарят проф.Ларри Дж. Форни и Ся Чжоу из Департамента биологических наук Университета Айдахо за их ценные предложения по этому исследованию.

    Вклад авторов

    Инициатор и проектировщик экспериментов: Ю.С. Л.З. Выполнял опыты: H-LG D-SH. Проанализированы данные: CX D-SH Y-ZW. Предоставленные реагенты/материалы/инструменты для анализа: C-PW P-YC LT. Написал газету: H-LG.

    Каталожные номера

    1. 1. Weinstock GM (2012)Геномные подходы к изучению микробиоты человека.Природа 489: 250–256.
    2. 2. Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R (2012)Разнообразие, стабильность и устойчивость микробиоты кишечника человека. Природа 489: 220–230.
    3. 3. Урселл Л.К., Меткалф Дж.Л., Парфри Л.В., Найт Р. (2012) Определение микробиома человека. Nutr Rev 70 Suppl 1S38–44.
    4. 4. Детлефсен Л., Макфолл-Нгай М., Релман Д.А. (2007) Экологический и эволюционный взгляд на мутуализм человека и микробов и болезни. Природа 449: 811–818.
    5. 5. Петерсон Дж., Гарджес С., Джованни М., Макиннес П., Ван Л. и др. (2009) Проект человеческого микробиома NIH. Геном рез. 19: 2317–2323.
    6. 6. Джеймс В.П., Гарза С. (2012) Резюме 24-го симпозиума Марабу: питание и микробиом человека. Nutr Rev 70 Suppl 1S87–94.
    7. 7. Уокер А (2007) Поздоровайтесь с нашими маленькими друзьями. Nat Rev Microbiol 5: 572–573.
    8. 8. Huse SM, Ye Y, Zhou Y, Fodor AA (2012)Основной человеческий микробиом с точки зрения кластеров последовательностей 16S рРНК.PLoS One 7: e34242
    9. 9. Widdicombe J, Kamath S (2004)Острый кашель у пожилых людей: этиология, диагностика и терапия. Наркотики Старение 21: 243–258.
    10. 10. Годдард А.Ф., Штаудингер Б.Дж., Дауд С.Е., Джоши-Датар А., Уолкотт Р.Д. и др. (2012)Прямой отбор проб легких при муковисцидозе указывает на то, что анализы образцов верхних дыхательных путей на основе ДНК могут искажать микробиоту легких. Proc Natl Acad Sci U S A 109: 13769–13774.
    11. 11. Костелло Э.К., Стагаман К., Детлефсен Л., Боханнан Б.Дж., Релман Д.А. (2012) Применение экологической теории для понимания микробиома человека.Наука 336: 1255–1262.
    12. 12. Parkin DM, Bray F, Ferlay J, Pisani P (2005) Global Cancer Statistics, 2002. CA Cancer J Clin 55: 74–108.
    13. 13. Rudolph E, Dyckhoff G, Becher H, Dietz A, Ramroth H (2011)Влияние стадии опухоли, сопутствующих заболеваний и терапии на выживаемость больных раком гортани: систематический обзор и метаанализ. Eur Arch Otorhinolaryngol 268: 165–179.
    14. 14. Гонг Х., Ши Ю., Чжоу Л., Тао Л., Ши Ю. и др. (2012) Инфекция Helicobacter pylori гортани может быть новым фактором риска развития плоскоклеточного рака гортани.Clin Transl Oncol 14: 905–910.
    15. 15. Marur S, D’Souza G, Westra WH, Forastiere AA (2010)Рак головы и шеи, связанный с ВПЧ: эпидемия рака, связанного с вирусом. Ланцет Онкол 11: https://doi.org/10.1016/S1470-2045(1010)70017-70016
    16. 16. Zhuo XL, Wang Y, Zhuo WL, Zhang XY (2008)Возможная связь инфекции Helicobacter pylori с риском рака гортани: научно обоснованный метаанализ. Arch Med Res 39: 625–628.
    17. 17. Sobin LH, Wittekind CH (2002) Международный союз по борьбе с раком (UICC): Классификация злокачественных опухолей по TNM: Wiley.
    18. 18. Томайко М.М., Рейнольдс С.П. (1989) Определение размера подкожной опухоли у бестимусных (голых) мышей. Рак Chemother Pharmacol 24: 148–154.
    19. 19. Айва С., Ланцен А., Кертис Т.П., Давенпорт Р.Дж., Холл Н. и др. (2009) Точное определение микробного разнообразия на основе 454 данных пиросеквенирования. Нат-методы 6: 639–641.
    20. 20. Schloss PD, Westcott SL, Ryabin T, Hall JR, Hartmann M, et al. (2009) Представляем mothur: открытое, независимое от платформы, поддерживаемое сообществом программное обеспечение для описания и сравнения микробных сообществ.Appl Environ Microbiol 75: 7537–4751.
    21. 21. Коул Дж. Р., Ван К., Карденас Э., Фиш Дж., Чай Б. и др. (2009) Проект базы данных рибосом: улучшенное выравнивание и новые инструменты для анализа рРНК. Рез. нуклеиновых кислот 37: D141–145.
    22. 22. Wang Q, Garrity GM, Tiedje JM, Cole JR (2007) Наивный байесовский классификатор для быстрого отнесения последовательностей рРНК к новой таксономии бактерий. Appl Environ Microbiol 73: 5261–5267.
    23. 23. Корен О., Спор А., Фелин Дж., Фок Ф., Стомбах Дж. и др.(2011)Микробиота ротовой полости, кишечника и бляшек человека у пациентов с атеросклерозом. Proc Natl Acad Sci USA 108: 4592–4598.
    24. 24. Bogaert D, Keijser B, Huse S, Rossen J, Veenhoven R, et al. (2011) Изменчивость и разнообразие микробиоты носоглотки у детей: метагеномный анализ. Плос один 6: e17035.
    25. 25. Yamanaka W, Takeshita T, Shibata Y, Matsuo K, Eshima N, et al. (2012) Композиционная стабильность популяции слюнных бактерий против изменения наддесневой микробиоты после периодонтальной терапии.PLoS One 7: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0042806
    26. 26. Лемон К.П., Клепак-Черай В., Шиффер Х.К., Броди Э.Л., Линч С.В. и др. (2010) Сравнительный анализ бактериальной микробиоты ноздрей и ротоглотки человека. МБио 1.
    27. 27. Прагман А.А., Ким Х.Б., Рейли С.С., Вендт С., Исааксон Р.Е. (2012)Микробиом легких при хронической обструктивной болезни легких средней и тяжелой степени. Плос 1 7: e47305.
    28. 28. Кунин В., Энгельбректсон А., Охман Х., Хугенхольц П. (2010) Морщины в редкой биосфере: ошибки пиросеквенирования могут привести к искусственному завышению оценок разнообразия.Environ Microbiol 12: 118–123.
    29. 29. Упадхьяй В., Поройко В., Ким Т.Дж., Девкота С., Фу С. и др. (2012) Лимфотоксин регулирует комменсальные реакции, чтобы способствовать ожирению, вызванному диетой. Нат Иммунол 13: 947–953.
    30. 30. Хэнд Д., Уоллис С., Кольер А., Пенн К.В. (2013) Пиросеквенирование фекальной микробиоты собак: широта и глубина биоразнообразия. Плос один 8: e53115.
    31. 31. Хашимото Т., Перло Т., Рехман А., Тришеро Дж., Исигуро Х. и др. (2012) ACE2 связывает недостаточность аминокислот с микробной экологией и воспалением кишечника.Природа 487: 477–481.
    32. 32. Яманака В., Такешита Т., Шибата Ю., Мацуо К., Эшима Н. и др. (2012)Стабильность состава слюнной бактериальной популяции к наддесневому сдвигу микробиоты после периодонтальной терапии. Плос 1 7: e42806.
    33. 33. Корен О., Спор А., Фелин Дж., Фак Ф., Стомбах Дж. и др. (2011)Микробиота ротовой полости, кишечника и бляшек человека у пациентов с атеросклерозом. Proc Natl Acad Sci U S A 108 Suppl 14592–4598.
    34. 34. Насидзе И., Ли Дж., Шредер Р., Кризи Дж. Л., Ли М. и др.(2011) Высокое разнообразие микробиома слюны пигмеев батва. Плос 1 6: e23352.
    35. 35. Ли Л., Сяо В.В., Нандакумар Р., Барбуто С.М., Монгодин Э.Ф. и соавт. (2010)Анализ эндодонтических инфекций с помощью пиросеквенирования с глубоким покрытием. Дж. Дент Рез. 89: 980–984.
    36. 36. Сантос А.Л., Сикейра Дж.Ф. младший, Рокас И.Н., Хесус Е.К., Росадо А.С. и др. (2011) Сравнение бактериального разнообразия острых и хронических инфекций корневых каналов зубов. Плос 1 6: e28088.
    37. 37. Siqueira JF Jr, Rocas IN, Debelian GJ, Carmo FL, Paiva SS, et al.(2008) Профилирование бактериальных сообществ корневых каналов, связанных с хроническим апикальным периодонтитом, у бразильских и норвежских субъектов. J Endod 34: 1457–1461.
    38. 38. Хьюз С.М., Детлефсен Л., Хубер Дж.А., Марк Уэлч Д., Релман Д.А. и соавт. (2008) Изучение микробного разнообразия и таксономии с использованием секвенирования гипервариабельной метки SSU рРНК. PLoS Genet 4: e1000255
    39. 39. Согин М.Л., Моррисон Х.Г., Хубер Дж.А., Марк Уэлч Д., Хьюз С.М. и соавт. (2006) Микробное разнообразие глубоководных районов и малоизученная «редкая биосфера».Proc Natl Acad Sci U S A 103: 12115–12120.
    40. 40. Zaura E, Keijser BJ, Huse SM, Crielaard W (2009) Определение здорового «основного микробиома» микробных сообществ полости рта. ВМС Микробиол 9: 259.
    41. 41. Кау А.Л., Ахерн П.П., Гриффин Н.В., Гудман А.Л., Гордон Дж.И. (2011)Питание человека, кишечный микробиом и иммунная система. Природа 474: 327–336.
    42. 42. Келли Д., Малдер И.Е. (2012)Микробиом и иммунологические взаимодействия. Nutr Rev 70 Suppl 1S18–30.
    43. 43. Артур Дж. К., Перес-Чанона Э., Мюльбауэр М., Томкович С., Уронис Дж. М. и соавт. (2012)Воспаление кишечника нацелено на канцерогенную активность микробиоты. Наука 338: 120–123.
    44. 44. Kahrstrom CT (2012) Бактериальный патогенез: E. coli претендует на роль движущей силы рака. Nat Rev Microbiol 10: 670.
    45. 45. Гейл Н., Майклс Л., Лузар Б., Поляк М., Зидар Н. и др. (2009) Текущий обзор плоскоклеточных интраэпителиальных поражений гортани.Гистопатология 54: 639–656.
    46. 46. Раунд Дж.Л., Ли С.М., Ли Дж., Тран Г., Джабри Б. и др. (2011) Путь Toll-подобного рецептора 2 устанавливает колонизацию комменсалом микробиоты человека. Наука 332: 974–977.
    47. 47. Пейяла Р., Киракоду С.С., Новак К.Ф., Эберсоле Дж.Л. (2012) Пероральная микробная биопленочная стимуляция ответов эпителиальных клеток. Цитокин 58: 65–72.
    48. 48. Пейяла Р., Киракоду С.С., Новак К.Ф., Эберсоле Дж.Л. (2013) Реакция эпителиальных клеток полости рта на многовидовые микробные биопленки.Джей Дент Рез.
    49. 49. Hendrickson EL, Wang T, Dickinson BC, Whitmore SE, Wright CJ, et al. (2012)Протеомика Streptococcus gordonii в рамках модели развития микробного сообщества полости рта. БМС Микробиол 12: 211.
    50. 50. Эль-Шариф А., Эльхатиб В.Ф., Ашур Х.М. (2012)Внутрибольничные инфекции у пациентов с лейкемией и солидными опухолями: распространение, исход и микробный спектр анаэробов. Будущая микробиология, декабрь: 1423–1429.
    51. 51. Тирандаз Х., Мохаммади Э. (2013)Эффективное нацеливание на опухоль анаэробными бактериями, продуцирующими бутират.Медицинские гипотезы 80: 675–678.

    Здоровье кишечника Pt. 2: Дисбактериоз и Candida

    На прошлой неделе мы говорили о важности сохранения и поддержания здоровья кишечника. Мы говорили о том, что это наш иммунитет номер один, и он взаимодействует со всем нашим телом. Но что происходит, когда возникает дисбаланс (дисбактериоз) и как его лечить?

    Как упоминалось на прошлой неделе, плохое питание этих резидентных микробов из-за стресса, плохого питания, использования антибиотиков и т.д.создает неравномерность в этих важных существах, а также множество симптомов. В этих условиях эти бактерии начинают меняться и уменьшаться в своем количестве и разнообразии. Условно-патогенные бактерии начинают приобретать все больше и больше недвижимости по мере того, как полезные бактерии вытесняются.

    Иногда антибиотики приносят нам некоторое облегчение, уменьшая количество нежелательных бактерий, но это длится недолго, пока условно-патогенные бактерии снова не возьмут верх и симптомы не исчезнут.На самом деле, поскольку антибиотики так широко используются, многие из этих бактерий устойчивы и даже не реагируют на них. Этот дисбактериоз может привести к тому, что называется дырявой кишкой, то есть повышенной проницаемостью кишечника. При негерметичной кишке вы не будете получать питание из пищи, а также другие симптомы, которые могут возникнуть (пищевая аллергия, усталость и т. Д.).

    Почему их так сложно убить?

    Иногда недостаточно просто принимать пробиотики или есть богатую пробиотиками пищу, чтобы убить эти плохие бактерии.Почему? Ну рост этих плохих бактерий требует работы, чтобы убить. С этими бактериями и кандидами ключом к действительному уничтожению этих трудных микробов является так называемая «биопленка». Биопленка подобна липкому клею, осадочному веществу, покрывающему организм. Она в основном является щитом для организма и не позволяет проникнуть в него. На эту часть организма никогда не обращают внимания, но она жизненно необходима для их полного устранения. Одной из самых сложных частей разрастания Candida является биопленка, потому что она может восстановиться в течение нескольких часов.

    Что такое Candida?

    Candida — это системный избыточный рост определенного типа организма, грибка, называемого Candida albicans. Сейчас этот организм естественным образом присутствует в нашем организме в небольших количествах, однако то, что мы уже упоминали ранее о сахаре, стрессе и антибиотиках, может привести к его чрезмерному росту. Большинство женщин и некоторые мужчины знакомы с дрожжевой инфекцией, и им назначают противогрибковые препараты, чтобы помочь «вылечить» ее. Проблема с ними в том, что они на самом деле не работают или работают, но не в долгосрочной перспективе.Они не убивают биопленку, поэтому могут возникать рецидивирующие инфекции, или их сдерживают пробиотиками, ожидая стрессового времени, неправильной диеты и т. Д. Кроме того, классические «кандидозные диеты» также никогда не работают в долгосрочной перспективе, потому что, как только вы прекращаете, они снова вырастают в течение нескольких дней, потому что биопленку никто не трогал.

    Тестирование на кандидоз также сложно, я обнаружил, что если он не обнаруживается в анализе кала, но вызывает у вас подозрения, он может обнаружиться в анализе крови. Я использую его с тестом на пищевую аллергию, но в этот момент он распространяется по всему телу.

    Кандида действительно распространена и имеет несколько симптомов в зависимости от тяжести и продолжительности жизни.

    Симптомы включают:

    ТАК, ЧТО ВЫ ЧУВСТВУЕТЕ

    Неспособность сосредоточиться, Плохая память, Мозговой туман, Раздражительность, Гнев, Головокружение, Депрессия, Приступы плача, Панические атаки, Низкое либидо, Постоянная сильная усталость, Гиперактивность, Тяга к сладкому и алкоголю, Бессонница, Плохая координация.

    ВАША ПИЩЕВАРИТЕЛЬНАЯ СИСТЕМА

    Кислотный рефлюкс, Вздутие живота, Метеоризм, Тошнота, Диарея, Запор, Спазмы желудка, Диспепсия, Отрыжка после еды, Слизь в стуле, Геморрой, Зуд заднего прохода.

    ВАША КОЖА

    Акне, кисты, крапивница, ночная потливость, псориаз, экзема, дерматит, грибковые инфекции ногтей и кожи, эпидермофития стопы, запах тела.

    ВАШ РОТ

    Молочница (белый налет на языке), Опухание нижней губы, Галитоз, Металлический привкус во рту, Неприятный запах изо рта, Язвы, Кровоточивость десен, Потрескавшийся язык.

    ВАША ДЫХАТЕЛЬНАЯ СИСТЕМА

    Постоянный кашель, Слизь в горле, Боль в горле, Заложенность носовых пазух, Хронический постназальный синдром, Гриппоподобные симптомы, Симптомы сенной лихорадки, Синусит, Астма.

    ВАШИ УШИ И ГЛАЗА

    Боль в глазах, Зуд в глазах, Чувствительность к свету, Затуманенное зрение, Мешки под глазами, Звон в ушах, Ушные инфекции.

    ВАША МОЧЕПОЛОВАЯ СИСТЕМА

    Рецидивирующие дрожжевые инфекции, Рецидивирующие ИМП (инфекции мочевыводящих путей), Цистит (воспаление мочевого пузыря), ПМС и нарушения менструального цикла, Грибковая сыпь.

    ВАША ИММУННАЯ СИСТЕМА

    Частые простуды и грипп, Аллергия, Чувствительность к пище, ароматизаторам и химическим веществам.Любые плохие микробы снижают вашу иммунную систему, поэтому вы всегда более подвержены инфекциям.

    ВАШ ВЕС

    Неспособность похудеть, Задержка воды, Потеря веса.

    ДРУГИЕ СИМПТОМЫ

    Головные боли, учащенное сердцебиение, хронические боли в теле и/или суставах, мышечные боли и скованность.

    Это может показаться многим из вас, и симптомы не следует путать с другими состояниями, но факт в том, что это действительно распространено у очень многих людей из-за нашего образа жизни.

    Как убить этих жуков и биопленку?

    Исправить эти ошибки непросто, процесс занимает месяцы, но если все сделать правильно, то в конечном итоге все получится. Процесс должен выполняться в системе кормления хороших бактерий, а затем переключения и уничтожения плохих бактерий/грибков. Это называется травка и корм. Обычно в будние дни вы кормите бактерии пробиотиками, антиоксидантами и пребиотиками, а в выходные принимаете разрушители биопленок, а также разрушители грибков, такие как орегано, мелалюция, другие травы и чеснок.Причина, по которой вы должны делать это таким образом, заключается в том, что если вы просто попытаетесь убить, убить, убить, вы ничего не добьетесь. Вы должны делать это медленно, потому что вы будете чувствовать себя довольно ужасно, убивая эти вещи, вы не захотите брать их снова. Кроме того, после этого должны быть хорошие бактерии, чтобы повторно заселить территорию, поэтому это должна быть система.

    Во время фазы прополки вы будете испытывать симптомы детоксикации, такие как повышенная утомляемость, головные боли и т. Д., Но этот процесс облегчает, и эти дни всегда можно сократить, если это слишком много для этого человека.

    Важно не сдаваться! Дисбактериозу можно помочь с помощью множества трав и добавок, но это долгий процесс. С точки зрения хиропрактики, боль в пояснице и боль седалищного типа также могут быть вызваны дисфункцией кишечника из-за ее связи с основными стабилизаторами мышц. Это все связано.

    Я надеюсь, что это помогло вам или вашим знакомым с подобными проблемами. Если у вас есть вопросы, не стесняйтесь спрашивать.

    Приятной недели!

    Дисбактериоз кишечной микробиоты при COVID-19 — JIR

    Введение

    Коронавирусная болезнь 2019 г. (COVID-19) — это инфекционное заболевание, вызываемое коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2), при этом большинство случаев COVID-19 имеют среднюю степень тяжести. 1 Наиболее частым клиническим проявлением у пациентов со средней степенью тяжести является лихорадка, 2 , которая является признаком инфекции и воспалительного заболевания и обычно вызывается секрецией медиаторов воспаления. По оценкам, распространенность лихорадки у взрослых пациентов с COVID-19 с симптомами составляет 79,43%, 3 что встречается реже, чем SARS (99–100%), 4 , но похоже на ближневосточный респираторный синдром (MERS) (77% , результат метаанализа). 5 Более того, несколько исследований показали, что наличие лихорадки было предиктором неблагоприятных исходов, включая госпитализацию в отделение интенсивной терапии (ОИТ) и внутрибольничную смертность, а также каждый 0.Повышение температуры тела на 5°С приводило к значительному увеличению смертности. 6,7 Однако у некоторых пациентов проявлялись только местные симптомы, такие как боль в горле 8 и диарея. 9–11 Поскольку кишечный тракт является крупнейшим иммунным органом, известно, что его резидентная микрофлора регулирует иммунные реакции хозяина. 12,13 Мы предполагаем, что наличие лихорадки может быть связано с иммунным статусом хозяина и воспалительной реакцией, опосредованной микробиотой кишечника.

    Цитокиновые бури играют решающую роль в патогенезе COVID-19, включая острый респираторный дистресс-синдром (ОРДС), синдром полиорганной дисфункции (СПОН) и даже смерть. 14–17 Микробиота кишечника оказывает множество эффектов на регуляцию иммунных реакций, способствуя выработке провоспалительных цитокинов, включая интерлейкин 6 (ИЛ-6), фактор некроза опухоли альфа (ФНО-α), интерферон гамма ( IFN-γ), способствуя образованию регуляторных CD4+ Т-клеток и приводя к диверсификации репертуара В-клеток и продукции Т-клеточно-зависимых и -независимых антител. 12,13,18 ИЛ-6 является одним из наиболее важных цитокинов в воспалительном шторме у пациентов с COVID-19, 15 между тем, он также является наиболее важным медиатором в индукции лихорадки. 19 Несколько исследований показали, что микробиота кишечника связана с тяжестью заболевания, а также с несколькими цитокинами и маркерами воспаления у пациентов с COVID-19. 20,21 Однако ни в одном исследовании не изучалась связь между микробиотой кишечника и лихорадкой у пациентов с COVID-19 средней степени тяжести.

    Здесь мы первоначально сравнили клинические особенности и иммунный статус пациентов с умеренным течением COVID-19 с лихорадкой и без лихорадки. Затем мы использовали метагеномное секвенирование дробовика, чтобы выявить различные профили кишечной микробиоты в двух группах.Наконец, мы применили метагеномное ассоциативное исследование (MWAS) для выявления кишечных микробов и микробных эпитопов (ME), которые могут играть потенциальную роль в возникновении воспаления и лихорадки.

    Материалы и методы

    Участники и сбор образцов

    Мы набрали 187 пациентов (≥18 лет) с подтвержденным умеренным COVID-19 (127 пациентов с лихорадкой и 60 пациентов без лихорадки) в период с января по март 2020 года. Пациенты с подтвержденным COVID-19 были определены как те, у кого был положительный результат на Нуклеиновая кислота COVID-19 с помощью анализа полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой в режиме реального времени (ОТ-ПЦР) из образцов мазка из зева. 22 Пациенты с COVID-19 со средней степенью тяжести были определены как имеющие лихорадку и/или респираторные симптомы и/или другие симптомы, а рентгенологические исследования выявили признаки пневмонии. 22 Демографические данные, сопутствующие заболевания, дата появления симптомов, симптомы и признаки, лабораторные анализы при поступлении, радиологические снимки и данные о лечении пациентов с COVID-19 были извлечены из электронных медицинских карт больницы Ухань Юнион. Образцы стула были собраны в течение 72 часов при поступлении у 31 из вышеперечисленных 187 пациентов с COVID-19 средней степени тяжести и немедленно отправлены в лабораторию для инактивации при 56°C в течение 30 минут, а затем немедленно отправлены в Уханьскую генную лабораторию Huada для выявления фекального SARS. -CoV-2 РНК и метагеномика.Исследование было одобрено Комитетом по этике больницы Ухань Юнион (2020–0149-02). Все участники подписали свое письменное информированное согласие перед участием, и это исследование проводилось в соответствии с Хельсинкской декларацией. Группу лихорадки определяли как пациентов с аксиллярной температурой выше 37,3°С, а группу без лихорадки составили пациенты с COVID-19 без лихорадки (≤37,3°С) в течение заболевания, в том числе до поступления. и госпитализации в этом исследовании.

    Обнаружение РНК SARS-CoV-2 в образцах фекалий

    РНК

    была извлечена из образцов фекалий и протестирована на наличие SARS-CoV-2 с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени с использованием ранее описанного протокола. 20

    Экстракция ДНК и секвенирование метагенома дробовиком

    ДНК микробного сообщества экстрагировали с использованием набора MagPure Stool DNA KF kit B (Magen, Китай) в соответствии с инструкциями производителя. ДНК количественно определяли на флуориметре Qubit с использованием набора Qubit dsDNA BR Assay (Invitrogen, США) и проверяли качество, пропуская аликвоту на 1% агарозном геле.1 мкг геномной ДНК был случайным образом фрагментирован с помощью Covaris. Отобранные фрагменты обрабатывали с помощью восстановления концов, 3′-аденилирования, лигирования адаптеров, ПЦР-амплификации, а продукты очищали до среднего размера 200–400 п.н. с помощью магнитных шариков. Двухцепочечные продукты ПЦР подвергали тепловой денатурации и циркуляризации с помощью последовательности шинированных олигонуклеотидов. Одноцепочечная кольцевая ДНК была отформатирована как окончательная библиотека и квалифицирована контролем качества. Квалифицированные библиотеки секвенировали на платформе MGI SEQ 2000 (BGI Shenzhen, Китай).Все необработанные последовательности были обрезаны программой Trimmomatic v0.36 с параметрами SLIDINGWINDOW:4:20 и MINLEN:70. Обрезанные чтения были сопоставлены с эталонным геномом GRCh48 с помощью Bowtie2 для идентификации и удаления прочтений, исходящих от хозяина. Для последующего анализа использовались высококачественные прочтения, не относящиеся к человеку. Профили микробного таксономического пути и метациклического пути были выведены с использованием MetaPhlAn v2.7.6 и HUMAnA2 соответственно. Таксономический и функциональный профили были нормализованы к относительной численности. Виды, встречающиеся в более чем 10% проб со средней численностью более 10 -5 , использовались для проведения дифференциального анализа численности и корреляционного анализа Спирмена.

    Анализ данных

    Для анализа клинических данных использовался статистический пакет SPSS 25.0 для Windows. Демографические данные и клинические характеристики сравнивались между группами с лихорадкой и без лихорадки. Медианные значения с межквартильным диапазоном (IQR) использовались для описания непрерывных переменных, а абсолютные или относительные частоты использовались для описания категориальных переменных. Мы использовали критерий Манна-Уитни U для анализа непрерывных переменных и критерий χ 2 или точный критерий Фишера для анализа дискретных переменных в двумерном анализе.Уровень значимости был установлен на уровне 0,05 (двусторонний).

    Разнообразие

    Chao1 и разнообразие индекса Шеннона были рассчитаны с использованием R-функции оценки веганского пакета, а бета-разнообразие было рассчитано с использованием расстояния Брея-Кертиса. На основании профилей численности признаки (типы, роды и виды) со значительными различиями в численности между группами были определены с использованием критерия суммы рангов Уилкоксона, значения P<0,05 считались значимыми. Мы применили анализ размера эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe) для выявления таксонов, отличающихся большим количеством у пациентов с лихорадкой и у пациентов без лихорадки.В этом методе сначала используется непараметрический факторный критерий сумм-рангов Краскела-Уоллиса для обнаружения признаков со значительным дифференциальным обилием, а затем используется линейный дискриминантный анализ (LDA) для расчета размера эффекта каждого признака. Чтобы определить корреляцию между таксономиями кишечной микробиоты и клиническими биомаркерами или ME, коэффициент ранговой корреляции Спирмена был рассчитан с использованием функций cor.test в R. Дифференциально обогащенные пути Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) были идентифицированы на основе репортерских оценок.Абсолютное значение репортерского балла 1,65 или выше использовалось в качестве порога обнаружения значимости.

    эталонных последовательности эпитопов были загружены из базы данных иммунных эпитопов (IEDB), и все высококачественные прочтения были сопоставлены с эталонной последовательностью с использованием BLAST с E-значением 10 -5 , и было сохранено только лучшее совпадение. Содержание каждого эпитопа в образце рассчитывали путем суммирования всех прочтений, выровненных с ним, а затем делили на общее количество прочтений/1 000 000.

    Результаты

    Демографические и клинические характеристики участников

    Всего в это исследование было включено 187 пациентов с COVID-19 со средней степенью тяжести (122 женщины и 65 мужчин), средний возраст которых составил 39 (IQR, 32–57) лет.Среди них 60 (32,1%) пациентов не имели лихорадки, а 127 (67,9%) пациентов имели лихорадку. По сравнению с пациентами без лихорадки, у пациентов с лихорадкой была более низкая доля симптомов мокроты, более высокая доля симптомов усталости и более короткое время от начала заболевания до первой госпитализации. Среди пациентов с лихорадкой лимфоциты, CD3+ Т-клетки, CD4+ Т-клетки и соотношение CD4+ Т-клеток к CD8+ Т-лимфоцитам были значительно ниже, в то время как аспартатаминотрансфераза (АСТ), лактатдегидрогеназа (ЛДГ), С-реактивный белок (СРБ), ИЛ -6 и интерлейкина 10 (ИЛ-10) были значительно выше.Демографические и клинические характеристики, а также результаты лабораторных исследований при поступлении 127 пациентов с лихорадкой и 60 пациентов без лихорадки представлены в таблицах 1 и 2.

    Таблица 1 Демографические и клинические характеристики 187 пациентов с умеренным течением COVID-19 при поступлении

    Таблица 2 Лабораторные результаты 187 пациентов с COVID-19 в состоянии средней тяжести при поступлении

    Образцы кала 31 человека (20 пациентов с лихорадкой и 11 пациентов без лихорадки) из вышеуказанных 187 пациентов со средней степенью тяжести были подвергнуты метагеномному секвенированию и выявлению фекальной РНК SARS-CoV-2 (1 образец кала на пациента).Было 4 пациента с фекалиями, положительными на SARS-CoV-2, и 27 пациентов с отрицательными фекалиями на SARS-CoV-2; кроме того, 4 пациента с положительными на SARS-CoV-2 фекалиями были в группе лихорадки. Существенных различий между двумя группами по полу, возрасту, симптомам, сопутствующим заболеваниям и т. д. не было. Демографические и клинические характеристики, а также результаты лабораторных исследований при поступлении 31 пациента представлены в таблице S1 и таблице S2 .

    Таксономические различия в микробиоте кишечника между пациентами с умеренным течением COVID-19 с лихорадкой и без лихорадки

    Чтобы исследовать состав и функцию кишечной микробиоты у пациентов с COVID-19 с умеренной степенью тяжести, мы провели метагеномное секвенирование образцов стула 31 пациента (их клиническая информация и статистика секвенирования подробно описаны в таблице S3 и таблице S4 ).Альфа-разнообразие, измеренное двумя разными методами, было ниже у пациентов с лихорадкой, чем у пациентов без лихорадки. Однако эти различия не были статистически значимыми на основе критерия суммы рангов Уилкоксона (Chao1, p = 0,055; Шеннон, p = 0,3) (рис. 1A). Расстояние Брея-Кертиса показало, что состав микробиоты кишечника различался между двумя группами (p<0,001) (рис. 1А). Затем мы сравнили состав кишечной микробиоты у пациентов с лихорадкой и без нее. На уровне типа относительная численность Bacteroidetes была намного ниже, в то время как численность Ascomycota была значительно выше в группе с лихорадкой (, таблица S5, ).На уровне рода относительная численность кишечной микробиоты также различалась между двумя группами (рис. 1B и , таблица S6 ), а результаты LEfSe (минимальная оценка LDA: 2,0) показали, что Saccharomyces и Enterococcus были значительно обогащены у пациентов с лихорадкой, тогда как Anaerostipes, Prevotella, Parabacteroides, Phascolarctobacterium, Eggerthella были обогащены у пациентов без лихорадки (рис. 2). На уровне видов анализ тепловой карты также показал, что состав микробиоты кишечника различается у пациентов с лихорадкой и без лихорадки (, таблица S7, и , рисунок S1, ).Эти результаты показывают, что условно-патогенные микроорганизмы были обогащены у пациентов с лихорадкой, в то время как бактерии, продуцирующие бутират Anaerostipes , были обогащены у пациентов без лихорадки.

    Рисунок 1 Результаты разнообразия и таксономии. ( A ) Богатство микробиоты кишечника (Chao 1) и разнообразие микробиоты кишечника (индекс Шеннона) существенно не различаются в микробиоте кишечника пациентов с лихорадкой и без лихорадки, а бета-разнообразие (расстояние Брея) показывает, что состав микробиоты кишечника отличается у пациентов с лихорадкой и без лихорадки.( B ) Гистограммы на уровне рода показывают различия в относительной численности кишечной микробиоты между двумя группами, ***p <0,001 по критерию суммы рангов Уилкоксона.

    Рисунок 2. Результаты линейного дискриминационного анализа (LDA) размера эффекта (LEfSe), сравнивающие пациентов с лихорадкой и без лихорадки. Гистограмма оценок LDA, рассчитанных для дифференциально распространенных родов между двумя группами. Показатели LDA (log10) > 2 представлены в виде списка.

    Корреляция между клиническими показателями и микробиотой кишечника

    Мы обнаружили значительно различающиеся виды в двух группах со средней относительной численностью >10 -5 (рис. 3А). У пациентов с лихорадкой было значительно обогащено пять видов видов, а именно Enterococcus faecalis, Citrobacter freundii, Citrobacter unclassified, Haemophilus parainfluenzae и Saccharomyces cerevisiae , а шесть видов были значительно обогащены у пациентов без лихорадки, а именно Bacteroides Cellulosilyticus. , Bacteroides fragilis, Bacteroides thetaiotaomicron, Bacteroides xylanisolvens, Eubacterium ramulus и Erysipelotrichaceaebacterium_6_1_45 (рис. 3A).Этот результат показывает, что у пациентов с лихорадкой значительно больше патогенов, но отсутствуют виды, продуцирующие бутират, что может привести к местной гиперактивации иммунитета и связано с гипервоспалением при лихорадке. Критерий ранговой корреляции Спирмена также показал, что значительное обогащение видов у пациентов с лихорадкой было связано с клиническими показателями. Например, S. cerevisiae положительно коррелировал с диареей (rho=0,55, p=0,001), а E. faecalis положительно коррелировал с ЛДГ (rho=0,001).54, p=0,002) и D-димера (rho=0,55, p=0,001) и отрицательно коррелирует с CD8+T-клетками (rho=-0,42, p=0,02) и интерлейкином 4 (IL-4) (rho=- 0,42, р = 0,02) (рис. 3В). Среди значительно обогащенных видов у пациентов без лихорадки E.bacterium_6_1_45 и B. fragilis положительно коррелировали с лимфоцитами (rho=0,50, p=0,004; rho=0,37, p=0,04 соответственно), а E. ramulus отрицательно коррелировал с ЛДГ (rho=-0,42, p=0,02), AST (rho=-0,38, p=0.03) и IL-6 (rho=-0,44, p=0,01) (рис. 3B). Таким образом, эти результаты свидетельствуют о том, что клинические показатели тесно связаны с дисбалансом кишечной микробиоты.

    Рисунок 3 Изменение состава микробиоты кишечника, связанное с клиническими показателями у пациентов с COVID-19 средней степени тяжести. ( A ) показаны дифференциальные виды со средней относительной численностью > 10 -5 у пациентов с лихорадкой и без нее.Виды, обогащенные у пациентов с лихорадкой и без нее, отмечены красным и синим цветом соответственно. Относительная численность показана с помощью диаграмм. Прямоугольники представляют межквартильные диапазоны, линии внутри прямоугольников обозначают медианы. ( B ) дифференциальные виды коррелируют с клиническими показателями у пациентов с COVID-19. Коэффициент ранговой корреляции Спирмена показан с помощью цветового градиента: красный цвет указывает на положительную корреляцию; фиолетовый цвет указывает на отрицательную корреляцию,*p<0,05.

    Микробиота кишечника у пациентов с лихорадкой имеет значительно больше эпитопов GroEL

    Мы предсказали составы МЭ в метагеномных последовательностях дробовика, чтобы обнаружить потенциальные МЭ, которые коррелируют с гипервоспалением у пациентов с лихорадкой.Чтобы определить специфические маркеры ME, которые отличают пациентов с лихорадкой от пациентов без лихорадки, мы провели дифференциальный анализ распространенности и обнаружили 27 дифференциальных ME (рис. 4A и , таблица S8 ). Интересно, что пять эпитопов, полученных из GroEL, были обогащены в группе лихорадки, то есть EVASKTADKAGDGTTTATVLAEAIYTEGLR, IAKLENPYILITDKKVSSIKDILPILEEIM, LPTLVLNKIRGTFNVVAVKAPGFGDRRKAM, DPVKVTRIALQNAVSVSSMLLTTEAVIYDV и VASKTADEAGDGTTTATVLAYGVFKEGLRN. Более того, некоторые из этих пяти эпитопов положительно коррелировали с IL-6, IL-10, лейкоцитами (WBC), нейтрофилами, CRP, D-димером и LDH (фиг. 4B).Сильная положительная корреляция между эпитопами GroEL и клиническими показателями показывает, что перекрестная активность микробиоты кишечника и хозяина может играть важную роль в обострении воспалительных реакций у пациентов с лихорадкой. Кроме того, все четыре из пяти эпитопов положительно коррелировали с E. faecalis (рис. 4C), относительное содержание которых было значительно выше у пациентов с лихорадкой.

    Рисунок 4 Микробные эпитопы кишечника (МЭ) у пациентов с COVID-19 средней степени тяжести.( A ) показаны различные эпитопы микробиоты кишечника у пациентов с COVID-19 средней степени тяжести с лихорадкой и без нее. ( B ) ME, обогащенные группой лихорадки, коррелируют с клиническими показателями. ( C ) ME, обогащенные лихорадкой, коррелируют с различными видами кишечной микробиоты. Коэффициент ранговой корреляции Спирмена показан с помощью цветового градиента: красный цвет указывает на положительную корреляцию; фиолетовый цвет указывает на отрицательную корреляцию,*p<0,05. Виды, обогащенные у пациентов с лихорадкой и без нее, отмечены красным и синим цветом соответственно.

    Функциональные изменения микробиоты кишечника у пациентов с COVID-19 с лихорадкой и без нее

    Мы изучили функциональные особенности микробиоты кишечника в двух группах, аннотировав каталог генов на основе пути KEGG. Были выявлены пути, различающиеся между пациентами с лихорадкой и без лихорадки с абсолютным значением репортерского балла> 1,65. Среди двух групп 95 путей KEGG значительно различались в двух группах. Пятьдесят шесть путей KEGG были обогащены у пациентов с лихорадкой ( Таблица S9 ), и 43 из 56 путей KEGG относятся к метаболизму, в основном включая углеводный обмен, метаболизм аминокислот, энергетический обмен, метаболизм кофакторов и витаминов и биосинтез гликанов. и метаболизм.Тридцать девять путей KEGG были обогащены у пациентов без лихорадки ( Таблица S10 ), 18 из 39 путей KEGG относятся к обработке генетической информации, в основном включая репликацию и репарацию, трансляцию, транскрипцию и фолдинг, сортировку и деградацию; 9 из 39 путей KEGG относятся к метаболизму, в основном, включая биосинтез и метаболизм гликанов и метаболизм липидов.

    Обсуждение

    Микробиота кишечника играет важную роль в прогрессировании COVID-19 посредством регуляции иммунных реакций.Zuo et al и Yeoh et al обнаружили, что состав кишечной микробиоты был изменен у пациентов с COVID-19 и был связан с уровнями SARS-CoV-2 в образцах фекалий, тяжестью заболевания, концентрациями в плазме нескольких цитокинов и маркеров воспаления. 20,21 Тем не менее, наше исследование является первым, в котором исследуется роль кишечной микробиоты и ее эпитопов у пациентов с умеренным течением COVID-19 с лихорадкой и без лихорадки с использованием метода полногеномной ассоциации. Насколько нам известно, это также первое клиническое исследование микробиоты кишечника пациентов с COVID-19 из города Ухань.Наше исследование выявило различия в клинических особенностях и воспалительных реакциях, а также специфические признаки фекальной микробиоты между пациентами с умеренным течением COVID-19 с лихорадкой и без лихорадки.

    Исследования показали, что микробиота кишечника играет определенную роль в патогенезе лихорадочных заболеваний, таких как семейная средиземноморская лихорадка 23 и брюшной тиф. 24 Однако в настоящее время неизвестно, влияет ли микробиота кишечника на наличие лихорадки у пациентов с COVID-19.С помощью MWAS мы обнаружили, что количество E. faecalis, C. freundii, C. unclassified, H. parainfluenzae и S. cerevisiae в кишечнике пациентов с COVID-19 с лихорадкой было значительно выше, чем у пациентов с COVID-19. 19 пациентов без лихорадки. Кроме того, E. faecalis положительно ассоциировался с ЛДГ и D-димером, а S. cerevisiae положительно коррелировал с диареей. Хорошо задокументировано, что E. faecalis вызывает серьезную проблему со здоровьем, и большинство пациентов, инфицированных этим патогеном, страдают от сильного воспаления и повреждения тканей. 25,26 Saccharomyces оказался наиболее распространенным грибковым родом в стуле человека, за ним следуют Malassezia и Candida . 27 Диарея может быть связана со снижением нормальной флоры или токсическим действием S. cerevisiae на стенку кишечника. 28 Исследования показали, что C. freundii, C. unclassified и H. parainfluenzae относятся к условно-патогенным микроорганизмам, вызывающим различные инфекции человека. 29–31 B. cellulosilyticus, B. fragilis, B. thetaiotaomicron, B. xylanisolvens, E. ramulus и E.bacterium_6_1_45 были значительно обогащены у пациентов с COVID-19 без лихорадки. Многочисленные исследования показали, что эти обогащенные виды у пациентов без лихорадки могут предотвращать инвазию патогенов за счет повышения функциональности слизистого барьера в кишечнике, увеличения продукции короткоцепочечных жирных кислот, стимулирования преимущественной дифференцировки противовоспалительных клеток Treg/Th3 и подавления относительную дифференцировку провоспалительных клеток Th2/Th27, тем самым снижая продукцию воспалительных цитокинов. 32–36

    Стоит отметить, что мы обнаружили, что пять МЭ (GroEL), обогащенных у пациентов с лихорадкой, положительно коррелировали с ИЛ-6, ИЛ-10, лейкоцитами, нейтрофилами и СРБ, а также с бактериями E. faecalis , обогащенными больных лихорадкой. Бактериальный GroEL является гомологом человеческого белка теплового шока 60 (HSP60) и может вызывать различные перекрестные иммунные реакции в организме человека. 37,38 Связь между ПШГ и лихорадкой неразрывна. Kol et al. 39 показали, что HSP60 может стимулировать секрецию TNF-α макрофагами, а также может стимулировать эндотелиальные клетки, гладкомышечные клетки и макрофаги к продукции факторов адгезии и провоспалительных цитокинов, включая интерлейкин 11 (IL-11), интерлейкин 8 ( ИЛ-8), интерлейкин 12 (ИЛ-12) и ИЛ-6, который является наиболее важным медиатором индукции лихорадки. 19 Цитокин IL-6 высвобождается при периферической иммунной нагрузке и стимулирует выработку пирогенных веществ, которые имеют решающее значение для лихорадочной реакции. 40 С другой стороны, это также может быть напрямую связано с различными иммунными реакциями у пациентов с лихорадкой и без нее. Основываясь на приведенных выше результатах, мы считаем, что микробиота кишечника играет роль в индукции и прогрессировании лихорадки у пациентов с COVID-19, и выдвигаем гипотезу, что лихорадка у пациентов с COVID-19 может быть частично вызвана увеличением количества условно-патогенных микроорганизмов в кишечнике, которые может стимулировать наш организм к секреции воспалительных цитокинов, таких как IL-6.И наоборот, отсутствие лихорадки у пациентов с COVID-19 может быть связано с более высоким содержанием противовоспалительных бактерий в кишечнике. И дальнейший механизм может заключаться в том, что Enterococcus faecalis GroEL влияет на индукцию лихорадки, стимулируя продукцию IL-6. Однако эта гипотеза нуждается в проверке.

    Предыдущие исследования показали, что лихорадка является предиктором плохого прогноза у пациентов с COVID-19. 6,7,41 В нашем исследовании все пациенты, включенные в исследование, являются пациентами со средней размер выборки и состав различных регионов и групп населения.Однако впоследствии мы наблюдали 55 из 187 пациентов, указанных выше, через три месяца после выписки и обнаружили, что у пациентов с COVID-19 с лихорадкой в ​​острой фазе через три месяца после выписки наблюдалась более высокая доля стойких симптомов, особенно миалгии, что было значительным. разница в двух группах (54,5% против 9,1%, р = 0,018) (неопубликованные данные). Эти данные свидетельствуют о том, что у пациентов с лихорадкой в ​​острой фазе более вероятны стойкие симптомы на более поздних стадиях, что может быть связано с измененной микробиотой кишечника.Что касается лихорадки, иммунного ответа и кишечной микробиоты, их причинно-следственная связь и механизмы взаимодействия нуждаются в дальнейшем изучении.

    Наше исследование имело несколько ограничений. Во-первых, мы провели только метагеномное исследование образцов стула. В сочетании с метаболомикой, транскриптомикой и протеомикой мы можем еще больше углубить наше понимание механизма лихорадки у пациентов с умеренным течением COVID-19. Во-вторых, образ жизни и диета могут дополнительно влиять на состав микробиоты кишечника. У нас не было информации об образе жизни, но у всех пациентов была одинаковая диета во время госпитализации, потому что их питание было предоставлено рестораном больницы Ухань Юнион.В-третьих, образцы стула были собраны после того, как все пациенты получили лечение антибиотиками, которые могли повлиять на кишечную флору, к счастью, все пациенты использовали одни и те же антибиотики (моксифлоксацин). Другими словами, видовое сравнение пациентов с COVID-19 с лихорадкой и без лихорадки проводилось на одном и том же фоне. В-четвертых, мы собрали только один образец стула у каждого пациента в течение 72 часов при поступлении и не собирали образцы стула в разные моменты времени в течение болезни.В настоящее время мы анализируем микробиоту кишечника пациентов после выписки, чтобы изучить динамические изменения микробиоты кишечника и долгосрочное влияние на пациентов с COVID-19.

    Выводы

    Наше исследование показало, что несколько условно-патогенных микроорганизмов были значительно обогащены у пациентов с лихорадкой, в то время как полезные бактерии, обладающие противовоспалительным действием и защищающие барьер слизистой оболочки кишечника, были значительно обогащены у пациентов без лихорадки. Кишечные МЭ GroEL обогащены у пациентов с лихорадкой и имеют сильную корреляцию с маркерами воспаления, что указывает на их потенциальную роль в моделировании продукции медиаторов воспаления и вызывании лихорадки.Наше исследование, вместе с предыдущими исследованиями, предполагает, что дисбиоз кишечной микробиоты коррелирует с аномальным иммунным ответом у пациентов с умеренным течением COVID-19 с лихорадкой, а кишечная микробиота может играть важную роль в иммунном статусе и воспалительной реакции у пациентов с COVID-19.

    Сокращения

    COVID-19, коронавирусная болезнь 2019 г.; SARS-CoV-2, коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома 2; MERS, ближневосточный респираторный синдром; ICU, отделение интенсивной терапии; ОРДС, острый респираторный дистресс-синдром; MODS, синдром полиорганной дисфункции; ИЛ-6, интерлейкин 6; TNF-α, фактор некроза опухоли альфа; IFN-r, гамма-интерферон; MWAS, метагеномное ассоциативное исследование; МЭ, микробные эпитопы; ОТ-ПЦР, полимеразная цепная реакция с обратной транскриптазой в режиме реального времени; IQR, межквартильный размах; LEfSe — размер эффекта линейного дискриминантного анализа; LDA, линейный дискриминантный анализ; KEGG, Киотская энциклопедия генов и геномов; IEDB, база данных иммунных эпитопов; АСТ, аспартатаминотрансфераза; ЛДГ, лактатдегидрогеназа; СРБ, С-реактивный белок; ИЛ-10, интерлейкин 10; ИЛ-4, интерлейкин 4; WBC, лейкоциты; HSP60, белок теплового шока 60; ИЛ-11, интерлейкин 11; ИЛ-8, интерлейкин 8; ИЛ-12, интерлейкин 12.

    Заявление об обмене данными

    Все данные, полученные или проанализированные в ходе этого исследования, включены в эту опубликованную статью и ее дополнительный файл.

    Одобрение этики и информированное согласие

    Исследование было одобрено Комитетом по этике больницы Ухань Юнион (2020-0149-02). Все участники подписали свое письменное информированное согласие перед участием, и это исследование проводилось в соответствии с Хельсинкской декларацией.

    Благодарности

    Это исследование выражает благодарность пациентам, участвовавшим в исследовании.

    Финансирование

    Работа выполнена при поддержке фондов фундаментальных исследований центральных университетов (№ 2020kfyXGYJ034) и (№ 2020kfyXGYJ100).

    Раскрытие информации

    Авторы сообщают об отсутствии конфликта интересов в этой работе.

    Ссылки

    1. Ву З., МакГуган Дж.М. Характеристики и важные уроки вспышки коронавирусной болезни 2019 г. (COVID-19) в Китае: краткое изложение отчета о 72 314 случаях из Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний. ЯМА . 2020;323(13):1239–1242. дои: 10.1001/jama.2020.2648

    2. Чен С.Л., Фэн Х.И., Сюй Х. и др. Характер ухудшения состояния пациентов с COVID-19 со средней степенью тяжести с января 2020 г. по март 2020 г.: многоцентровое ретроспективное когортное исследование в Китае. Front Med (Лозанна) . 2020;7:567296. doi:10.3389/fmed.2020.567296

    3. Ислам М.А., Кунду С., Алам С.С., Хоссан Т., Камаль М.А., Хассан Р. Распространенность и характеристики лихорадки у взрослых и детей с коронавирусной болезнью 2019 г. (COVID-19): систематический обзор и метаанализ 17515 пациенты. PLoS Один . 2021;16(4):e0249788. doi:10.1371/journal.pone.0249788

    4. Hui DSC, Zumla A. Тяжелый острый респираторный синдром: исторические, эпидемиологические и клинические особенности. Заразить Dis Clin North Am . 2019;33(4):869–889. doi:10.1016/j.idc.2019.07.001

    5. Бадави А., Рю С.Г. Распространенность сопутствующих заболеваний при коронавирусе ближневосточного респираторного синдрома (БВРС-КоВ): систематический обзор и метаанализ. Int J Infect Dis . 2016;49:129–133.doi:10.1016/j.ijid.2016.06.015

    6. Ws Chew N, Nicholas Ngiam J, Meng Tham S, et al. Лихорадка как предиктор неблагоприятных исходов при COVID-19. QJM . 2021. doi:10.1093/qjmed/hcab023

    7. Таракан С., Номото К., Мияшита С., Исикава К. Температура тела коррелирует со смертностью у пациентов с COVID-19. Критическая помощь . 2020;24(1):298. doi:10.1186/s13054-020-03045-8

    8. Shu L, Wang X, Li M, et al. Клинические характеристики обострения у пациентов с COVID-19 средней степени тяжести в больнице кабины стадиона Ухань: 571 случай ретроспективного когортного исследования. Дж Мед Вирол . 2021;93(2):1133–1140. дои: 10.1002/jmv.26414

    9. Вонг С.Х., Луи Р.Н., Сун Дж.Дж. Covid-19 и пищеварительная система. J Гастроэнтерол Гепатол . 2020;35(5):744–748. doi:10.1111/jgh.15047

    10. Хан С., Дуань С., Чжан С. и др. Пищеварительные симптомы у пациентов с COVID-19 с легкой степенью тяжести заболевания: клиническая картина, анализ стула на вирусную РНК и результаты. Am J Гастроэнтерол . 2020;115(6):916–923. doi:10.14309/ajg.00000000000000664

    11.Ма С, Конг И, Чжан Х. COVID-19 и пищеварительная система. Am J Гастроэнтерол . 2020;115(7):1003–1006. дои: 10.14309/ajg.0000000000000691

    12. Ширмер М., Смикенс С.П., Вламакис Х. и соавт. Связывание микробиома кишечника человека с способностью вырабатывать воспалительные цитокины. Сотовый . 2016;167(4):1125–1136 e1128. doi:10.1016/j.cell.2016.10.020

    13. Белкаид Ю., Хэнд Т.В. Роль микробиоты в иммунитете и воспалении. Сотовый . 2014;157(1):121–141.doi:10.1016/j.cell.2014.03.011

    14. Махмудпур М., Рузбех Дж., Кешаварз М., Фаррохи С., Набипур И. Цитокиновый шторм COVID-19: гнев воспаления. Цитокин . 2020;133:155151. doi:10.1016/j.cyto.2020.155151

    15. Аббасифард М., Хоррамделазад Х. Био-миссия интерлейкина-6 в патогенезе COVID-19: краткий обзор потенциальной терапевтической тактики. Науки о жизни . 2020;257:118097. doi:10.1016/j.lfs.2020.118097

    16. Фатхи Н., Резаи Н.Лимфопения при COVID-19: терапевтические возможности. Cell Biol Int . 2020;44(9):1792–1797. doi:10.1002/cbin.11403

    17. Мур Дж. Б., июнь СН. Синдром высвобождения цитокинов при тяжелом течении COVID-19. Наука . 2020;368(6490):473–474. doi:10.1126/science.abb8925

    18. Ширмер М., Кумар В., Нетеа М.Г., Ксавье Р.Дж. Причины и последствия изменения продукции цитокинов у человека в норме. Карр Опин Иммунол . 2018;54:50–58. doi:10.1016/j.coi.2018.05.012

    19.Эванс С.С., Репаски Э.А., Фишер Д.Т. Лихорадка и терморегуляция иммунитета: иммунная система чувствует жар. Нат Рев Иммунол . 2015;15(6):335–349. дои: 10.1038/nri3843

    20. Zuo T, Zhang F, Lui GCY, et al. Изменения микробиоты кишечника пациентов с COVID-19 во время госпитализации. Гастроэнтерология . 2020;159(3):944–955 e948. doi:10.1053/j.gastro.2020.05.048

    21. Yeoh YK, Zuo T, Lui GC, et al. Состав кишечной микробиоты отражает тяжесть заболевания и дисфункциональные иммунные реакции у пациентов с COVID-19. Гут . 2021;70(4):698–706. doi:10.1136/gutjnl-2020-323020

    22. Национальная комиссия здравоохранения Китайской Народной Республики. Китайское клиническое руководство по диагностике и лечению пневмонии COVID-19 (7-е издание). Доступно по адресу: http://www.nhc.gov.cn/jkj/s3577/202009/318683cbfaee4191aee29cd774b19d8d/files/f9ea38ce2c2d4352bf61ab0feada439f.pdf. По состоянию на 14 мая 2021 г.

    23. Di Ciaula A, Stella A, Bonfrate L, Wang DQH, Portincasa P. Микробиота кишечника между окружающей средой и генетическим фоном при семейной средиземноморской лихорадке (FMF). Гены (Базель) . 2020;11:9. doi:10.3390/genes110

    24. Haak BW, de Jong HK, Kostidis S, et al. Измененные закономерности композиционного и функционального нарушения микробиоты кишечника при брюшном тифе и нетифозных лихорадочных заболеваниях. Открытый форум заражает Dis . 2020;7(7):ofaa251. doi:10.1093/ofid/ofaa251

    25. Shehab El-Din EMR, Elgaml A, Ali YM, Hassan R. Ингибирование классического пути активации комплемента ухудшает бактериальный клиренс при инфекции Enterococcus faecalis. Заразить Иммуном . 2021. doi:10.1128/IAI.00660-20

    26. Ran S, Huang J, Liu B, Gu S, Jiang W, Liang J. Enterococcus Faecalis активирует инфламмасомы NLRP3, что приводит к увеличению секреции бета-интерлейкина-1 и пироптозу макрофагов THP-1. Микроб Патог . 2021;154:104761. doi:10.1016/j.micpath.2021.104761

    27. Nash AK, Auchtung TA, Wong MC, et al. Кишечный микобиом микробиома человека проектирует здоровую когорту. Микробиом . 2017;5(1):153.дои: 10.1186/s40168-017-0373-4

    28. Candelli M, Nista EC, Nestola M, et al. Saccharomyces cerevisiae-ассоциированная диарея у иммунокомпетентного пациента с язвенным колитом. Дж Клин Гастроэнтерол . 2003;36(1):39–40. дои: 10.1097/00004836-200301000-00012

    29. Liu L, Song L, Deng R, et al. Citrobacter freundii активирует инфламмасому NLRP3 через T6SS. J Заразить Dis . 2020. Дои: 10.1093/infdis/jiaa692

    30. Sierra Y, Gonzalez-Diaz A, Tubau F, et al.Возникновение множественной лекарственной устойчивости среди Haemophilus parainfluenzae из респираторных и урогенитальных образцов в Барселоне, Испания. Eur J Clin Microbiol Infect Dis . 2020;39(4):703–710. doi: 10.1007/s10096-019-03774-x

    31. Xiaomin S, Yiming L, Yuying Y, Zhangqi S, Yongning W, Shaolin W. Глобальное влияние mcr-1-положительных бактерий Enterobacteriaceae на «одно здоровье». Crit Rev Microbiol . 2020;46(5):565–577. дои: 10.1080/1040841X.2020.1812510

    32. Sofi MH, Wu Y, Ticer T, et al.Один штамм Bacteroides fragilis защищает целостность кишечника и снижает РТПХ. JCI Insight . 2021;6(3). doi:10.1172/jci.insight.136841.

    33. Li K, Hao Z, Du J, Gao Y, Yang S, Zhou Y. Bacteroides thetaiotaomicron снимает воспаление толстой кишки, активируя арильные углеводородные рецепторы и модулируя гомеостаз CD4(+)T-клеток. Int Immunopharmacol . 2021;90:107183. doi:10.1016/j.intimp.2020.107183

    34. Родригес-Кастано Г.П., Доррис М.Р., Лю Х, Боллинг Б.В., Акоста-Гонсалес А., Рей Ф.Е.Утилизация крахмала Bacteroides thetaiotaomicron способствует деградации кверцетина и продукции бутирата эубактериями ramulus. Передний микробиол . 2019;10:1145. doi:10.3389/fmicb.2019.01145

    35. Ulsemer P, Toutounian K, Schmidt J, Karsten U, Goletz S. Предварительная оценка безопасности нового изолята Bacteroides xylanisolvens. Appl Environ Microbiol . 2012;78(2):528–535. doi: 10.1128/AEM.06641-11

    36. Wang Y, Shao S, Guo C, Zhang S, Li M, Ding K. Гомогенный полисахарид SY01-23, очищенный из листьев Morus alba L.обладает биологической активностью в отношении Bacteroides ovatus и Bacteroides Cellulosiliticus кишечника человека. Int J Biol Macromol . 2020; 158: 698–707. doi:10.1016/j.ijbiomac.2020.05.009

    37. Ricci C, Ortore MG, Vilasi S, et al. Стабильность и свойства разборки человеческого наивного Hsp60 и бактериальных шаперонинов GroEL. Биофиз Хим . 2016;208:68–75. doi:10.1016/j.bpc.2015.07.006

    38. Elfaitouri A, Herrmann B, Bolin-Wiener A, et al. Эпитопы микробного и человеческого белка теплового шока 60 и их распознавание при миалгическом энцефаломиелите. PLoS Один . 2013;8(11):e81155. doi:10.1371/journal.pone.0081155

    39. Kol A, Bourcier T, Lichtman AH, Libby P. Chlamydial и человеческий белок теплового шока 60 активируют эндотелий сосудов человека, гладкомышечные клетки и макрофаги. Дж Клин Инвест . 1999;103(4):571–577. дои: 10.1172/JCI5310

    40. Eskilsson A, Mirrasekian E, Dufour S, Schwaninger M, Engblom D, Blomqvist A. Иммуноиндуцированная лихорадка опосредуется рецепторами IL-6 на эндотелиальных клетках головного мозга, связанными со STAT3-зависимой индукцией эндотелиального синтеза простагландинов головного мозга. Дж Нейроски . 2014;34(48):15957–15961. doi:10.1523/JNEUROSCI.3520-14.2014

    41. Choron RL, Butts CA, Bargoud C, et al. Лихорадка в отделении интенсивной терапии: предиктор смертности у пациентов с COVID-19, находящихся на механической вентиляции. J Интенсивная терапия Med . 2021;36(4):484–493. дои: 10.1177/0885066620979622

    Текущие знания и аспекты, требующие уточнения

    Авторские права © Автор(ы), 2019. Опубликовано Baishideng Publishing Group Inc. Все права защищены.

    Ингибиторы протонной помпы и дисбактериоз: современные знания и аспекты, требующие уточнения

    Джованни Бруно, Пьера Заккари, Джулия Рокко, Джулия Скалезе, Кристина Панетта, Барбара Поровска, Стефано Понтоне, Карола Севери

    Giovanni Bruno, Piera Zaccari, Giulia Rocco, Giulia Scalese, Carola Severi, Кафедра внутренних болезней и медицинских специальностей, отделение гастроэнтерологии, Римский университет Сапиенца, Рим 00161, Италия

    Cristina Panetta, Stefano Pontone, Кафедра Хирургические науки, Римский университет Сапиенца, Рим 00161, Италия

    Барбара Поровска, Кафедра сердечно-торакальной, сосудистой хирургии и трансплантации, Римский университет Сапиенца, Рим 00161, Италия

    Вклад авторов : Бруно Г., Заккари П. и Рокко Г. выполнили поиск литературы и написали рукопись; Поровска Б. критически отредактировала рукопись; Scalese G и Panetta C разработали и создали фигурки; Понтоне С. и Севери С. обеспечили научное руководство и в равной степени внесли свой вклад в рукопись в качестве старших авторов; все авторы пересмотрели и одобрили окончательную версию этой статьи.

    Заявление о конфликте интересов : Потенциальные конфликты интересов отсутствуют.

    Открытый доступ : Эта статья находится в открытом доступе, она была выбрана штатным редактором и полностью проверена внешними рецензентами. Он распространяется в соответствии с некоммерческой лицензией Creative Commons Attribution (CC BY-NC 4.0), которая позволяет другим распространять, микшировать, адаптировать, использовать эту работу в некоммерческих целях и лицензировать свои производные работы на других условиях при условии, что оригинальная работа правильно цитируется и используется в некоммерческих целях.См.: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

    Автор, ответственный за переписку : Стефано Понтоне, доктор медицинских наук, доцент кафедры хирургии Римского университета Сапиенца, V.le Regina Елена 324, Рим 00161, Италия. [email protected]

    Телефон : +39-06-49975503

    Поступила:

    Поступило: 12 марта 2019 г.
    Peer-Review началось : 13 марта 2019 г.
    Первое решение : 27 марта 2019
    Re Пересмотрено: 2 апреля 2019 г.
    Принято: апреля 19 апреля 2019 г.
    Статья в прессе : 20 апреля 2019 г.
    Опубликовано онлайн: 14 июня 2019 г.


    ВВЕДЕНИЕ

    Ингибиторы протонной помпы (ИПП) являются кислотоподавляющими средствами и являются одними из наиболее широко используемых и чрезмерно используемых препаратов в мире[1].ИПП являются препаратами первого выбора для лечения кислотозависимых заболеваний, таких как кровотечения, пептические язвы, гастроэзофагеальный рефлюкс, эрозивный эзофагит (ERD) и некоторые подтипы диспепсии [2-5]. Использование ИПП, как правило, хорошо переносится, хотя их длительное применение подвергает пациентов повышенному риску развития внекишечных расстройств [6-8], вероятно, из-за вызванной ИПП желудочной гипохлоргидрии, которая также может вызывать значительные изменения. в составе микробиоты кишечника [9-11] (рис. 1). Микробиота кишечника играет ключевую роль в метаболических, пищевых, физиологических, защитных и иммунологических процессах в организме человека, и ее состав тесно связан со здоровьем людей и болезнями, которые они испытывают [12,13].Изменения в этом микробном равновесии, то есть дисбиоз, могут способствовать и влиять на течение многих кишечных и внекишечных заболеваний [14-16]. Влияние ИПП на состав кишечной микробиоты в настоящее время является популярной темой, и за прошедшие годы было опубликовано несколько интересных рукописей, расширяющих знания в этой области [17-20].

    Рисунок 1 Распределение основных семейств бактерий в микробиоте человека в физиологических условиях и при лечении ингибиторами протонной помпы. На этом рисунке показано влияние лечения ингибитором протонной помпы (ИПП) на состав семейств кишечной микробиоты. В левой части рисунка показаны основные семейства бактерий в нормальных физиологических условиях; в правой части рисунка показано увеличение (↑) и уменьшение (↓) бактериальных семейств, присутствующих в микробиоте кишечника во время лечения ИПП. ИПП: ингибитор протонной помпы.

    Цель настоящего обзора — обобщить последние данные о влиянии ИПП на микробиоту кишечника, сосредоточив внимание на различных областях желудочно-кишечного тракта (ЖКТ), и обсудить возможную роль ассоциированного дисбактериоза в патогенезе несколько расстройств ЖКТ.При этом это исследование направлено на то, чтобы лучше понять, как ИПП могут изменить гомеостаз человека из-за дисбаланса кишечной микробиоты.

    ПОЛОСТЬ РТА

    Несмотря на постоянное занесение различных бактерий из внешней среды человека, микробиота полости рта остается менее изменчивой по сравнению с другими областями желудочно-кишечного тракта. Он в основном состоит из Firmicutes и Bacteroidetes, а также Actino-bacteria, Proteobacteria и Fusobacteria [21]. Что касается родов, наиболее распространенными являются Streptococcus, Neisseria, Prevotella, Gemella, Granulicatella и Veillonella [22,23].Микробиота полости рта помогает обогащать и формировать бактериальные сообщества кишечника за счет постоянного притока пищи и слюны [24-26]. Сообщалось, что воспалительные заболевания, такие как гингивит и пародонтит, которые вызывают сдвиг в составе микробного сообщества ротовой полости, могут способствовать выработке токсичных и канцерогенных метаболитов, цитолитических ферментов и липополисахарида (ЛПС) патогенного происхождения ротовой полости, которые способны для колонизации внеротовых участков из-за транзиторной бактериемии [27-29].Сообщается, что распространение таких токсичных соединений способствует развитию многих желудочно-кишечных заболеваний, включая синдром раздраженного кишечника (СРК), воспалительные заболевания кишечника (ВЗК) и рак [30-33].

    В настоящее время представлено мало данных о взаимосвязи между использованием ИПП и составом микробиоты полости рта. Одно исследование показало, что у здоровых добровольцев четырехнедельный прием ИПП эзомепразола вызывал увеличение Fusobacterium и Leptotrichia в пародонтальном кармане, что ассоциировалось со снижением Neisseria и Veillonella в слюне и параллельным увеличение Streptococcus в образцах фекалий; это говорит о том, что ИПП могут вызывать изменения микробиоты как полости рта, так и кишечника [34].На основании этих данных полость рта может представлять собой потенциальный источник информации о микробиоте, связанной с оральными и неротовыми расстройствами; это также может быть важным индикатором дисбактериоза в других областях желудочно-кишечного тракта.

    ПИЩЕВОД

    Пищевод имеет отчетливую микробиоту с относительно стабильным бактериальным составом окружающей среды; он не просто содержит транзиторную микробную популяцию, происходящую при глотании (, т. е. ., из полости рта) или рефлюксе ( i.е ., из желудка). Дистальный тракт в основном колонизирован Firmicutes, за которым следуют Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria и Fusobacteria, причем наиболее представлены роды Streptococcus , за которыми следуют Prevotella и Veillonella [35]. На основании различий в пропорции родов в пищеводе были идентифицированы два типа микробиоты: тип I, присутствующий у здоровых людей, характеризуется преобладанием грамположительных таксонов (особенно Streptococcus ), тогда как тип II, ассоциированный с ЭРБ и пищеводом Барретта (ПБ), характеризуется преобладанием грамотрицательных таксонов, в том числе Veillonella, Prevotella, Haemophilus, Neisseria, Rothia, Granulicatella, Campylobacter, Porphyromonas, Fusobacterium и Actinomyces , с относительным снижением в обилии стрептококков [36,37].Вполне вероятно, что это переключение в пользу грамотрицательных бактерий могло вызвать активацию врожденного иммунитета, опосредованную липополисахаридами, вызывая опасный цикл дисбиоз-воспаление-дисбиоз и повреждение слизистой оболочки [38].

    С начала 1980-х годов считалось, что воспалительная реакция, опосредованная дисбиозом, и повышенная продукция проканцерогенных бактериальных соединений способствуют канцерогенезу [39]. Недавно эта гипотеза была вновь подтверждена и изучена [40]. И ERD, и BE считаются предвестниками аденокарциномы пищевода (EAC) [41].В обоих этих условиях сообщалось о значительном обогащении Campylobacter concisus [42,43]. Эта бактерия может играть роль в EAC, способствуя метапластическим процессам на ранних стадиях рака за счет увеличения экспрессии интерлейкина (IL)-18 и подавления трансформирующего фактора роста бета 1, ядерного фактора каппа B (NF-κB) и преобразователь сигнала и активатор передачи сигналов транскрипции 3, участвующей в каскаде EAC [42-44]. Более того, присутствие Fusobacterium nucleatum ( F.nucleatum ) был описан при раке пищевода и связан с неблагоприятным прогнозом, что предполагает его потенциальную роль в качестве прогностического биомаркера [45]. Наконец, в образцах пищевода БЭ с дисплазией высокой степени и ЭАК выявлено снижение разнообразия микробиоты и относительное содержание Lactobacillales , которые благодаря своей способности подкислять микросреду и продуцировать вредные вещества, такие как перекись водорода, могут способствовать развитию этих заболеваний[46].

    В настоящее время исследований, связанных с влиянием ИПП на микробиоту пищевода и их способностью обращать вспять микробное переключение, происходящее при ЭРБ и ПБ, немного. Лечение ИПП может изменить микробиоту пищевода, вызывая увеличение количества Firmicutes и снижение количества Bacteroidetes и Proteobacteria [47]. Эти данные, полученные как при аспирации, так и при биопсии, позволяют предположить, что некоторые семейства бактерий могут колонизировать пищевод, подверженный воздействию менее кислотных рефлюксов, даже если их роль необходимо установить.Недавнее эпидемиологическое исследование показало, что при отсутствии других факторов риска длительное применение ИПП связано с повышенным риском РАС [48]. Авторы предположили, что терапия ИПП сама по себе может предрасполагать пациентов к РАС, вероятно, за счет колонизации внежелудочными микробами, способными продуцировать нитрозамины, которые, как известно, обладают канцерогенным потенциалом как для РАС, так и плоскоклеточного рака пищевода. Эта концепция противоречит существующим руководствам, которые рекомендуют использование ИПП у пациентов с недиспластическим ПБ [49], поскольку их длительное применение значительно снижает риск прогрессирования дисплазии высокой степени и ЭАК [50-52].Было высказано предположение, что уменьшение желудочного кислотного рефлюкса в пищеводе, вызванное ИПП, позволяет избежать гибели чувствительных к кислоте бактерий, что оказывает благотворное влияние на поддержание микробиоты I типа [53].

    Желудок

    Желудочная микробиота состоит в основном из твердых укреплений, бактериоиды, протео-бактерии и актинобактерии, с самыми обильными генерами, являющимися streptococcus , а затем Veellonella , prevotella , Fusobacterium и Rothia 54].Влияние ИПП на pH желудка и микробиоту желудка стало отправной точкой для исследований в этой области, но только недавно были получены данные, продемонстрировавшие важность последствий длительного применения ИПП. ИПП оказывают неблагоприятное воздействие на функции желудка и защитные механизмы хозяина, вызывая задержку опорожнения желудка, снижение вязкости желудочной слизи, увеличение бактериальной нагрузки и усиление бактериальной транслокации [55-57]. Streptococcaceae являются наиболее многочисленным семейством, наблюдаемым во время терапии ИПП, за которым следуют Prevotellaceae, Campylobacteraceae и Leptotrichiaceae [58].Первичное обилие Streptococceae также было продемонстрировано у пациентов с диспепсией во время лечения ИПП, что позволяет предположить, что этот экологический переход в пользу Streptococcaceae может быть независимым индикатором желудочного дисбиоза, вызванного этими препаратами [59].

    Важно помнить, что гипохлоргидрия способствует уменьшению микробного разнообразия и росту микробов, обладающих генотоксическим потенциалом, с усилением бактериальных функций нитрат/нитритредуктазы, участвующих в развитии рака[60].Более того, высокие значения pH желудка могут привести к другому бактериальному балансу, характеризующемуся значительным увеличением количества бактерий полости рта, таких как Pepto-streptococcus stomatis, Streptococcus anginosus, Parvimonas micra, Slackia exigua и Dialister pneumosintes . Благодаря индукции различных метаболических путей такие бактерии могут играть роль в прогрессировании рака желудка (РЖ) [61]. Поэтому, чтобы лучше понять способность стимулировать выживание и распространение потенциально генотоксичных бактерий в желудке и других отделах желудочно-кишечного тракта, крайне важно определить влияние ИПП на состав желудочной микробиоты.Тем не менее, роль ИПП в развитии РЖ обсуждается, при этом в некоторых исследованиях и метаанализах сообщается о повышенном риске развития РЖ у длительно принимающих ИПП [62, 63] до 2,4 раз, даже после Helicobacter pylori ( H. pylori) эрадикация, согласно недавнему исследованию [64] и другим метаанализам, не подтверждающим такой риск [65,66].

    Дисбактериоз желудка возникает в результате гастрита, связанного с H. pylori . Провоспалительная активность H. pylori влияет на микроокружение просвета и изменяет микробиоту желудка.Во время инфекции микробиота желудка преимущественно состоит из протеобактерий, за которыми следуют Firmicutes, Bacteroidetes и Actinobacteria [54]. Примечательно, что в зависимости от места колонизации H. pylori дисбактериоз может быть связан как с повышением, так и со снижением секреции кислоты, что дополнительно влияет на состав микробиоты желудка. Инфекция H. pylori может привести к гастриту с преобладанием антрального отдела желудка, при котором слизистая оболочка желудка не воспалена, но происходит вызванное гастрином увеличение продукции кислоты наряду с возможным развитием язвы двенадцатиперстной кишки [67,68].Кроме того, когда инфекция распространяется на слизистую оболочку желудка, она вызывает пангастрит, который связан с гипохлоридрией и отвечает за развитие хронического атрофического гастрита, кишечной метаплазии и, наконец, дисплазии и РЖ [69,70]. Несколько исследований показали, что миграция бактерий из антрального отдела в тело и дно желудка чаще происходит при длительном применении ИПП [71]. Таким образом, рекомендуется эрадикация инфекции H. pylori у всех пациентов, которым требуется длительная терапия ИПП, чтобы остановить провоспалительный стимул и при этом снизить риск РЖ [72,73].

    ТОНКАЯ КИШКА

    Плотность и состав бактериальной популяции в тонкой кишке ( т.е. ., двенадцатиперстной кишке, тощей и подвздошной кишке) зависят от нескольких факторов, включая время транзита, наличие химических факторов, уровень кислорода и наличие противомикробных веществ, которые модулируют рост бактерий[74]. Что касается двенадцатиперстной кишки и тощей кишки, преобладающими типами являются Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria, Actinobacteria и Fusobacteria.Факультативные анаэробы, такие как Streptococcus, Haemophilus, Escherichia, Actinomyces , и облигатные анаэробы, такие как Veillonella, Prevotella и Fusobacterium , являются наиболее распространенными родами [75-77]. Несмотря на использование нескольких методов отбора проб, микробиота подвздошной кишки человека остается плохо охарактеризованной [78]. Ранее данные, основанные на биопсиях, собранных с помощью ретроградной колоноскопии, показали, что основные филогенетические группы сходны между дистальным отделом подвздошной кишки и прямой кишкой [79,80].Напротив, недавнее исследование образцов, собранных хирургическим путем, выявило глубокие различия между микробиотой подвздошной и толстой кишки, предполагая, что микробиота дистального отдела подвздошной кишки, по-видимому, состоит в основном из факультативных анаэробных видов из класса Bacilli (, например, ., Streptococcaceae). , Lactobacillacae, Aerococcaceae и Carnobacteriaceae ), а не строго анаэробными видами из класса Clostridia . Однако вполне вероятно, что эти результаты не полностью отражают нормальную флору подвздошной кишки из-за нескольких влияющих факторов, таких как пожилой возраст исследованных пациентов, сопутствующие заболевания и использование антибиотиков [78].

    Длительное лечение ИПП сильно влияет на микробиоту тонкого кишечника и, в частности, вызывает избыточный бактериальный рост тонкого кишечника (SIBO), вероятно, из-за потери защитного барьера желудочной кислоты [81-83]. SIBO — это состояние, определяемое наличием более 10 5 бактерий на мл аспирата из верхних отделов кишечника и характеризующееся в основном потерей веса, диареей, вздутием живота и мальабсорбцией [84]. В Jejunal образцы пациентов с СИБО, невысоверив микроэрофильных микроорганизмов, таких как Streptococcus , Staphylococcus , Escherichia и Klebsiella и анаэробные бактерии, такие как бактерии , Lactobacillus , Veellonella и Clostridium был обнаружен[85].Вероятно, повышенное производство токсических агентов, таких как аммиак, D-лактат, эндогенные бактериальные пептидогликаны, сывороточный эндотоксин и бактериальные соединения, стимулирует секрецию провоспалительных цитокинов, вызывая развитие симптомов и нарушение всасывания жиров и липофильных витаминов путем деконъюгации. желчных кислот[86,87].

    Дисбактериоз, вызванный ИПП, может представлять собой фактор риска развития печеночной энцефалопатии (HE) и спонтанного бактериального перитонита (СБП) у пациентов с циррозом [88–90].У таких больных к развитию СИБР способствуют нарушение моторики кишечника и нарушение целостности слизистого барьера, что способствует распространению возбудителей и продуктов бактериального метаболизма, таких как азотистые вещества и токсины. Это распространение происходит через кровеносную и лимфатическую системы и приводит к вероятному повышенному риску САД, HE и, в более общем плане, опасных для жизни инфекций [91,92].

    Следует отметить, что некоторые микробные изменения, вызванные ИПП, аналогичны изменениям, уже присутствующим у пациентов с циррозом печени и особенно у пациентов с декомпенсированным циррозом, включая относительное увеличение количества потенциально патогенных бактерий, таких как Staphylococcaeae , Enterobacteriaceae и Enterococceae [93].Было также показано, что этот дисбактериоз связан с возникновением HE и SBP, что подразумевает плохой прогноз и прогрессирование заболевания. По этой причине использование антибиотиков с минимальной абсорбцией, таких как рифаксимин, и пребиотиков, таких как лактулоза, представляет собой краеугольный камень лечения HE [94]. Поэтому у пациентов с заболеваниями печени, независимо от тяжести основной гепатопатии, ИПП могут повышать риск осложнений и должны назначаться только при наличии специфических терапевтических показаний.

    ИПП также усугубляют повреждение слизистой оболочки, вызванное нестероидными противовоспалительными препаратами (НПВП) в дистальной части тонкой кишки до связки Трейца [95, 96], что контрастирует с защитным действием. влияние ИПП на НПВП-индуцированное повреждение слизистой оболочки верхних отделов ЖКТ [97]. Даже если точный механизм, с помощью которого это происходит, неясен, бактериальный дисбаланс может играть важную роль, и поэтому он изучался в ряде исследований, проведенных на мышиных моделях (рис. 2).У крыс значимое снижение Actinobacteria и Bifidobacteria spp. в тощей кишке усугубляет НПВП-индуцированную энтеропатию [98]. Более того, ИПП увеличивали экспрессию бактерий с активностью бета-глюкуронидазы, и этот микробный дисбаланс мог способствовать распространению НПВП в энтерогепатическую циркуляцию, повышая цитотоксичность желчи и впоследствии вызывая язвенные поражения [99, 100]. Роль дисбактериоза в повреждениях слизистой оболочки была дополнительно подтверждена положительными эффектами совместного введения Bifidobacteria -обогащенной суспензии комменсальных бактерий, которая была способна уменьшить повреждение слизистой оболочки [98].Более того, стерильные мыши менее восприимчивы к поражениям кишечника, вызванным НПВП, и было документально подтверждено, что энтеропатия, вызванная НПВП, передается через микробиоту [98, 101, 102]. На основании этих наблюдений необходимо подтверждение роли дисбактериоза у человека.

    Рисунок 2. Ингибиторы протонной помпы способствуют энтеропатии, вызванной нестероидными противовоспалительными препаратами, через микробиоту. Модели на мышах демонстрируют, что лечение ингибиторами протонной помпы (ИПП) в дополнение к терапии нестероидными противовоспалительными препаратами (НПВП) вызывает обострение повреждения слизистой оболочки тонкой кишки.ИПП вызывают бактериальный дисбаланс, такой как уменьшение (↓) Actinobacteria и Bifidobacteria spp., которые ответственны за повреждение слизистой оболочки. В частности, ИПП увеличивают экспрессию бактерий с активностью бета-глюкуронидазы и последующее распространение НПВП в энтерогепатической циркуляции; в конечном итоге цитотоксичность желчи вызывает язвенные поражения кишечника. Совместное введение суспензии, обогащенной Bifidobacteria , восстанавливает микробиоту кишечника и уменьшает повреждение слизистой оболочки.Бесмикробные мыши менее восприимчивы к вредному воздействию НПВП, и у них развивается энтеропатия, вызванная НПВП, в результате переноса микробиоты. ИПП: ингибитор протонной помпы; НПВП: нестероидные противовоспалительные препараты.

    ТОЛСТАЯ КИШКА

    Толстая кишка содержит наибольшее количество микробов на единицу объема всего желудочно-кишечного тракта[103]. В образцах фекалий и биопсии четыре преобладающих типа — это Firmicutes и Bacteroidetes, за которыми следуют Actinobacteria и Proteobacteria [104,105], с дискретной индивидуальной изменчивостью, особенно в отношении видов и штаммов бактерий.Наиболее представленные бактериальные кластеры, называемые энтеротипами , состоят из вариаций уровней одного из этих трех родов: Bacteroides (энтеротип 1), Prevotella (энтеротип 2) и Ruminococcus (энтеротип 3). 106,107]. ИПП, снижая секрецию желудочного сока, могут вызывать глубокие изменения в микробиоте толстой кишки, в основном характеризующиеся уменьшением количества симбиотических бактерий, что связано с уменьшением микробного разнообразия и увеличением количества бактерий полости рта в стуле [108, 109].Поэтому разумно предположить, что дисбактериоз, вызванный ИПП, оказывает существенное влияние на здоровье хозяина.

    ИПП могут влиять на возникновение кишечных инфекций, что приводит к повышенному риску заражения Clostridium difficile (CDI), а также Salmonella , Campylobacter и диареегенной Escherichia coli ( E.1 coli) [ E.1 coli]. 110-113]. Даже если это не было полностью выяснено, было высказано предположение, что при CDI наблюдается снижение альфа-разнообразия и уменьшение численности бактерий Ruminococcoceae , связанное с увеличением семейств Enterobacteriaceae, Enterococcoceae и Lactobacillaceae . при длительном лечении ИПП может способствовать возникновению инфекции [109].Это, вероятно, происходит из-за того, что увеличение членов Proteobacteria способствует индукции и поддержанию провоспалительной среды [114, 115].

    Вполне вероятно, что использование ИПП предрасполагает пациентов к развитию СРК [116]. Как указывалось ранее, длительное применение ИПП способствует индукции кишечной инфекции, а за счет вторичных изменений в составе микробиоты эти препараты могут влиять на функции оси кишечник-мозг, вызывая СРК [117,118]. Тот факт, что дисбактериоз играет роль в СРК, и особенно сильная связь между кишечной инфекцией и СРК, была подтверждена несколькими исследованиями [119, 120].Действительно, было обнаружено, что 10-30% пациентов, у которых развился постинфекционный СРК после инфекционного гастроэнтерита, можно считать находящимися в поствоспалительном состоянии, усугубленном острым стрессом [121-124]. Более того, роль состава микробиоты кишечника в патогенезе СРК подтверждается успехом некоторых пробиотиков в улучшении симптомов СРК [125, 126]. Дисбактериоз СРК в основном состоит из снижения альфа-разнообразия и дисбаланса между микробными группами, представленными дефицитным количеством Bifidobacteria и Lactobacilli и увеличением потенциально патогенных Enterobacteriaceae , таких как E.coli [127,128]; это похоже на то, что наблюдалось у пациентов, получавших хроническую терапию ИПП [109].

    Что касается ВЗК, различные наблюдения привели исследователей к предположению, что длительное применение ИПП может оказывать негативное влияние на такие состояния[129,130]. В настоящее время данные о микробном дисбалансе при ВЗК до конца не выяснены. Некоторые исследования зафиксировали снижение численности Firmicutes и Bacteroidetes, в то время как другие сообщили об увеличении [131, 132].В целом, почти всегда описывалось увеличение количества протеобактерий [133, 134]. Считается, что во время ВЗК сокращение защитных бактерий происходит параллельно с увеличением провоспалительных бактерий. Как при болезни Крона (БК), так и при язвенном колите (ЯК) наблюдались более высокие концентрации E. coli , и особенно варианта, называемого адгезивно-инвазивным E. coli , который способен колонизировать слизистую оболочку подвздошной кишки и отвечает за раннее воспалительное состояние [135,136].В частности, снижение количества противовоспалительных бактерий, таких как Faecalibacterium prausnitzii , Bifidobacterium Teenis и Dialister invisus , наблюдалось при анализе образцов CD, связанных с неизвестными видами Clostridium (особенно кластеры IV и XIVa). [137]. При НЯК было зарегистрировано снижение видов Akkermansia muciniphila , Roseburia и Faecalibacterium prausnitzii , наряду с увеличением видов Fusobacterium [138, 139].В контексте дисбиоза ИПП могут привести к кратковременным обострениям течения ВЗК. Вероятно, это связано с тем, что пациенты с ВЗК особенно восприимчивы к развитию бактериальных суперинфекций, особенно вызванных Clostridium difficile , Campylobacter, Salmonella, Shigella и Entamoeba histolytica , которые представляют собой вредные стимулы, которые могут вызвать рецидив заболевания. в уже измененной микросреде[140,141]. Кроме того, экспансия Proteobacteria может способствовать иммунному ответу слизистой оболочки у генетически предрасположенных лиц, что приводит к развитию и продолжению хронического воспаления кишечника [133, 142, 143].

    Наконец, наш обзор был посвящен колоректальному раку (КРР). В настоящее время хорошо известно, что единственным микроорганизмом, который играет основную и непосредственную роль в развитии опухолей ЖКТ, является H. pylori . Однако сложное и общее действие, которое дисбаланс кишечной микробиоты может играть в кондиционировании микроокружения толстой кишки и благоприятствовании онкогенезу, вызывает большой интерес со стороны исследователей [144-146]. Как указывалось ранее, терапия ИПП способствует присутствию оральных бактерий в стуле [108, 109].В этом контексте следует тщательно проанализировать роль F. nucleatum . F. nucleatum представляет собой комменсальную анаэробную бактерию ротовой полости, связанную с заболеваниями пародонта, и она была обнаружена в больших количествах при КРР [147]. Его провоспалительная активность в слизистой оболочке кишечника хорошо описана, и его присутствие может быть связано с исходом заболевания [148, 149]. Этот микроорганизм имеет два белка адгезии, FapA и FadA, последний из которых опосредует инвазию бактерии в эпителий кишечника.Следствием этой инвазии является усиление передачи сигналов NF-κB и экспрессия нескольких цитокинов, таких как IL-6, IL-8, IL-10, IL-18 и TNF-α. Конечным результатом этих изменений является создание провоспалительной среды для роста опухоли, чему способствует опосредованное FapA подавление цитотоксической активности Т-клеток [147, 150]. Таким образом, исследования показали, что выявление присутствия этой бактерии у пользователей ИПП и особенно у лиц с сопутствующими заболеваниями полости рта является необходимостью.

    Наконец, хроническая гипергастринемия, обычно присутствующая при применении ИПП, может способствовать росту злокачественных эпителиальных клеток толстой кишки, способствуя вредному секвенированию аденомы-карциномы [151-153].Тем не менее важно подчеркнуть, что многие исследования, проведенные в течение многих лет, не обнаружили прямой корреляции между использованием ИПП в клинической практике и повышенным риском развития КРР [154–156].

    ЗАКЛЮЧЕНИЕ

    В эпоху, когда науке о кишечной микробиоте уделяется большое внимание [157,158], представляется крайне важным определить, какие типы лекарств влияют на состав кишечной микробиоты. Имеющиеся данные свидетельствуют о том, что широко используемые в гастроэнтерологической клинической практике ИПП, вероятно, благодаря своему кислото-антисекреторному действию, способны модифицировать микробиоту хозяина в каждом сегменте желудочно-кишечного тракта и могут способствовать развитию дисбактериоза; этот дисбактериоз, в свою очередь, может способствовать возникновению определенных желудочно-кишечных расстройств.Более того, желудочная гипохлоргидрия, вызванная ИПП, способствует выживанию и миграции оральных бактерий в нижние отделы желудочно-кишечного тракта с возможным созданием провоспалительной микросреды. Необходимы дальнейшие проспективные исследования, чтобы определить, как микробные изменения, вызванные ИПП, влияют на здоровье человека. Более того, терапевтические стратегии, такие как добавление пробиотиков, могут быть полезным подходом для предотвращения дисбактериоза во время лечения ИПП; однако справедливость этого наблюдения еще предстоит выяснить.В настоящее время использование ИПП рекомендуется только в случае крайней необходимости из-за их возможной способности вызывать дисбактериоз.

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.